Thông tư 89/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 (hiệu lực 01/7/2026) chính thức bãi bỏ toàn bộ Thông tư 103/2014/TT-BTC tại điểm b khoản 3 Điều 99. Tuy nhiên, đây không phải là một cuộc “thay thế 1 đổi 1”. Thông tư 89 là văn bản về quản lý thuế – nó chỉ tiếp nhận phần thủ tục khai, nộp, hoàn, miễn giảm của thuế nhà thầu (Điều 30). Toàn bộ phần chính sách – đối tượng chịu thuế, doanh thu tính thuế, tỷ lệ % – đã được tách ra và chuyển sang hai văn bản chuyên ngành khác từ trước đó.

Bản đồ pháp lý: Thông tư 103 đã được “tháo rời” như thế nào

Thông tư 103/2014/TT-BTC là văn bản hợp nhất cả GTGT lẫn TNDN của nhà thầu nước ngoài trong một chỗ. Hệ thống pháp luật thuế 2025 – 2026 từ bỏ mô hình này: mỗi sắc thuế được điều chỉnh bởi luật chuyên ngành của chính nó, còn thủ tục do Luật Quản lý thuế điều chỉnh. Kết quả là Thông tư 103 bị “tháo rời” theo ba mốc thời gian khác nhau.

Hệ quả thực hành: một hợp đồng nhà thầu ký năm 2026 sẽ phải soi chiếu ba văn bản để trả lời ba câu hỏi khác nhau – “Có chịu thuế không và tỷ lệ bao nhiêu?” (TT 69/2025 và TT 20/2026), “Doanh thu tính thuế xác định thế nào?” (TT 20/2026, TT 69/2025), “Khai ở đâu, mẫu nào, hạn nào?” (TT 89/2026). Việc trích dẫn thiếu văn bản là rủi ro phổ biến nhất khi giải trình với cơ quan thuế trong giai đoạn này.

So sánh chi tiết theo từng nội dung nghiệp vụ

Đối tượng áp dụng và phạm vi chịu thuế

Thông tư 103 xác định phạm vi qua 5 nhóm tại Điều 1: nhà thầu nước ngoài theo hợp đồng; xuất nhập khẩu tại chỗ và giao hàng theo Incoterms mà người bán chịu rủi ro đến lãnh thổ Việt Nam; phân phối hàng hóa/cung cấp dịch vụ mà bên nước ngoài giữ quyền sở hữu hoặc ấn định giá bán; đàm phán ký hợp đồng đứng tên bên nước ngoài; thực hiện quyền xuất nhập khẩu, phân phối tại Việt Nam.

Khung mới giữ nguyên các trục này nhưng bổ sung và siết chặt ở ba điểm:

• Thương mại điện tử và nền tảng số. Doanh nghiệp nước ngoài kinh doanh thương mại điện tử, kinh doanh trên nền tảng số tại Việt Nam được đưa thẳng vào diện chịu thuế, không phụ thuộc vào việc có hiện diện vật lý hay không. Các khoản chi cho quảng cáo trực tuyến, dịch vụ điện toán đám mây, phần mềm dạng dịch vụ (SaaS), lưu trữ dữ liệu đều phải được rà soát nghĩa vụ khấu trừ.
• Thu hẹp ngoại lệ “dịch vụ thực hiện ngoài Việt Nam”. Thông tư 103 loại trừ quảng cáo, tiếp thị, đào tạo, môi giới thực hiện ở nước ngoài (khoản 4 Điều 2), nhưng đã chừa ngoại lệ cho “quảng cáo, tiếp thị trên internet” và “đào tạo trực tuyến”. Khung mới đẩy nguyên tắc này đi xa hơn: dịch vụ cung cấp qua môi trường internet và tiêu dùng bởi tổ chức, cá nhân tại Việt Nam được coi là phát sinh thu nhập tại Việt Nam.
• Tiêu chí “quyền kiểm soát phân phối”. Bên nước ngoài bị coi là kinh doanh tại Việt Nam nếu vẫn là chủ sở hữu hàng hóa tại thời điểm giao cho bên Việt Nam, hoặc chịu trách nhiệm về chi phí phân phối – quảng cáo – tiếp thị, hoặc ấn định giá bán, kể cả khi ủy quyền cho bên Việt Nam thực hiện.

Các trường hợp không thuộc diện chịu thuế

Điều 2 Thông tư 103 liệt kê 5 nhóm loại trừ, trong đó quan trọng nhất trên thực tế là: cung cấp hàng hóa thuần túy giao tại cửa khẩu nước ngoài hoặc cửa khẩu Việt Nam không kèm dịch vụ tại Việt Nam; thu nhập từ dịch vụ được cung cấp và tiêu dùng hoàn toàn ngoài Việt Nam; và một số dịch vụ thực hiện ở nước ngoài (sửa chữa phương tiện vận tải, quảng cáo tiếp thị, xúc tiến đầu tư – thương mại, môi giới, đào tạo, chia cước viễn thông quốc tế).

Khung mới giữ tinh thần loại trừ đối với hàng hóa thuần túy, đồng thời bổ sung một miễn trừ mới có giá trị thực tiễn cao:

• Bán nguyên liệu, vật tư, linh kiện tại kho ngoại quan hoặc khu phi thuế quan để nhập khẩu vào Việt Nam phục vụ sản xuất hàng xuất khẩu, gia công xuất khẩu theo hợp đồng: không phải nộp thuế TNDN (Điều 12 Nghị định 320/2025/NĐ-CP). Trước đây các giao dịch này thường bị áp tỷ lệ TNDN 1% theo nhóm thương mại.
• Giao dịch tái cơ cấu sở hữu nội bộ tập đoàn không làm thay đổi công ty mẹ tối cao và không phát sinh thu nhập được loại trừ khỏi tỷ lệ 2% áp cho chuyển nhượng vốn.

Phương pháp tính thuế: từ ba xuống hai

Thông tư 20/2026/TT-BTC bãi bỏ phương pháp hỗn hợp ở góc độ chính sách thuế TNDN. Tuy nhiên khoản 3 Điều 30 Thông tư 89/2026/TT-BTC vẫn giữ nguyên một mục thủ tục cho trường hợp “nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu tính thuế” – tức vẫn còn đường khai cho tổ hợp này.

Cách hiểu hợp lý: thủ tục tại TT 89 phục vụ các hợp đồng chuyển tiếp ký trước 12/3/2026 vẫn đang áp dụng phương pháp hỗn hợp. Với hợp đồng ký mới, doanh nghiệp không nên tự đăng ký phương pháp hỗn hợp mà cần xác nhận với cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước khi triển khai.

Doanh thu tính thuế và công thức quy đổi (gross-up)

Đây là thay đổi kỹ thuật có ảnh hưởng trực tiếp đến số thuế phải nộp và cần được xử lý cẩn trọng nhất.

Ví dụ minh họa. Hợp đồng dịch vụ tư vấn, thanh toán NET cho nhà thầu nước ngoài 100.000.000 đồng. Tỷ lệ GTGT 5%, tỷ lệ TNDN 5%.

Điều 8 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định doanh nghiệp nộp GTGT theo phương pháp khấu trừ thì doanh thu tính thuế TNDN không bao gồm GTGT; nộp theo phương pháp trực tiếp thì doanh thu tính thuế TNDN bao gồm cả GTGT. Nhà thầu nước ngoài nộp theo tỷ lệ % trên doanh thu thuộc nhóm nào vẫn đang có cách hiểu khác nhau, vì Điều 12 Luật Thuế GTGT phân biệt “trực tiếp trên giá trị gia tăng” và “trực tiếp trên doanh thu”.

Một số ý kiến chuyên môn cho rằng việc bỏ cụm “không bao gồm thuế GTGT” là lỗi kỹ thuật soạn thảo, không phản ánh chủ đích thay đổi chính sách. Trước khi áp dụng đại trà cho các hợp đồng giá trị lớn, khuyến nghị lấy văn bản hướng dẫn của cơ quan thuế quản lý trực tiếp và bổ sung điều khoản phân bổ rủi ro thuế trong hợp đồng.

Lưu ý: nội dung này chưa có kết luận thống nhất

Tỷ lệ % để tính thuế GTGT trên doanh thu

Nguyên tắc xử lý hợp đồng hỗn hợp về cơ bản được giữ nguyên: nếu hợp đồng có nhiều hoạt động kinh doanh khác nhau hoặc một phần giá trị không thuộc diện chịu thuế GTGT thì áp tỷ lệ theo từng hoạt động; nếu không tách riêng được thì áp tỷ lệ cao nhất cho toàn bộ giá trị hợp đồng. Riêng xây dựng lắp đặt có bao thầu nguyên vật liệu mà không tách riêng được thì áp 3% trên toàn bộ giá trị hợp đồng, bao gồm cả nguyên vật liệu và thiết bị nhập khẩu.

Điểm mới đáng chú ý về chống trùng thuế: với hợp đồng cung cấp hàng hóa kèm dịch vụ tại Việt Nam, quy định mới xác định rõ phần giá trị hàng hóa chỉ chịu thuế GTGT khâu nhập khẩu, chỉ phần dịch vụ đi kèm mới thuộc diện chịu thuế GTGT nhà thầu. Trước đây, khi không tách được giá trị, cơ quan thuế áp GTGT lên toàn bộ hợp đồng, dẫn tới hàng hóa vừa chịu GTGT nhập khẩu vừa chịu GTGT nhà thầu.

Tỷ lệ % thuế TNDN trên doanh thu tính thuế

Thay đổi có tác động lớn nhất về số tuyệt đối

Chuyển nhượng vốn: từ cơ chế 20% trên thu nhập tính thuế (giá bán trừ giá vốn trừ chi phí chuyển nhượng) sang cơ chế ấn định 2% trên giá chuyển nhượng. Với giao dịch có lãi mỏng hoặc lỗ, gánh nặng thuế tăng lên rõ rệt vì thuế phát sinh không phụ thuộc kết quả. Ngược lại, với giao dịch lãi lớn, mức 2% trên doanh thu thường thấp hơn 20% trên lãi.

Bán nguyên liệu, vật tư, linh kiện tại kho ngoại quan, khu phi thuế quan phục vụ sản xuất hàng xuất khẩu: từ 1% xuống 0%. Doanh nghiệp có mô hình này nên rà soát lại các hợp đồng đang thực hiện.

Khai thuế, hồ sơ và quyết toán hợp đồng theo Điều 30 Thông tư 89/2026

Thông tư 103 gần như không quy định thủ tục – doanh nghiệp phải tra Thông tư 156/2013, rồi Thông tư 80/2021. Thông tư 89 gom toàn bộ về một điều luật, cấu trúc theo ba tổ hợp phương pháp nộp thuế.

Ba trường hợp đặc thù được quy định riêng tại khoản 2 Điều 30:

• Hãng hàng không nước ngoài: văn phòng bán vé, đại lý tại Việt Nam khai và nộp thuế TNDN thay; khai theo quý.
• Hãng vận tải nước ngoài: đại lý tàu biển hoặc đại lý giao nhận khấu trừ, nộp thay; tạm nộp theo quý và quyết toán theo năm.
• Tái bảo hiểm nước ngoài: bên Việt Nam khấu trừ, khai và nộp thay; khai theo quý.

Lưu ý về mẫu biểu: Thông tư 89 dẫn chiếu hồ sơ khai thuế nhà thầu về điểm 15 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư. Doanh nghiệp cần cập nhật bộ mẫu mới trên phần mềm kê khai; theo khoản 1 Điều 100, hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01/7/2026 vẫn dùng mẫu biểu cũ.

Hiệp định tránh đánh thuế hai lần, hoàn thuế và xác nhận nghĩa vụ thuế

Thông tư 89 lần đầu tiên đặt hồ sơ áp dụng Hiệp định thuế cho nhà thầu nước ngoài vào cùng một văn bản với thủ tục khai thuế:

• Điều 78 – Hồ sơ miễn, giảm thuế theo Hiệp định đối với nhà thầu nước ngoài có thu nhập phát sinh tại Việt Nam (trừ vận tải quốc tế và tái bảo hiểm nước ngoài). Hồ sơ nộp cùng với hồ sơ khai thuế của lần khai đầu tiên, gồm Giấy chứng nhận cư trú đã hợp pháp hóa lãnh sự và các tài liệu kèm theo. Trường hợp chưa có Giấy chứng nhận cư trú của năm tính thuế tương ứng thì được nộp giấy của năm liền trước, và phải bổ sung trong thời hạn 15 ngày trước khi kết thúc hợp đồng hoặc kết thúc năm tính thuế (tùy thời điểm nào đến trước).
• Điều 79 và Điều 80 – hồ sơ riêng cho thu nhập từ vận tải quốc tế và từ tái bảo hiểm nước ngoài.
• Điều 44 – xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ thuế. Khi bên Việt Nam khấu trừ nộp thay, nhà thầu hoặc bên Việt Nam gửi mẫu số 01/ĐNXN Phụ lục III đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên Việt Nam. Cơ quan thuế chỉ xác nhận khi bên Việt Nam đã khấu trừ và nộp đầy đủ tiền thuế của kỳ đề nghị.
• Điều 56, điểm b khoản 1 – bên Việt Nam nộp hồ sơ đề nghị hoàn trả tiền thuế nộp thừa thay cho nhà thầu nước ngoài theo ủy quyền, bao gồm cả việc hoàn vào tài khoản của bên Việt Nam.

Các vùng rủi ro cần kiểm soát ngay

Danh mục việc cần làm

Thứ tự ưu tiên cho bộ phận kế toán – thuế trong quý III/2026:

• Lập danh sách toàn bộ hợp đồng nhà thầu nước ngoài đang có hiệu lực, phân loại theo ngày ký (trước hay sau 12/3/2026) và theo phương pháp nộp thuế đang áp dụng.
• Đánh dấu riêng nhóm hợp đồng đang áp dụng phương pháp hỗn hợp – xác nhận với cơ quan thuế quản lý trực tiếp về cơ chế chuyển tiếp.
• Rà soát chi phí trả cho nhà cung cấp nước ngoài không có hợp đồng nhà thầu chính thức: quảng cáo trực tuyến, phần mềm thuê bao, hạ tầng đám mây, phí nền tảng, hoa hồng sàn thương mại điện tử.
• Đối chiếu lại tỷ lệ % đang áp dụng với bảng tỷ lệ mới, đặc biệt là chuyển nhượng vốn (2%) và bán hàng tại kho ngoại quan/khu phi thuế quan (0% TNDN).
• Tính lại nghĩa vụ thuế theo hai cách hiểu về doanh thu tính thuế TNDN; lượng hóa chênh lệch để xin ý kiến cơ quan thuế và thông báo cho đối tác.
• Cập nhật mẫu tờ khai, biểu quyết toán hợp đồng nhà thầu theo Phụ lục I Thông tư 89 trên hệ thống kê khai.
• Cập nhật mẫu điều khoản thuế trong hợp đồng: căn cứ pháp lý, bên chịu thuế, cơ chế gross-up, nghĩa vụ cung cấp Giấy chứng nhận cư trú, cơ chế xử lý khi chính sách thuế thay đổi.
• Rà soát các khoản đã nộp thừa hoặc chưa được xác nhận nghĩa vụ thuế; chuẩn bị hồ sơ theo Điều 44 và Điều 56 Thông tư 89.

Danh mục căn cứ pháp lý

Tài liệu này được biên soạn nhằm mục đích tham khảo chuyên môn, dựa trên nội dung các văn bản quy phạm pháp luật nêu tại Mục 8 tính đến ngày 10/08/2026. Một số nội dung – đặc biệt là cách xác định doanh thu tính thuế TNDN và phạm vi áp dụng phương pháp hỗn hợp trong giai đoạn chuyển tiếp – hiện chưa có hướng dẫn thống nhất từ cơ quan thuế. Doanh nghiệp cần đối chiếu với tình huống cụ thể và lấy ý kiến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước khi áp dụng.