Quy định bắt buộc về kiểm soát nội bộ (KSNB) trong thông tư 99/2025/TT-BTC

Thông tư 99/2025/TT-BTC chính thức có hiệu lực đánh dấu một bước chuyển mình mang tính quyết định. Thông tư lần đầu tiên đặt trách nhiệm thiết lập và vận hành hệ thống kiểm soát nội bộ (KSNB) hoàn toàn lên vai doanh nghiệp, đồng thời yêu cầu các đơn vị phải chủ động hơn trong việc xây dựng và hoàn thiện hệ thống quản trị của mình. Sự thay đổi này không chỉ là một yêu cầu tuân thủ mà còn là một cảnh báo pháp lý mềm đối với các doanh nghiệp chưa có hệ thống KSNB chặt chẽ.

Quy định về kiểm soát nội bộ TT 99 khẳng định KSNB không còn là tùy chọn hay chỉ dành cho doanh nghiệp niêm yết, mà đã trở thành yêu cầu bắt buộc đối với tất cả các đối tượng áp dụng. Tuy nhiên, đi kèm với nghĩa vụ pháp lý là quyền tự quyết cao hơn trong việc xây dựng và ban hành quy chế quản trị nội bộ TT 99. Điều này tạo ra sự cân bằng giữa trách nhiệm và quyền tự chủ cho doanh nghiệp.

Trong bài viết chuyên sâu này, chúng tôi sẽ phân tích các quy định cốt lõi tại điều 3, điều 9, và điều 11 của thông tư 99, làm rõ những cơ hội tự chủ và thách thức tuân thủ mà doanh nghiệp cần đối mặt. Kiến thức này là nền tảng để lãnh đạo doanh nghiệp đưa ra quyết định quản trị và pháp lý đúng đắn.

Việc chuyển đổi và thiết lập hệ thống kiểm soát nội bộ TT 99 đòi hỏi chuyên môn cao. Bài viết này là chìa khóa giúp doanh nghiệp nhận diện vấn đề, từ đó tìm kiếm giải pháp tư vấn kiểm soát nội bộ tối ưu để đảm bảo tuân thủ pháp luật và tối đa hóa hiệu quả hoạt động kinh doanh.

Tải ngay tóm tắt bài viết

Thông tư 99/2025/TT-BTC

Tổng quan các quy định KSNB bắt buộc theo TT 99/2025/TT-BTC (Điều 3, Điều 9, Điều 11)

Quy định về KSNB được thông tư 99/2025/TT-BTC đề cập rõ ràng trong các điều khoản liên quan đến chế độ kế toán và trách nhiệm của đơn vị. Đây là những điểm cốt lõi mà mọi doanh nghiệp cần nắm rõ để đáp ứng yêu cầu tối thiểu của pháp luật:

Kiểm soát nội bộ là gì theo TT 99? (Điều 3 TT 99):

Định nghĩa và mục tiêu: Theo TT 99, KSNB là toàn bộ các quy tắc, chính sách, thủ tục được thiết lập nhằm bảo vệ tài sản, đảm bảo độ tin cậy của thông tin kế toán, tăng cường hiệu quả hoạt động, và đảm bảo tuân thủ pháp luật.
Trách nhiệm: Thông tư nhấn mạnh trách nhiệm DN sửa đổi TK (trách nhiệm của doanh nghiệp) trong việc xây dựng, thiết lập, và duy trì hệ thống KSNB một cách hiệu quả xuyên suốt quá trình hoạt động.

Yêu cầu bắt buộc về hệ thống KSNB (Điều 9 TT 99 – Điểm nhấn):

Thông tư 99 yêu cầu hệ thống kiểm soát nội bộ TT 99 phải bao gồm đầy đủ 5 thành phần cốt lõi theo thông lệ quốc tế (COSO) được TT 99 kế thừa. Việc thiếu bất kỳ thành phần nào cũng có thể bị xem là hệ thống KSNB chưa hoàn chỉnh.

5 thành phần này bao gồm:

Môi trường kiểm soát: Thể hiện văn hóa đạo đức, tính chính trực và năng lực của nhân viên.
Đánh giá rủi ro: Xác định, phân tích và quản lý rủi ro có thể cản trở việc đạt được mục tiêu.
Hoạt động kiểm soát: Các thủ tục hành động cụ thể để giảm thiểu rủi ro (phân tách trách nhiệm, phê duyệt, đối chiếu…).
Thông tin & truyền thông: Đảm bảo thông tin quan trọng được xác định, thu thập và truyền đạt đúng lúc.
Giám sát: Đánh giá chất lượng hoạt động của hệ thống KSNB theo thời gian.

Quy định về quy chế kế toán (Điều 11):

Vai trò: Quy chế kế toán là một bộ phận không thể tách rời trong hệ thống KSNB toàn diện. Nó cụ thể hóa cách thức thực hiện các nghiệp vụ tài chính, đảm bảo tính thống nhất và minh bạch.
Nội dung cần có: Theo điều 11, quy chế kế toán phải bao gồm các quy định chi tiết về: Hệ thống chứng từ, sổ sách, luân chuyển và bảo quản tài liệu kế toán, phương pháp hạch toán cho các giao dịch đặc thù của doanh nghiệp.

Chuyển đổi cơ hội: Tự chủ ban hành “Quy chế quản trị nội bộ kế toán” (Điều 9 TT 99)

Tổng quan các quy định KSNB bắt buộc theo TT 99/2025/TT-BTC (Điều 3, Điều 9, Điều 11)

Phân tích sự thay đổi lớn: Điểm mang tính cách mạng nhất của thông tư 99 là sự chuyển đổi từ cơ chế ‘xin phép/theo mẫu’ sang ‘tự ban hành quy chế’ KSNB. Trước đây, nhiều doanh nghiệp có xu hướng tuân thủ các mẫu sẵn có. Giờ đây, điều 9 TT 99 trao quyền tự chủ tuyệt đối cho doanh nghiệp trong việc thiết kế quy chế quản trị nội bộ TT 99 sao cho phù hợp nhất với mô hình kinh doanh thực tế.

Cơ hội cho doanh nghiệp: Sự tự chủ này mang lại lợi ích chiến lược đáng kể:

Tối ưu hóa: Doanh nghiệp có thể thiết kế KSNB linh hoạt, loại bỏ các thủ tục rườm rà không cần thiết, tập trung kiểm soát vào các khu vực rủi ro cao nhất của mình (Risk-Based Control).
Hiệu quả: Giảm thiểu thủ tục hành chính phải thông qua cơ quan quản lý, tăng tốc độ phản ứng với các thay đổi trong quy trình nội bộ và rủi ro thị trường.

Trách nhiệm pháp lý đi kèm (Tự chủ không đồng nghĩa với tùy ý): Tự chủ đi kèm với trách nhiệm hoàn toàn. Khi tự ban hành, doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về tính đầy đủ, hợp lý, và khả năng kiểm soát thực tế của quy chế đó.

Cảnh báo: Cơ quan quản lý sẽ đánh giá kết quả kiểm soát thực tế, không chỉ dựa trên hồ sơ quy chế được ban hành. Nếu quy chế tốt trên giấy tờ nhưng không được vận hành hiệu quả, doanh nghiệp vẫn vi phạm quy định.
Liên hệ với trách nhiệm điều chỉnh: Doanh nghiệp phải thường xuyên rà soát và điều chỉnh hệ thống KSNB khi có sự thay đổi về quy trình, công nghệ hoặc mô hình kinh doanh, thể hiện rõ trách nhiệm DN sửa đổi TK liên tục.

Thách thức và rủi ro khi thiết kế KSNB tự chủ

Quyền tự chủ là một cơ hội lớn, song cũng là một thách thức không nhỏ, đặc biệt với các doanh nghiệp chưa có nền tảng quản trị vững chắc.

Thách thức chuyên môn

Thiết kế hệ thống kiểm soát nội bộ TT 99 đòi hỏi kiến thức chuyên môn sâu rộng và kinh nghiệm thực tiễn:

Thiếu kinh nghiệm trong việc xây dựng hệ thống KSNB chuẩn mực quốc tế (COSO, ISO).
Khó khăn trong việc tích hợp KSNB vào hệ thống công nghệ thông tin (IT/ERP) sao cho các bước kiểm soát được tự động hóa, giảm thiểu sự can thiệp thủ công.

Rủi ro pháp lý và tình huống thực tế:

Thiết kế KSNB không phù hợp có thể dẫn đến rủi ro pháp lý nghiêm trọng. Chúng tôi đưa ra các tình huống điển hình mà doanh nghiệp thường gặp phải:

Tình huống rủi ro	Mô tả chi tiết (Rủi ro pháp lý/tài chính)	Hậu quả theo TT 99
Quy chế không vận hành	Quy chế được ban hành nhưng nhân viên không tuân thủ hoặc không được đào tạo; hệ thống chỉ tồn tại trên giấy tờ.	Bị xem là không thiết lập KSNB theo yêu cầu bắt buộc (Điều 9), dẫn đến xử phạt vi phạm hành chính.
Chồng chéo phân quyền	Phân quyền kế toán và kiểm soát bị chồng chéo (ví dụ: cùng một người vừa lập chứng từ, vừa phê duyệt thanh toán).	Tạo lỗ hổng lớn về gian lận/sai sót, ảnh hưởng đến độ tin cậy của báo cáo tài chính, bị đánh giá thấp trong kiểm toán độc lập.
Không đáp ứng yêu cầu tối thiểu	Quy chế tự ban hành thiếu một trong 5 thành phần cốt lõi theo tinh thần COSO mà TT 99 kế thừa.	Rủi ro bị yêu cầu điều chỉnh gấp, cản trở các giao dịch vốn hoặc quá trình thẩm định (Due Diligence).

Lưu ý sau bảng: Việc xây dựng KSNB không phải là tạo ra một bộ tài liệu, mà là thiết lập một cơ chế vận hành thực tế. Các rủi ro trên cho thấy sự cần thiết của việc áp dụng kinh nghiệm chuyên môn trong quá trình thiết kế hệ thống.

Trường hợp nào cần tư vấn KSNB chuyên nghiệp?

Nếu doanh nghiệp của bạn đang ở một trong các giai đoạn sau, việc tìm kiếm dịch vụ tư vấn kiểm soát nội bộ là điều cần thiết để chuyển đổi một cách an toàn và chiến lược:

Doanh nghiệp chuẩn bị IPO hoặc gọi vốn, cần hồ sơ pháp lý minh bạch và hệ thống quản trị đạt chuẩn cao.
Doanh nghiệp có giao dịch phức tạp, đa ngành, hoặc có nhiều công ty con, đòi hỏi sự đồng bộ của KSNB trên toàn hệ thống.
Doanh nghiệp có quy mô lớn/đa chi nhánh, cần một quy chế quản trị nội bộ TT 99 có khả năng mở rộng.

Checklist và hướng dẫn thực thi

Việc chuyển đổi theo TT 99/2025/TT-BTC đòi hỏi tính chuyên môn và sự tuân thủ cao. Sau đây là hướng dẫn hành động cụ thể.

Checklist tối thiểu để không vi phạm TT 99

Để đảm bảo doanh nghiệp tuân thủ các điều khoản bắt buộc của thông tư 99, lãnh đạo và các bộ phận liên quan cần thực hiện 3 bước tối thiểu sau:

Bước 1: Rà soát lại điều 3, điều 9, điều 11 TT 99: Phải hiểu rõ yêu cầu về 5 thành phần KSNB và các nội dung cốt lõi của quy chế kế toán.
Bước 2: Xây dựng bộ tài liệu quy chế kế toán và KSNB: Thiết kế các quy chế này dựa trên mô hình hoạt động thực tế của doanh nghiệp, không sao chép mẫu.
Bước 3: Công bố và triển khai đào tạo nội bộ: Đảm bảo toàn bộ nhân viên liên quan hiểu, thực thi, và tuân thủ các quy chế đã ban hành.

Vai trò của chuyên gia

Đội ngũ tư vấn kiểm soát nội bộ chuyên nghiệp sẽ giúp doanh nghiệp chuyển đổi cơ chế một cách an toàn và hiệu quả, cụ thể:

Đảm bảo tính đồng bộ giữa quy chế kế toán và quy chế KSNB, tránh sự mâu thuẫn giữa các văn bản pháp lý nội bộ.
Xây dựng ma trận phân quyền và kiểm soát (Control Matrix) chuẩn mực quốc tế, được thiết kế để chống lại các rủi ro đã được xác định.
Hỗ trợ đào tạo và giám sát giai đoạn vận hành thử nghiệm.

Kết luận

Thông tư 99/2025/TT-BTC đã mở ra kỷ nguyên tự chủ cho doanh nghiệp trong việc thiết lập KSNB nhưng đòi hỏi trách nhiệm cao hơn bao giờ hết. Hệ thống kiểm soát nội bộ TT 99 không còn là câu chuyện nội bộ của phòng kế toán hay kiểm toán, mà là nghĩa vụ pháp lý bắt buộc có thể bị hậu kiểm bất cứ lúc nào. Việc tuân thủ chính xác và hiệu quả là chìa khóa bảo vệ tài sản và uy tín của doanh nghiệp.

Thách thức về quy chế quản trị nội bộ TT 99 là rất lớn, đặc biệt đối với các doanh nghiệp chưa từng xây dựng KSNB theo chuẩn mực quốc tế. Đừng tự mình đối mặt với những rủi ro pháp lý tiềm tàng này. Liên hệ với MAN – Master Accountant Network để được tư vấn kiểm soát nội bộ chuyên sâu, thiết lập và điều chỉnh hệ thống KSNB theo chuẩn mực mới nhất, đảm bảo tính tuân thủ và hiệu quả quản trị tối đa.

Tài liệu tham khảo và Liên kết liên quan

Để có thêm thông tin chuyên sâu về Thông tư 99/2025/TT-BTC và các quy định kế toán liên quan, bạn có thể tham khảo các tài liệu sau:

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
Email: man@man.net.vn

Các dịch vụ khác

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.