Tất tần tật về Kiểm toán FDI tại Việt Nam 2025

Việt Nam tiếp tục là điểm đến hàng đầu của dòng vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài (FDI). Tuy nhiên, cơ hội kinh doanh luôn đi kèm với nghĩa vụ pháp lý khắt khe trong lĩnh vực kế toán và kiểm toán. Việc không nắm rõ các quy định cập nhật có thể khiến doanh nghiệp FDI phải đối mặt với rủi ro bị xử phạt hành chính, bị truy thu thuế, và gặp khó khăn trong các thủ tục đầu tư.

Bài viết này cung cấp góc nhìn toàn diện, chính xác và chuyên sâu về nghĩa vụ kiểm toán FDI bắt buộc, dựa trên các Nghị định, Thông tư mới nhất áp dụng cho năm 2025 (bao gồm cả Nghị định 90 và Nghị định 228). Đây là cẩm nang giúp các nhà đầu tư và kế toán nội bộ đảm bảo tuân thủ 100% nghĩa vụ kiểm toán, quản lý hiệu quả rủi ro giao dịch liên kết và tránh những hậu quả pháp lý không đáng có.

Tổng quan về doanh nghiệp FDI và kiểm toán bắt buộc

Mục tiêu cốt lõi của việc kiểm toán hoặc kiểm toán FDI là đảm bảo tính minh bạch và trung thực của thông tin tài chính, phục vụ cho cả cơ quan quản lý nhà nước Việt Nam và công ty mẹ ở nước ngoài.

Doanh nghiệp FDI là gì? Khái niệm và tỷ lệ sở hữu

Theo Luật Đầu tư 2020 của Việt Nam, tổ chức kinh tế có nhà đầu tư nước ngoài là thành viên hoặc cổ đông được gọi là doanh nghiệp FDI. Sự khác biệt pháp lý cốt lõi nằm ở tỷ lệ vốn góp:

• Công ty 100% vốn nước ngoài: Toàn bộ vốn điều lệ do nhà đầu tư nước ngoài nắm giữ.
• Công ty liên doanh: Vốn điều lệ được góp bởi cả nhà đầu tư trong nước và nhà đầu tư nước ngoài.

Quyền kiểm soát và nghĩa vụ báo cáo:

• Nhà đầu tư nước ngoài chi phối: Tỷ lệ sở hữu từ 51% vốn điều lệ trở lên được coi là nhà đầu tư nước ngoài chi phối.
• Tỷ lệ này là cơ sở xác định nghĩa vụ báo cáo, đặc biệt là các báo cáo về giao dịch liên kết (Transfer Pricing) và các nghĩa vụ tuân thủ về đầu tư.

Các công ty có vốn đầu tư nước ngoài đóng vai trò quan trọng trong nền kinh tế Việt Nam.

Đối tượng và điều kiện bắt buộc kiểm toán BCTC

Nghĩa vụ kiểm toán độc lập đối với Báo cáo tài chính của từng nhóm doanh nghiệp đã được quy định đầy đủ trong Luật Kế toán và Luật Kiểm toán độc lập.

Quy định trọng yếu: Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) hoạt động tại Việt Nam thuộc nhóm đối tượng phải thực hiện kiểm toán độc lập hàng năm đối với Báo cáo tài chính.

CẬP NHẬT 2025 – Nghị định 90/2025/NĐ-CP:

Quy định này được củng cố và không phụ thuộc vào quy mô.

• Đối tượng cố định (FDI luôn bắt buộc): Doanh nghiệp FDI thuộc đối tượng phải kiểm toán độc lập theo Luật Kiểm toán độc lập, không phụ thuộc vào quy mô (vốn, doanh thu, tài sản). Ngay cả khi doanh nghiệp FDI có quy mô nhỏ hoặc mới thành lập, họ vẫn phải kiểm toán nếu phát sinh hoạt động trong năm.
• Đối tượng mở rộng (Không phải FDI): Nhóm doanh nghiệp khác (doanh nghiệp nội địa) có quy mô lớn cũng phải kiểm toán nếu thỏa mãn ít nhất 2 trong 3 tiêu chí sau: Tổng số lao động tham gia BHXH bình quân năm trên 200 người, Tổng doanh thu năm trên 300 tỷ đồng, hoặc Tổng tài sản trên 100 tỷ đồng.

Khẳng định: Kiểm toán Báo cáo tài chính hàng năm là nghĩa vụ không thể trì hoãn đối với hầu hết các công ty có vốn đầu tư nước ngoài có phải kiểm toán.

Xem thêm bài viết: Doanh nghiệp đạt doanh thu trên 300 tỷ đồng sẽ chính thức thuộc diện kiểm toán bắt buộc từ 14/4/2025

Kiểm toán BCTC của các công ty có vốn đầu tư nước ngoài là đối tượng chủ yếu của…

Việc kiểm toán độc lập phải được thực hiện bởi các công ty kiểm toán độc lập được Bộ Tài chính cấp phép và hoạt động hợp pháp tại Việt Nam.

• Giải thích về chủ thể: Các công ty kiểm toán này phải đáp ứng các tiêu chuẩn về năng lực chuyên môn, đạo đức nghề nghiệp và tuân thủ chuẩn mực kiểm toán Việt Nam (VSA).
• Phân biệt: Kiểm toán BCTC (Audit) là kiểm tra tính trung thực và hợp lý của báo cáo tài chính. Quyết toán thuế (Tax Finalization) là thủ tục kê khai nghĩa vụ thuế. Báo cáo Kiểm toán là tài liệu bắt buộc phải đính kèm khi nộp Báo cáo Quyết toán Thuế TNDN.

Chi tiết các loại báo cáo doanh nghiệp FDI phải nộp

Ngoài Báo cáo Tài chính, doanh nghiệp FDI còn phải tuân thủ một hệ thống báo cáo phức tạp khác nhằm minh bạch hóa tình hình đầu tư, tài chính và giao dịch với cơ quan quản lý.

Báo cáo tài chính (BCTC) và báo cáo kiểm toán FDI

Đây là loại báo cáo quan trọng nhất, thể hiện toàn bộ tình hình hoạt động của doanh nghiệp trong kỳ.

Kỳ lập và nộp: Hàng năm (theo năm dương lịch hoặc năm tài chính đặc thù đã đăng ký).

Thời hạn nộp: Việc tuân thủ thời hạn là cực kỳ quan trọng để tránh các hình phạt hành chính.

• Nộp BCTC cho cơ quan thuế/thống kê: Chậm nhất là 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính.
• Nộp báo cáo kiểm toán (kèm BCTC đã kiểm toán) cho SKH&ĐT/BQL khu công nghiệp: Thường là trong vòng 20 ngày sau khi báo cáo được ký, nhưng không được trễ hơn thời hạn nộp BCTC cho Cơ quan Thuế.

Yêu cầu kỹ thuật số 2025: Các doanh nghiệp đang được khuyến khích áp dụng xu hướng báo cáo trực tuyến (online submission) và lưu trữ hồ sơ tài chính dưới dạng điện tử, đặc biệt là nộp qua Cổng thông tin Quốc gia.

Cơ quan tiếp nhận báo cáo kiểm toán FDI:

• Sở Kế hoạch và Đầu tư (hoặc Ban Quản lý các Khu công nghiệp, khu kinh tế).
• Cơ quan Thuế (kèm theo Báo cáo Quyết toán Thuế TNDN).
• Cơ quan Thống kê.

Báo cáo tình hình thực hiện dự án đầu tư

Báo cáo này giúp cơ quan quản lý nhà nước giám sát tiến độ và hiệu quả của dự án FDI.

• Loại báo cáo: Báo cáo định kỳ (quý, năm) theo Nghị định 31/2021/NĐ-CP và Thông tư hướng dẫn mới nhất.
• Nội dung chính: Tình hình thực hiện vốn, doanh thu, lợi nhuận, lao động và các mục tiêu đã đăng ký trong Giấy chứng nhận Đăng ký đầu tư.

Báo cáo thuế (báo cáo thuế đối với công ty FDI)

Nghĩa vụ thuế của công ty có vốn đầu tư nước ngoài bao gồm nhiều loại báo cáo, trong đó báo cáo giao dịch liên kết là trọng tâm rủi ro:

• Quyết toán Thuế Thu nhập Doanh nghiệp (TNDN) hàng năm.
• Quyết toán Thuế Thu nhập Cá nhân (TNCN).
• Trọng tâm (Transfer Pricing – TP): Báo cáo giao dịch liên kết (Mẫu 01) và Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP. Đây là khu vực Cơ quan Thuế kiểm tra rất chặt chẽ để đảm bảo nguyên tắc giá thị trường (Arm’s Length Principle).

Báo cáo thống kê và báo cáo lao động

Báo cáo tài chính doanh nghiệp FDI cũng cần được tổng hợp kèm theo các báo cáo chuyên ngành khác:

• Báo cáo Thống kê định kỳ.
• Báo cáo tình hình sử dụng lao động (theo Nghị định 145/2020/NĐ-CP) và các quy định về bảo hiểm xã hội.

Quy trình và nội dung trọng yếu khi kiểm toán FDI

Để một quy trình kiểm toán FDI diễn ra hiệu quả, bạn cần nắm rõ các giai đoạn và chuẩn bị hồ sơ đầy đủ, chuyên nghiệp.

Các giai đoạn chính của quy trình kiểm toán FDI

Quy trình kiểm toán FDI tại Việt Nam được triển khai theo ba giai đoạn chuẩn hóa theo Chuẩn mực Kiểm toán Việt Nam (VSA):

• Lập kế hoạch: Đánh giá rủi ro tổng thể, xác định mức trọng yếu và xây dựng chiến lược kiểm toán phù hợp với từng đơn vị.
• Thực hiện kiểm toán: Gồm Thử nghiệm kiểm soát (đánh giá mức độ hiệu quả của hệ thống kiểm soát nội bộ) và Thử nghiệm cơ bản (kiểm tra chi tiết các số dư và nghiệp vụ trọng yếu).
• Kết thúc kiểm toán: Tổng hợp bằng chứng, hoàn thiện hồ sơ, lập dự thảo và phát hành Báo cáo Kiểm toán chính thức.

Hồ sơ, tài liệu và checklist cần chuẩn bị

Việc chuẩn bị hồ sơ chu đáo sẽ rút ngắn thời gian kiểm toán FDI và giảm thiểu sai sót. Dưới đây là những tài liệu trọng yếu mà các công ty kiểm toán luôn yêu cầu:

Checklist hồ sơ kế toán và tài chính:

• Sổ sách kế toán chi tiết và tổng hợp (Sổ cái, Sổ chi tiết các tài khoản).
• Chứng từ gốc (Hợp đồng mua bán, hóa đơn, phiếu thu/chi).
• Biên bản kiểm kê quỹ, hàng tồn kho, tài sản cố định tại thời điểm cuối kỳ.
• Thư xác nhận số dư tài khoản ngân hàng và các khoản nợ phải thu/phải trả.
• Bảng đối chiếu công nợ chi tiết (cho cả công ty mẹ/công ty liên kết).

Checklist pháp lý đầu tư và doanh nghiệp:

• Giấy chứng nhận Đăng ký đầu tư (IRC) và Giấy chứng nhận Đăng ký doanh nghiệp (ERC).
• Biên bản góp vốn, chứng từ nộp vốn và Kế hoạch góp vốn đã đăng ký.
• Các quyết định của Hội đồng thành viên/HĐQT liên quan đến các giao dịch lớn.

Các khoản mục thường bị điều chỉnh (Adjustment):

Trong quá trình kiểm toán FDI, một số khoản mục thường dễ bị điều chỉnh do khác biệt trong áp dụng chuẩn mực hoặc thiếu bằng chứng:

• Dự phòng giảm giá hàng tồn kho hoặc nợ phải thu khó đòi (thường bị điều chỉnh theo VAS).
• Chênh lệch tỷ giá hối đoái chưa thực hiện hoặc ghi nhận sai tỷ giá.
• Hạch toán các giao dịch nội bộ và giá chuyển nhượng (Transfer Pricing).
• Phân bổ chi phí trả trước (C.I.P) cho các tài sản chưa hoàn thành.

Rủi ro kiểm toán FDI đặc thù đối với doanh nghiệp

Rủi ro lớn nhất đối với doanh nghiệp FDI luôn xoay quanh các giao dịch nội bộ và vốn.

Giao dịch với bên liên quan (RPTs) và giá chuyển nhượng (Transfer Pricing):

Đây là rủi ro trọng yếu nhất. Công ty kiểm toán sẽ tập trung kiểm tra liệu các giao dịch giữa công ty Việt Nam và công ty mẹ/công ty liên kết có đang được thực hiện ở mức giá thị trường (Arm’s Length Principle) hay không, theo đúng quy định tại Nghị định 132/2020/NĐ-CP.

Vốn đầu tư và tỷ giá:

• Vốn góp chậm/không đủ: Kiểm tra tính hợp lệ và tiến độ góp vốn điều lệ (đúng ngoại tệ, đúng thời hạn) là trách nhiệm của công ty kiểm toán. Nếu vi phạm, doanh nghiệp có thể bị xử phạt hành chính theo Nghị định 122/2021/NĐ-CP.
• Ghi nhận sai tỷ giá: Sai sót trong việc áp dụng tỷ giá ngoại tệ để ghi nhận các giao dịch vốn và tài sản có thể dẫn đến điều chỉnh lớn trên báo cáo tài chính.

Sự khác biệt chuẩn mực: Doanh nghiệp FDI thường phải đối mặt với việc ghi nhận và chuyển đổi BCTC giữa Chuẩn mực Kế toán Việt Nam (VAS) cho mục đích nộp cơ quan thuế và IFRS/GAAP (Quốc tế) cho mục đích hợp nhất với công ty mẹ.

Tiêu chí lựa chọn công ty kiểm toán FDI uy tín

Để đảm bảo chất lượng kiểm toán FDI, việc lựa chọn đối tác là yếu tố quyết định.

• Năng lực về FDI và Transfer Pricing: Công ty kiểm toán phải có kinh nghiệm sâu rộng trong việc xử lý các giao dịch liên kết và hiểu rõ về các quy định đặc thù cho doanh nghiệp nước ngoài.
• Kinh nghiệm làm việc với công ty mẹ: Ưu tiên các đơn vị có kinh nghiệm chuyển đổi báo cáo sang chuẩn mực quốc tế (IFRS/GAAP) để giảm tải công việc cho đội ngũ kế toán.
• Đề xuất uy tín tại TP.HCM: Bạn nên cân nhắc các công ty kiểm toán lớn (Big 4) hoặc các công ty chuyên nghiệp khác trong lĩnh vực này, ví dụ như MAN – Master Accountant Network, được biết đến với đội ngũ chuyên môn sâu về thuế và kiểm toán quốc tế.

Rủi ro pháp lý và hậu quả khi không kiểm toán/nộp báo cáo

Việc né tránh hoặc trì hoãn nghĩa vụ kiểm toán sẽ dẫn đến những hậu quả pháp lý nghiêm trọng theo quy định mới nhất.

Mức phạt khi không kiểm toán hoặc kiểm toán chậm

Nghị định 228/2025/NĐ-CP (CẬP NHẬT 2025) quy định rõ ràng về mức phạt hành chính đối với các hành vi vi phạm kiểm toán độc lập:

Vi phạm phổ biến và mức phạt mới:

• Giao kết hợp đồng kiểm toán chậm: Phạt tiền từ 10 – 20 triệu đồng. Thường xảy ra khi doanh nghiệp không ký hợp đồng kiểm toán trước 31/12 của năm tài chính.
• Không giao kết hợp đồng kiểm toán (BCTC bắt buộc): Phạt tiền từ 40 – 60 triệu đồng. Đây là mức phạt cao nhất cho lỗi không tuân thủ nghĩa vụ kiểm toán.

Phạt liên quan thuế: Việc nộp BCTC chưa kiểm toán hoặc báo cáo kiểm toán có ý kiến ngoại trừ sẽ gây khó khăn khi quyết toán thuế, làm tăng rủi ro bị Cơ quan Thuế kiểm tra, truy thu thuế và phạt do vi phạm quy định về Transfer Pricing.

Hậu quả đối với hoạt động đầu tư

Hậu quả của việc không tuân thủ không chỉ dừng lại ở phạt tiền:

• Hậu quả về vốn góp: Xử phạt hành chính đối với việc không góp đủ vốn hoặc góp vốn chậm tiến độ theo Nghị định 122/2021/NĐ-CP.
• Bị Cơ quan Thuế/Kế hoạch Và Đầu tư đưa vào danh sách theo dõi đặc biệt, làm tăng khả năng bị thanh tra, kiểm tra đột xuất.
• Khó khăn khi thực hiện các thủ tục đầu tư sau này như: Tăng/giảm vốn, điều chỉnh mục tiêu dự án, xin cấp phép đầu tư mới hoặc chuyển nhượng dự án.

Câu hỏi thường gặp về kiểm toán FDI tại Việt Nam

Để đảm bảo cung cấp đầy đủ thông tin hữu ích, dưới đây là tổng hợp các câu hỏi thường gặp nhất liên quan đến kiểm toán FDI:

Báo cáo FDI 2025 có gì mới?

Cập nhật về mẫu báo cáo theo Thông tư mới nhất, đặc biệt là quy định về báo cáo giao dịch điện tử và áp dụng Nghị định 90/2025/NĐ-CP cho doanh nghiệp quy mô lớn.

Doanh nghiệp FDI lỗ có cần kiểm toán không?

CÓ. Nghĩa vụ kiểm toán bắt buộc không phụ thuộc vào kết quả kinh doanh (lãi hay lỗ) của công ty.

Doanh nghiệp FDI có bắt buộc sử dụng kế toán trưởng?

CÓ, hoặc phải thuê dịch vụ làm Kế toán trưởng chuyên nghiệp.

Thời hạn nộp Báo cáo Kiểm toán là khi nào?

Thường là 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính (tùy thuộc vào thời hạn nộp BCTC và Quyết toán thuế).

Doanh nghiệp FDI có cần nộp báo cáo kiểm toán cho công ty mẹ không?

CÓ. Đa số các công ty mẹ (quốc tế) yêu cầu báo cáo kiểm toán và hồ sơ đối chiếu (TB reconciliations) để phục vụ cho việc hợp nhất BCTC theo chuẩn IFRS/GAAP.

Công ty FDI mới thành lập có phải kiểm toán không?

CÓ, nếu doanh nghiệp phát sinh hoạt động và lập Báo cáo tài chính cho năm tài chính đầu tiên (thường không quá 15 tháng).

Kết luận

Kiểm toán FDI không chỉ là một nghĩa vụ pháp lý bắt buộc mà còn là công cụ quản trị rủi ro và minh bạch hóa thông tin tài chính hiệu quả. Trong bối cảnh các quy định mới năm 2025 ngày càng chặt chẽ, đặc biệt là về kiểm soát Transfer Pricing và vốn góp, việc chủ động tuân thủ và lựa chọn đối tác kiểm toán FDI chuyên nghiệp là yếu tố then chốt.

Đừng để những sai sót nhỏ trở thành rào cản pháp lý. Hãy liên hệ ngay với các chuyên gia kiểm toán hàng đầu để được tư vấn lộ trình tuân thủ toàn diện, đánh giá rủi ro giao dịch liên kết và tối ưu hóa chi phí thuế cho năm tài chính 2025.

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

• Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
• Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
• Email: man@man.net.vn

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.