Hàng thanh toán trễ hạn không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Ngày 19/9/2025, Cục Thuế tỉnh Ninh Bình đã ban hành Công văn số 2563/NBI-QLDN2 hướng dẫn việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào trong trường hợp hàng hóa, dịch vụ quá hạn thanh toán.
Hướng dẫn này căn cứ theo các quy định mới tại:

Khoản 1, khoản 2 Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 (có hiệu lực từ 1/7/2025)
Điểm g khoản 2 Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn chi tiết Luật Thuế GTGT

Theo đó, chỉ các giao dịch thanh toán đúng hạn và không dùng tiền mặt mới đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Bấm vào đây để tải về bảng tóm tắt bài viết

Quy định cụ thể về thời điểm thanh toán theo hợp đồng

Cục Thuế tỉnh Ninh Bình đã hướng dẫn rõ đối với các doanh nghiệp mua hàng trả chậm, trả góp:

Trường hợp đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng mà doanh nghiệp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, thì:

Doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ cho phần giá trị hàng hóa, dịch vụ chưa có chứng từ thanh toán hợp lệ.
Việc điều chỉnh được thực hiện trong kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng.

Điều này có nghĩa, dù doanh nghiệp đã kê khai khấu trừ trước đó, nhưng nếu đến hạn mà chưa có chứng từ thanh toán chuyển khoản, phần thuế GTGT đầu vào đó vẫn phải bị loại khỏi tờ khai.

Trường hợp thanh toán sau thời hạn hợp đồng

Cục Thuế tỉnh Ninh Bình cũng làm rõ:
Nếu sau thời hạn thanh toán ghi trong hợp đồng doanh nghiệp mới có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, thì:

Không được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào cho phần hàng hóa, dịch vụ đó.
Việc thanh toán sau hạn không làm phát sinh lại quyền khấu trừ thuế, dù doanh nghiệp đã hoàn tất nghĩa vụ thanh toán với bên bán.

Đáng lưu ý: Không những phần thuế GTGT (VAT) đầu vào không được khấu trừ, mà chi phí tương ứng (giá trị hàng hóa, dịch vụ) cũng không được ghi nhận là chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

Điều này cho thấy, thời điểm thanh toán đóng vai trò quyết định tính hợp lệ của chứng từ khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Việc thanh toán trễ dù chỉ vài ngày so với hợp đồng cũng có thể khiến khoản thuế bị loại khỏi khấu trừ và chi phí bị loại khỏi chi phí hợp lý.

Tác động thực tiễn đối với doanh nghiệp

Hướng dẫn này khiến doanh nghiệp cần rà soát kỹ quy trình kế toán và thanh toán.
Để tuân thủ đúng quy định và tránh bị truy thu, doanh nghiệp nên:

Rà soát điều khoản thanh toán trong hợp đồng mua bán hàng hóa, dịch vụ, đặc biệt là thời hạn và hình thức thanh toán.
Đảm bảo thanh toán đúng hạn bằng phương thức không dùng tiền mặt, như chuyển khoản qua ngân hàng hoặc bù trừ công nợ có chứng từ hợp lệ.
Theo dõi và đối chiếu định kỳ giữa bộ phận kế toán – pháp lý để phát hiện các hợp đồng có nguy cơ quá hạn thanh toán.
Chủ động điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào nếu đến hạn thanh toán mà chưa có chứng từ hợp lệ, nhằm tránh bị xử phạt khi thanh tra thuế.
Lưu trữ đầy đủ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để chứng minh quyền khấu trừ khi có yêu cầu kiểm tra.

Quan điểm của cơ quan thuế

Cục Thuế tỉnh Ninh Bình nhấn mạnh rằng:

“Doanh nghiệp chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ thanh toán đúng hạn theo hợp đồng bằng chứng từ không dùng tiền mặt.
Trường hợp thanh toán sau hạn, dù đã có chứng từ thanh toán, vẫn không đủ điều kiện khấu trừ thuế.”

Hướng dẫn này phù hợp với mục tiêu của Luật Thuế GTGT mới – tăng cường minh bạch, hạn chế gian lận hoàn thuế và giao dịch ảo.

Kết luận: doanh nghiệp cần siết chặt quy trình thanh toán

Từ hướng dẫn của Cục Thuế Ninh Bình, có thể thấy cơ quan quản lý thuế đang siết chặt điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào để đảm bảo tính minh bạch.
Doanh nghiệp cần:

Chủ động kiểm soát tiến độ thanh toán.
Ký kết hợp đồng rõ thời hạn và hình thức thanh toán.
Thực hiện chuyển khoản đúng thời điểm ghi nhận nghĩa vụ thanh toán.

Việc chậm trễ dù chỉ vài ngày có thể khiến khoản thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, gây tăng chi phí thuế và rủi ro khi quyết toán.

Tóm lược quy định mới về khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Tình huống	Quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào	Hướng xử lý
Thanh toán đúng hạn, có chứng từ không dùng tiền mặt	Được khấu trừ	Kê khai bình thường
Đến hạn thanh toán chưa có chứng từ không dùng tiền mặt	Không được khấu trừ	Kê khai điều chỉnh giảm
Thanh toán sau hạn hợp đồng	Không được khấu trừ	Không được điều chỉnh hồi phục

Nguồn tham khảo: Công văn số 2563/NBI-QLDN2 ngày 19/9/2025 của Cục Thuế tỉnh Ninh Bình về khấu trừ thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ quá hạn thanh toán.