Công văn số 3684/CT-CS: Bán công ty con, miễn khai thuế GTGT nhưng phải khai thuế TNDN

Ngày 10/9/2025, Cục Thuế ban hành Công văn số 3684/CT-CS nhằm làm rõ chính sách thuế khi doanh nghiệp thực hiện hoạt động chuyển nhượng công ty con. Đây là tình huống pháp lý khá phổ biến trong quá trình tái cấu trúc hoặc đầu tư, vì vậy doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý về nghĩa vụ thuế.

Về thuế GTGT

Theo hướng dẫn tại khoản 8 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC, hoạt động chuyển nhượng vốn không thuộc đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng.
Điều này có nghĩa là:

Nếu Công ty mẹ chuyển nhượng toàn bộ phần vốn góp, tương đương 100% vốn điều lệ tại Công ty con, cho một doanh nghiệp khác và được xác định là hoạt động chuyển nhượng vốn, thì doanh nghiệp không phải kê khai, nộp thuế GTGT.
Quy định này áp dụng cho trường hợp giao dịch thực chất là chuyển nhượng quyền sở hữu vốn, không phải hoạt động cung ứng hàng hóa, dịch vụ.

Về thuế TNDN

Khác với thuế GTGT, nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) lại phụ thuộc vào bản chất của giao dịch.

Nếu việc chuyển nhượng vốn có gắn với bất động sản (ví dụ công ty con sở hữu nhà xưởng, đất đai, dự án bất động sản), thì toàn bộ giao dịch sẽ được coi là hoạt động chuyển nhượng bất động sản.
Khi đó, doanh nghiệp phải kê khai và nộp thuế TNDN theo quy định về thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản.
Hồ sơ kê khai được lập theo Mẫu số 06/TNDN, ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC về biểu mẫu, thủ tục khai nộp thuế.

Lưu ý cho doanh nghiệp

Doanh nghiệp cần phân biệt rõ trường hợp chuyển nhượng vốn đơn thuần thì không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT, trong khi chuyển nhượng vốn có gắn với bất động sản thì bắt buộc phải kê khai và nộp thuế TNDN. Việc xác định chính xác bản chất giao dịch là yếu tố then chốt, bởi nếu kê khai sai, doanh nghiệp có thể đối diện với rủi ro bị truy thu thuế, xử phạt chậm nộp và gây ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động tài chính.

Căn cứ pháp lý

Thông tư 219/2013/TT-BTC: Hướng dẫn chi tiết về thuế giá trị gia tăng.
Thông tư 80/2021/TT-BTC: Quy định biểu mẫu, thủ tục khai nộp thuế áp dụng từ 01/01/2022.

Nguồn: LuatVietnam