Công văn số 5200/CT-CS giải đáp 6 vướng mắc về thuế doanh nghiệp

Ngày 24/7/2026, Cục Thuế ban hành Công văn số 5200/CT-CS trả lời Công văn số 20/CV/2026 ngày 23/6/2026 của Hiệp hội doanh nghiệp Hàn Quốc tại Việt Nam (KOCHAM) về 6 vướng mắc chính sách thuế trọng yếu. Hướng dẫn này làm rõ quy trình hoàn thuế giá trị gia tăng, quy định tính tiền thuê đất, chính sách thuế đối với nguyên vật liệu không phải thanh toán, tiêu chí xử lý hồ sơ thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế và lao động thuê ngoài. Đây là các căn cứ pháp lý quan trọng dành cho ban lãnh đạo doanh nghiệp và bộ phận kế toán để bảo đảm tuân thủ nghĩa vụ thuế.

Đẩy mạnh điện tử hóa quy trình hoàn thuế giá trị gia tăng

Theo Công văn số 5200/CT-CS ngày 24/7/2026 của Cục Thuế, cơ quan thuế đang tập trung rà soát, phân loại và đẩy nhanh tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư và quá trình hoạt động xuất khẩu. Các hồ sơ đầy đủ điều kiện và có mức độ rủi ro thấp sẽ được giải quyết kịp thời. Đối với hồ sơ có dấu hiệu rủi ro về hóa đơn, nguồn gốc hàng hóa, giao dịch hoặc dòng tiền, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, xác minh trên cơ sở quản lý rủi ro theo đúng quy trình. Cơ quan thuế cũng tăng cường hướng dẫn, hỗ trợ người nộp thuế hoàn thiện hồ sơ ngay từ khâu kê khai nhằm hạn chế việc phải bổ sung, giải trình nhiều lần.

Từ ngày 01/7/2026, khi Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 chính thức có hiệu lực thi hành, Ngành Thuế tiếp tục đẩy mạnh điện tử hóa quy trình hoàn thuế, công khai và minh bạch thủ tục. Đồng thời, cơ quan thuế tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin, kết nối và khai thác dữ liệu từ các cơ quan có liên quan để rút ngắn thời gian kiểm tra, giải quyết hồ sơ và bảo đảm phòng, chống gian lận hoàn thuế.

Nguyên vật liệu không phải thanh toán FOC không được hưởng ưu đãi thuế TNDN

Tại Công văn số 5200/CT-CS, Cục Thuế dẫn chiếu Điều 3 và khoản 9 Điều 23 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 để làm rõ chính sách thuế đối với hàng hóa không phải thanh toán.

• Xác định bản chất thu nhập: Các khoản quà biếu, quà tặng, hàng hóa nhận được không phải thanh toán (FOC), các khoản tài trợ hoặc hỗ trợ tiếp thị, khuyến mại được xác định là thu nhập khác.
• Quy định về ưu đãi thuế: Khoản thu nhập khác này không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại khoản 9 Điều 23 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP.
• Căn cứ đánh giá thực tế: Việc xác định nguyên vật liệu FOC có thuộc thu nhập chịu thuế và được hưởng ưu đãi hay không phải căn cứ trực tiếp vào bản chất giao dịch, hợp đồng, thỏa thuận giữa các bên, quyền sở hữu nguyên vật liệu, mục đích sử dụng, hạch toán kế toán cùng hồ sơ, chứng từ liên quan.

Nguyên tắc xử lý hồ sơ APA và trách nhiệm xác định tiền thuê đất

Cục Thuế khẳng định tại Công văn số 5200/CT-CS rằng việc ưu tiên xử lý hồ sơ thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) chỉ dựa trên quốc tịch nhà đầu tư hoặc tư cách thành viên hiệp hội là chưa phù hợp với nguyên tắc quản lý thống nhất, khách quan và công bằng.

Cơ chế thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế APA

Căn cứ khoản 3 Điều 31 Luật Quản lý thuế năm 2025 có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, cơ chế APA được hoàn thiện theo hướng minh bạch, có đầy đủ cơ sở pháp lý cho việc thu thập, khai thác thông tin phục vụ quá trình thẩm định và đàm phán. Cơ quan thuế khai thác dữ liệu từ nguồn thông tin do người nộp thuế cung cấp, cơ sở dữ liệu thương mại, cơ sở dữ liệu quản lý thuế, thông tin chứng khoán, sàn giao dịch và hợp tác quốc tế.

Việc lựa chọn và sắp xếp thứ tự xử lý hồ sơ APA dựa trên các tiêu chí khách quan:

• Mức độ đầy đủ của hồ sơ đề nghị.
• Tính chất phức tạp của giao dịch.
• Thời gian đề nghị áp dụng APA.
• Khả năng phối hợp với cơ quan thuế đối tác và nguồn lực thực hiện của cơ quan thuế.

Trách nhiệm tính tiền thuê đất của cơ quan thuế

Về xác định tiền thuê đất cho dự án đầu tư, Cục Thuế dẫn chiếu điểm a khoản 3 Điều 44 Nghị định số 103/2024/NĐ-CP ngày 30/7/2024 (đã được sửa đổi, bổ sung tại điểm b khoản 17 Điều 1 Nghị định số 291/2025/NĐ-CP ngày 06/11/2025). Trách nhiệm của cơ quan thuế là căn cứ quy định pháp luật và Phiếu chuyển thông tin do cơ quan có chức năng quản lý đất đai hoặc cơ quan khác chuyển đến để thực hiện tính tiền sử dụng đất, tiền thuê đất và thông báo cho người sử dụng đất.

Do công văn của KOCHAM chưa nêu trường hợp cụ thể, Cục Thuế đề nghị cung cấp đầy đủ thông tin, tài liệu liên quan để có cơ sở rà soát và phối hợp xử lý.

Hướng dẫn về thuế suất GTGT 0% và hoạt động cho thuê lại lao động

Đối với thuế suất thuế giá trị gia tăng 0% trong giao dịch xuất nhập khẩu tại chỗ, Cục Thuế cho biết đã có văn bản hướng dẫn tại Công văn số 4425/CT-CS ngày 01/7/2026 và gửi kèm bản sao để doanh nghiệp nghiên cứu thực hiện.

Liên quan đến chính sách thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động cho thuê lại lao động, Cục Thuế dẫn chiếu nội dung đã giải đáp tại Công văn số 3705/CT-CS ngày 05/6/2026 gửi Thuế tỉnh Phú Thọ. Riêng các vướng mắc về điều kiện, phạm vi hoạt động hoặc danh mục công việc được thực hiện cho thuê lại lao động theo Nghị định số 145/2020/NĐ-CP ngày 14/12/2020, Cục Thuế đề nghị doanh nghiệp liên hệ cơ quan quản lý nhà nước về lao động có thẩm quyền để nhận hướng dẫn.

Góc nhìn chuyên môn từ MAN – Master Accountant Network

Nội dung tại Công văn số 5200/CT-CS cho thấy cơ quan quản lý đang siết chặt tính pháp lý và tính minh bạch trong quản lý thuế, đặc biệt là công tác quản lý rủi ro hoàn thuế và điều kiện hưởng ưu đãi thuế TNDN.

Theo đánh giá của các chuyên gia tại MAN – Master Accountant Network, từ góc độ quản trị và thực tiễn tuân thủ pháp luật thuế, bộ phận tài chính – kế toán nên chủ động triển khai các giải pháp sau:

• Đối soát bản chất các hợp đồng nguyên vật liệu FOC: Kế toán cần phân định rõ nguyên vật liệu FOC nhận được là khoản tài trợ, biếu tặng hay là vật tư do bên đặt gia công cấp để thực hiện hợp đồng. Việc xác định đúng bản chất pháp lý và hạch toán chuẩn xác giúp doanh nghiệp tránh nguy cơ bị loại ưu đãi thuế TNDN khi quyết toán.
• Chuẩn bị đồng bộ hồ sơ hoàn thuế GTGT: Doanh nghiệp cần nắm rõ hoàn thuế GTGT là gì theo các quy định hiện hành và thực hiện rà soát kỹ chứng từ thanh toán, hợp đồng, tờ khai hải quan ngay từ khâu kê khai ban đầu theo đúng hướng dẫn của cơ quan thuế.
• Xây dựng hồ sơ APA dựa trên căn cứ kỹ thuật khách quan: Do cơ quan thuế sắp xếp thứ tự xử lý hồ sơ APA dựa trên tính đầy đủ và minh bạch của thông tin, doanh nghiệp đề xuất APA cần tập trung chuẩn bị cơ sở dữ liệu so sánh chuẩn xác và hồ sơ chứng minh tính hợp lý của giao dịch liên kết.

Khuyến nghị hành động dành cho doanh nghiệp là chủ động rà soát lại toàn bộ danh mục tài sản, vật tư nhận không thanh toán và chuẩn bị sẵn chứng từ giải trình nguồn gốc trước các kỳ kiểm tra thuế.