Thông tư 86/2026/TT-BTC hướng dẫn quản lý thuế xuất nhập khẩu

Bộ Tài chính vừa ban hành Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định về quản lý thuế xuất nhập khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu nhằm hướng dẫn chi tiết các nội dung chuyên môn về quản lý thuế trong lĩnh vực hải quan. Văn bản được ký ban hành ngày 30/06/2026 và chính thức áp dụng từ ngày 01/07/2026, thay thế hoàn toàn Thông tư 06/2021/TT-BTC. Thông tư này quy định toàn diện trách nhiệm kê khai, thủ tục miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế, hoàn thuế xuất nhập khẩu và xử lý tiền thuế nộp thừa cho cộng đồng doanh nghiệp xuất nhập khẩu.

Thông tư 86/2026/TT-BTC có hiệu lực khi nào? Thông tư chính thức có hiệu lực từ ngày 01/07/2026, thay thế Thông tư 06/2021/TT-BTC và hướng dẫn chi tiết công tác quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Bối cảnh ban hành và phạm vi điều chỉnh

Bộ Tài chính ban hành Thông tư 86/2026/TT-BTC ngày 30/06/2026, áp dụng cho tổ chức và cá nhân tham gia hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa. Văn bản này cụ thể hóa các quy định của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 (đã được sửa đổi, bổ sung).

Về kết cấu, Thông tư gồm 03 chương và 45 điều, bao quát các khâu nghiệp vụ cốt lõi từ khai thuế, nộp thuế, gia hạn nộp thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa, hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế, đến khoanh nợ, xóa nợ, kiểm tra thuế và xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.

Các điểm nội dung quan trọng trong quản lý thuế xuất nhập khẩu

Thông tư 86/2026/TT-BTC tiếp tục đẩy mạnh ứng dụng giao dịch điện tử trong toàn bộ hệ thống quản lý hải quan. Người nộp thuế thực hiện khai thuế, gửi hồ sơ, nhận thông báo và xử lý vướng mắc thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

Doanh nghiệp chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về tính chính xác, trung thực và thống nhất của thông tin kê khai trên tờ khai hải quan cũng như các chứng từ điện tử đi kèm.

Văn bản quy định rõ quy trình xử lý và thời hạn nộp thuế đối với các trường hợp phát sinh đặc thù bao gồm:

• Hàng hóa chờ phân tích, giám định: Người nộp thuế tạm nộp thuế theo mã số HS và thuế suất tự khai báo trước khi giải phóng hàng hóa.
• Hàng hóa chưa có giá chính thức: Người nộp thuế tạm nộp thuế theo giá tạm tính trước khi thông quan hoặc giải phóng hàng hóa.
• Khai bổ sung các khoản điều chỉnh: Khi xác định được các khoản phí bản quyền, phí giấy phép hoặc các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan, doanh nghiệp phải thực hiện khai bổ sung và nộp số tiền thuế chênh lệch đúng thời hạn.

Đối với thủ tục miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế và hoàn thuế, văn bản hướng dẫn chi tiết thẩm quyền, trình tự thực hiện cùng hệ thống biểu mẫu đồng bộ, trong đó bao gồm Mẫu số 03 về công văn đề nghị không thu thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu. Đồng thời, các điều khoản về gia hạn nộp thuế và miễn tiền chậm nộp trong các trường hợp bất khả kháng như thiên tai, dịch bệnh, hỏa hoạn cũng được chuẩn hóa theo đúng quy định của pháp luật.

Đối tượng áp dụng và hiệu lực thi hành

Thông tư 86/2026/TT-BTC áp dụng đối với người nộp thuế theo quy định của pháp luật về thuế xuất nhập khẩu; cơ quan hải quan các cấp; công chức hải quan; cùng các cơ quan nhà nước, tổ chức, cá nhân có quyền và nghĩa vụ liên quan.

Bắt đầu từ ngày 01/07/2026, Thông tư 06/2021/TT-BTC chính thức hết hiệu lực thi hành. Ngoài ra, văn bản cũng quy định sửa đổi, bãi bỏ một số điều khoản tương ứng tại Thông tư 38/2015/TT-BTC, Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC để bảo đảm sự đồng bộ trong hệ thống pháp luật hải quan.

Tác động thực tế và góc nhìn chuyên môn từ MAN

Sự ra đời của Thông tư 86/2026/TT-BTC đòi hỏi bộ phận kế toán và logistics tại các doanh nghiệp xuất nhập khẩu phải rà soát lại toàn bộ quy trình vận hành nội bộ. Việc chuẩn hóa chứng từ điện tử giúp rút ngắn thời hạn thông quan và giảm thiểu thao tác thủ công, nhưng cũng đặt ra yêu cầu cao hơn về độ chính xác của dữ liệu kê khai.

Doanh nghiệp có thể phát sinh nghĩa vụ thuế, tiền chậm nộp hoặc bị cơ quan hải quan xử lý theo quy định nếu không thực hiện khai bổ sung đúng thời hạn hoặc xác định sai mã HS và trị giá hải quan.

Đội ngũ chuyên gia tại MAN – Master Accountant Network khuyến nghị doanh nghiệp cần chủ động thực hiện các công việc trọng tâm sau:

• Cập nhật hệ thống biểu mẫu: Chuyển đổi toàn bộ biểu mẫu kê khai, công văn đề nghị hoàn thuế, miễn thuế, không thu thuế sang mẫu mới ban hành, đặc biệt là Mẫu số 03 đối với hồ sơ đề nghị không thu thuế.
• Kiểm soát hợp đồng và trị giá hải quan: Rà soát kỹ các hợp đồng nhập khẩu có điều khoản phát sinh phí bản quyền, phí giấy phép hoặc các khoản thanh toán sau để thực hiện khai bổ sung đúng mốc thời hạn.
• Đối soát nghĩa vụ thuế định kỳ: Thường xuyên tra cứu tình trạng nợ thuế, tiền phạt và tiền nộp thừa trên hệ thống hải quan điện tử nhằm kịp thời thực hiện bù trừ nghĩa vụ tài chính theo hướng dẫn mới.
• Lưu trữ hồ sơ điện tử đồng bộ: Lưu trữ đầy đủ bộ chứng từ hải quan, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và tài liệu phân tích kỹ thuật để sẵn sàng giải trình khi cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan.

Khuyến nghị hành động dành cho doanh nghiệp

Thông tư 86/2026/TT-BTC tạo khung pháp lý rõ ràng cho công tác quản lý thuế xuất nhập khẩu trong giai đoạn chuyển đổi số. Việc nắm bắt chính xác quy định giúp doanh nghiệp tối ưu thời gian thông quan, chủ động dòng tiền hoàn thuế xuất nhập khẩu và hạn chế tối đa rủi ro pháp lý.

Doanh nghiệp nên chủ động rà soát quy trình kế toán hải quan, tổ chức tập huấn nội bộ về các điểm mới của thông tư và tham vấn các đơn vị cung cấp dịch vụ khain vị hải quantư vấn thuế chuyên nghiệp như MAN – Master Accountant Network để đảm bảo tính tuân thủ cao nhất.