Khai bổ sung hồ sơ hải quan quá 60 ngày: 3 hệ quả pháp lý cần lưu ý

Trong thực tiễn khai báo hải quan, việc doanh nghiệp phát hiện sai sót sau thông quan không hiếm gặp. Tuy nhiên, câu hỏi đặt ra là: khai bổ sung hồ sơ hải quan quá thời hạn 60 ngày có bị xử phạt không? Và nếu có thì mức độ xử lý pháp lý cụ thể ra sao? Bài viết này phân tích cặn kẽ theo Công văn 7589/CHQ-GSQL ngày 03/6/2025 của Cục Hải quan và hệ thống pháp luật liên quan.

Quy định về thời hạn khai bổ sung hồ sơ hải quan

Thực tiễn nghiệp vụ hải quan luôn phát sinh những sai sót không mong muốn trong quá trình khai báo, nhất là trong bối cảnh doanh nghiệp phải xử lý nhiều loại hình hàng hóa, biểu thuế, giấy phép đi kèm và quy trình vận hành gấp rút. Nhằm tạo điều kiện cho doanh nghiệp tự điều chỉnh, Luật Hải quan số 54/2014/QH13, tại khoản 4 Điều 29, đã thừa nhận quyền khai bổ sung hồ sơ hải quan sau thông quan trong một số điều kiện cụ thể.

Những vấn đề xoay quanh việc khai bổ sung hải quan trong 60 ngày

Theo đó, doanh nghiệp có thể thực hiện khai bổ sung nếu phát hiện sai sót trong tờ khai đã thông quan. Tuy nhiên, việc khai bổ sung này chỉ được pháp luật công nhận nếu diễn ra trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan và trước khi có quyết định kiểm tra sau thông quan hoặc thanh tra của cơ quan quản lý. Đây được xem là mốc thời gian mang tính “cửa sổ pháp lý”, tạo dư địa để doanh nghiệp chủ động sửa lỗi mà không bị xử phạt hành chính hay truy thu thuế do khai sai ban đầu.

Tuy vậy, quy định này không phải là một cơ chế mở hoàn toàn, mà có sự giới hạn rõ ràng. Pháp luật loại trừ các trường hợp khai bổ sung liên quan đến nhóm nội dung cần kiểm soát chuyên biệt, bao gồm:

Giấy phép xuất khẩu hoặc nhập khẩu do cơ quan có thẩm quyền cấp;
Kết quả kiểm tra chuyên ngành về chất lượng hàng hóa, an toàn thực phẩm, kiểm dịch động – thực vật, kiểm tra văn hóa, và y tế.

Lý do của sự ngoại lệ này nằm ở bản chất của các nội dung vừa nêu: chúng liên quan đến nghĩa vụ pháp lý không thể thay đổi sau khi hàng đã thông quan, như yêu cầu phải có giấy phép trước khi nhập khẩu, hoặc chứng minh chất lượng – an toàn qua kiểm tra vật lý tại thời điểm làm thủ tục. Việc cho phép khai bổ sung trong các trường hợp này sẽ dẫn đến nguy cơ gian lận thương mại hoặc hợp thức hóa sai phạm sau khi hàng đã lưu hành.

Như vậy, có thể thấy, pháp luật về khai bổ sung hồ sơ hải quan đã thiết lập một cơ chế cân bằng giữa quyền tự khắc phục của doanh nghiệp và yêu cầu kiểm soát chặt chẽ của cơ quan nhà nước. Doanh nghiệp được phép khai bổ sung trong giới hạn 60 ngày, nhưng không phải trong mọi tình huống. Việc nắm rõ ranh giới pháp lý này sẽ giúp doanh nghiệp chủ động kiểm soát rủi ro và tránh bị xử lý khi thực hiện điều chỉnh hồ sơ sau thông quan.

Vẫn được chấp nhận khai bổ sung sau 60 ngày, nhưng không miễn trừ xử phạt

Công văn số 7589/CHQ-GSQL của Tổng cục Hải quan ngày 03/6/2025 đã xác nhận rõ ràng: nếu doanh nghiệp khai bổ sung sau thời hạn 60 ngày nhưng vẫn trước khi có quyết định kiểm tra sau thông quan hoặc thanh tra, thì việc bổ sung này vẫn hợp lệ. Tuy nhiên, hành vi này không còn được miễn trừ trách nhiệm pháp lý như trong thời hạn 60 ngày.

Cụ thể, người khai hải quan sẽ bị xử lý theo:

Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, Điều 47 quy định về khai bổ sung hồ sơ thuế.
Nghị định 128/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.
Nghị định 102/2021/NĐ-CP sửa đổi một số điều của Nghị định 128.

Hệ quả pháp lý khi khai bổ sung hồ sơ hải quan quá 60 ngày

Việc khai bổ sung hồ sơ hải quan là quyền được pháp luật công nhận nhằm giúp doanh nghiệp chủ động sửa sai. Tuy nhiên, khi vượt quá thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan, quyền này vẫn được giữ nguyên nhưng không còn đi kèm ưu đãi pháp lý. Điều đó đồng nghĩa với việc doanh nghiệp vẫn được khai bổ sung, nhưng phải gánh chịu toàn bộ hệ quả pháp lý phát sinh do hành vi khai sai ban đầu.

Trước tiên, theo Điều 7 Nghị định 128/2020/NĐ-CP, việc khai sai nội dung tờ khai hải quan, dù là do vô tình hay không có yếu tố gian lận, vẫn bị xử phạt hành chính. Mức xử phạt có thể lên tới 20 triệu đồng, tùy thuộc vào số lần vi phạm, tính chất hàng hóa và mức độ ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế. Việc vượt quá thời hạn khai bổ sung khiến doanh nghiệp không còn thuộc diện được miễn xử phạt do tự phát hiện và tự khắc phục.

Thứ hai, khi nội dung khai bổ sung dẫn đến sự điều chỉnh tăng nghĩa vụ thuế, doanh nghiệp không chỉ phải nộp phần thuế bị thiếu mà còn bị tính tiền chậm nộp theo quy định tại khoản 2 Điều 59 Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14. Cụ thể, mức lãi suất phạt chậm nộp là 0,03% mỗi ngày, tính trên số tiền thuế còn thiếu và thời gian chậm nộp. Đối với những tờ khai có trị giá hàng hóa cao, con số này có thể cộng dồn lên đáng kể và ảnh hưởng trực tiếp đến chi phí doanh nghiệp.

Thứ ba, về góc độ kiểm tra sau thông quan, việc doanh nghiệp khai bổ sung quá thời hạn quy định có thể bị xem là một tình tiết tăng nặng nếu sau đó bị thanh tra hoặc kiểm tra và phát hiện vi phạm mang tính hệ thống. Cơ quan hải quan hoàn toàn có thể đánh giá đây là biểu hiện của việc thiếu tuân thủ có tính lặp lại, làm giảm mức độ tin cậy của doanh nghiệp trong hệ thống phân luồng và quản lý rủi ro hải quan. Điều này không chỉ ảnh hưởng đến vụ việc cụ thể, mà còn ảnh hưởng đến quá trình thông quan các lô hàng khác trong tương lai, gia tăng tần suất kiểm tra và gây chậm trễ vận hành chuỗi cung ứng.

Một điểm cần lưu ý là việc khai bổ sung muộn cũng mất đi khả năng tự điều chỉnh một cách nhẹ nhàng, vì lúc này hồ sơ đã bị “treo” trong diện xem xét xử lý. Cơ quan hải quan có thể không tiếp nhận hồ sơ trực tuyến đơn thuần mà yêu cầu giải trình, bổ sung tài liệu, thậm chí mời làm việc để xác minh bản chất sai lệch. Điều này kéo theo hệ quả quản trị – vận hành và làm phát sinh chi phí tuân thủ không nhỏ.

Tóm lại, khai bổ sung sau thời hạn 60 ngày không bị cấm, nhưng lại khiến doanh nghiệp bước vào vùng pháp lý rủi ro, mất đi các quyền lợi đáng kể về miễn xử phạt, tăng chi phí tài chính và làm xấu hồ sơ tuân thủ. Đây là cái giá phải trả cho việc không kiểm soát tốt chu trình khai báo ban đầu, hoặc chậm phản ứng với các sai sót đã phát hiện. Trong bối cảnh xu hướng hải quan điện tử và quản lý rủi ro ngày càng chặt chẽ, doanh nghiệp càng cần nghiêm túc rà soát quy trình nội bộ để chủ động phòng tránh tình trạng này xảy ra.

Cơ sở pháp lý cụ thể cần tham khảo

Để thực hiện khai bổ sung đúng quy định, doanh nghiệp cần đối chiếu và nắm chắc:

Luật Hải quan số 54/2014/QH13, đặc biệt Điều 29.
Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, các điều 47, 59, 60.
Nghị định 128/2020/NĐ-CP, Điều 7 và Điều 16.
Thông tư 38/2015/TT-BTC và Thông tư 39/2018/TT-BTC, quy định cụ thể về thủ tục khai bổ sung.
Công văn 7589/CHQ-GSQL ngày 03/6/2025 từ Tổng cục Hải quan.

Bạn có thể tham khảo toàn văn hướng dẫn tại: Chi tiết hướng dẫn của LuatVietnam

Doanh nghiệp nên khai bổ sung trong 60 ngày để tránh mất lợi thế pháp lý

Mặc dù pháp luật không cấm khai bổ sung sau thời hạn 60 ngày, nhưng doanh nghiệp nên thực hiện khai bổ sung càng sớm càng tốt. Vì trong thời hạn 60 ngày, nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp sẽ không bị xử phạt, không bị tính lãi chậm nộp, và quá trình điều chỉnh diễn ra suôn sẻ hơn.

Ngoài ra, doanh nghiệp cần rà soát toàn bộ hồ sơ hải quan định kỳ, xây dựng quy trình kiểm tra nội bộ để hạn chế sai sót và phản ứng kịp thời trước khi bị kiểm tra sau thông quan.

Lưu ý khi thực hiện khai bổ sung hồ sơ hải quan trên hệ thống

Trên hệ thống VNACCS/VCIS, việc khai bổ sung có thể thực hiện thông qua chức năng sửa đổi tờ khai hoặc nộp hồ sơ trực tiếp tại Chi cục Hải quan nếu không đủ điều kiện điện tử. Trong mọi trường hợp, cần có:

Bản giải trình nêu rõ lý do bổ sung
Tài liệu chứng minh thay đổi hoặc điều chỉnh
Tờ khai ban đầu và hồ sơ gốc liên quan

Nếu không rõ quy trình, doanh nghiệp có thể tham khảo dịch vụ tư vấn hải quan của MAN để đảm bảo việc bổ sung đúng pháp luật và tránh các rủi ro không cần thiết.

Các nguồn đáng tin cậy bạn nên theo dõi

Kết luận

Việc khai bổ sung hồ sơ hải quan là quyền của doanh nghiệp nhưng cũng đi kèm trách nhiệm. Trong bối cảnh quản lý hải quan ngày càng chặt chẽ, việc nắm rõ các mốc thời gian và hành lang pháp lý giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro pháp lý và tài chính, từ đó tối ưu hoạt động xuất nhập khẩu một cách bền vững.