Quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 mới nhất

Quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 là khung pháp lý trọng yếu mà mọi doanh nghiệp cần cập nhật ngay để đảm bảo tính tuân thủ trong công tác kế toán và quản trị tài chính từ năm 2026. Việc hiểu rõ các thay đổi trong cách thức tổ chức bộ máy, chứng từ và hệ thống sổ sách không chỉ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro pháp lý mà còn tối ưu hóa quy trình vận hành nội bộ. Bài viết này sẽ phân tích chi tiết những điểm mới và hướng dẫn xây dựng quy chế quản trị chuẩn xác theo quy định của Bộ Tài chính.

Thông tư 99/2025 và tầm quan trọng đối với quản trị doanh nghiệp

Thông tư 99/2025/TT-BTC được ban hành ngày 27/10/2025 nhằm hướng dẫn Chế độ kế toán doanh nghiệp mới, thay thế cho các văn bản cũ để tương thích với Luật Kế toán sửa đổi ngày 29/11/2024. Đối với các nhà quản trị, đây không chỉ là một văn bản kế toán thuần túy mà là nền tảng cốt lõi để thiết lập lại hệ thống kiểm soát tài chính nội bộ cho giai đoạn mới.

Mục tiêu chính của thông tư là minh bạch hóa thông tin tài chính thông qua việc chuẩn hóa các chuẩn mực trình bày báo cáo tiệm cận IFRS. Khi áp dụng quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025, doanh nghiệp sẽ tạo ra một hàng rào bảo vệ vững chắc trước các rủi ro về thuế và thất thoát tài sản. Để vận hành hiệu quả, mỗi đơn vị cần sớm hoàn thiện văn bản quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 nhằm cụ thể hóa các quy định chung vào thực tiễn đặc thù của mình.

Đối tượng áp dụng bao gồm tất cả các doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế hoạt động tại Việt Nam. Lộ trình thực thi bắt buộc sẽ bắt đầu từ kỳ kế toán năm 2026, đòi hỏi các đơn vị phải có sự chuẩn bị về mặt nhân sự và hệ thống công nghệ thông tin ngay từ thời điểm này.

Những thay đổi trọng yếu ảnh hưởng đến quy chế quản trị nội bộ

Điểm khác biệt lớn nhất trong Thông tư 99/2025 chính là việc cho phép và hướng dẫn chi tiết cách ghi nhận theo giá trị hợp lý. Điều này trực tiếp làm thay đổi cấu trúc của quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 tại doanh nghiệp, yêu cầu sự tham gia của cả hội đồng định giá hoặc chuyên gia thẩm định.

Nguyên tắc ghi nhận và hệ thống tài khoản

Một trong những thay đổi mang tính đột phá là nguyên tắc ghi nhận tài sản và nợ phải trả. Bản thảo quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 cần quy định rõ phương pháp xác định giá trị này để đảm bảo tính nhất quán, tránh việc trục lợi hoặc làm sai lệch số liệu tài chính. Việc nắm rõ các thông tin về thông tư 99 về kế toán sẽ giúp bộ phận quản lý xây dựng được các định mức tài chính sát với thực tế hơn.

Điều chỉnh tài khoản kế toán 2026

Danh mục hệ thống tài khoản kế toán được tinh chỉnh để phản ánh chính xác hơn các giao dịch kinh tế hiện đại. Ví dụ, việc bổ sung các tài khoản chi tiết cho tài sản số và các công cụ tài chính phái sinh yêu cầu quy chế nội bộ phải quy định rõ quyền truy cập và phê duyệt các giao dịch này. Sự phối hợp giữa bộ phận kế toán và ban điều hành là điều kiện tiên quyết để đảm bảo tính trung thực của dữ liệu.

Số hóa hệ thống chứng từ và chữ ký số

Sự chuyển dịch mạnh mẽ sang chứng từ điện tử là yêu cầu bắt buộc trong quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025. Bộ Tài chính quy định khắt khe hơn về tính nguyên vẹn của dữ liệu số. Doanh nghiệp cần cập nhật quy trình ký duyệt, lưu trữ và tra xuất trong quy chế để đảm bảo giá trị pháp lý khi quyết toán thuế.

Để giúp quý doanh nghiệp có cái nhìn trực quan nhất về sự thay đổi này, chúng tôi đã tổng hợp bảng so sánh các quy định trọng yếu dưới đây:

Lưu ý sau bảng so sánh là việc chuyển đổi sang hệ thống điện tử yêu cầu doanh nghiệp phải có quy trình kiểm soát rủi ro về an ninh mạng. Đặc biệt, việc nghiên cứu các nội dung so sánh đối chiếu Thông tư 99/2025 và Thông tư 200/2014 sẽ giúp kế toán hiểu rõ những điểm kế thừa và những điểm buộc phải thay đổi trong phương thức ghi chép. Trong nội dung quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025, doanh nghiệp cần xác lập lại trách nhiệm cá nhân gắn liền với mỗi chữ ký số để tránh các sai sót không đáng có do sơ suất kỹ thuật.

Hướng dẫn xây dựng quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025

Để xây dựng một bản quy chế hoàn chỉnh và có tính thực tiễn cao, doanh nghiệp cần bám sát các trụ cột nội dung sau đây theo hướng dẫn của Bộ Tài chính và kinh nghiệm triển khai từ MAN – Master Accountant Network.

Xác định bộ máy tổ chức kế toán và phân quyền trách nhiệm là bước đầu tiên để tránh chồng chéo chức năng. Trong quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 cần nêu rõ:

• Vai trò điều hành của kế toán trưởng trong việc thẩm định các ước tính kế toán.
• Quy định cụ thể về việc quản lý khóa bảo mật và chữ ký số của người có thẩm quyền.
• Mối quan hệ phối hợp giữa bộ phận tài chính với bộ phận công nghệ thông tin.

Xây dựng quy trình luân chuyển chứng từ đóng vai trò huyết mạch. Một quy trình đạt chuẩn trong bản quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 phải đảm bảo các khâu sau:

• Khâu kiểm soát điều kiện pháp lý của chứng từ điện tử ngay khi tiếp nhận.
• Quy định về thời hạn phê duyệt trên môi trường số để không làm gián đoạn dòng tiền.
• Thiết lập hệ thống sao lưu dữ liệu (backup) định kỳ để phòng ngừa sự cố mất dữ liệu.

Lựa chọn hình thức sổ kế toán và mẫu biểu báo cáo

Việc lựa chọn hình thức sổ phù hợp là nội dung không thể thiếu trong quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025. Doanh nghiệp cần cập nhật hệ thống mẫu biểu Báo cáo tài chính mới, đặc biệt là phần Thuyết minh báo cáo tài chính yêu cầu bổ sung thông tin về giá trị hợp lý. Kỳ lập và gửi báo cáo cũng cần được quy định rõ ràng trong quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 của đơn vị để tránh chậm trễ nộp tờ khai.

Kiểm soát nội bộ và quản trị rủi ro kế toán

Một quy chế quản trị mạnh mẽ phải có khả năng tự sàng lọc sai sót thông qua các chốt chặn kiểm soát. Điều này đặc biệt quan trọng khi áp dụng quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 với nhiều yêu cầu về ước tính kế toán và dự phòng nợ phải trả khó đòi theo mô hình tổn thất dự kiến.

Các hoạt động kiểm soát cần được chuẩn hóa để bảo vệ tài sản doanh nghiệp:

• Thực hiện đối soát định kỳ dữ liệu giữa phần mềm kế toán và các ứng dụng quản lý bán hàng, kho vận.
• Thiết lập các ngưỡng phê duyệt chi tiêu dựa trên ngân sách trực tuyến, đảm bảo mọi khoản chi đều có sự xác nhận của người quản lý trực tiếp.
• Kiểm tra tính bảo mật của mật khẩu và quyền truy cập vào hệ thống tài chính định kỳ hàng tháng.

Việc vận hành kiểm soát nội bộ theo Thông tư 99 giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong việc nhận diện các sai phạm tiềm ẩn trước khi cơ quan thuế thực hiện thanh kiểm tra. Việc lồng ghép các bước này vào quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 giúp doanh nghiệp tối ưu hóa quy trình làm việc từ cấp cơ sở.

Lưu ý về tính bảo mật thông tin tài chính

Trong quá trình số hóa toàn diện theo quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025, việc bảo mật dữ liệu trở thành ưu tiên hàng đầu. Theo tư vấn từ MAN – Master Accountant Network, doanh nghiệp nên phân tách quyền hạn giữa người lập lệnh, người duyệt lệnh và người thực hiện giao dịch trên hệ thống ngân hàng trực tuyến. Các điều khoản này phải là một phần không thể tách rời của quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 để đảm bảo tính pháp lý đồng bộ và ngăn ngừa gian lận.

Bên cạnh đó, công tác đào tạo nhân sự là yếu tố then chốt. Theo Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Kế toán năm 2024, các mức xử phạt đối với hành vi làm sai lệch báo cáo tài chính đã tăng lên đáng kể. Do đó, doanh nghiệp nên đưa vào quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 nội dung cập nhật kiến thức pháp luật hàng quý cho đội ngũ kế toán.

Giải đáp các câu hỏi thường gặp về quy chế quản trị theo quy định mới

Trong quá trình tiếp cận với quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025, nhiều doanh nghiệp vẫn còn những băn khoăn về tính thực thi và mức độ ảnh hưởng đến vận hành hằng ngày.

Kết luận

Việc chủ động xây dựng và áp dụng quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 là bước đi chiến lược giúp doanh nghiệp vững vàng trước những thay đổi pháp lý lớn của năm 2026. Sự tuân thủ không chỉ là nghĩa vụ mà còn là nền tảng để doanh nghiệp nâng cao năng lực cạnh tranh và tối ưu hóa quản trị rủi ro. Hãy bắt đầu rà soát và kiện toàn quy chế quản trị nội bộ theo thông tư 99/2025 của bạn ngay hôm nay để đảm bảo sự ổn định và bền vững cho đơn vị.

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

• Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
• Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
• Email: man@man.net.vn

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.