Công văn 4280/CT-CS: Định chuẩn khu phi thuế quan và chính sách thuế GTGT chuyển tiếp

Công văn số 4280/CT-CS ngày 17/10/2025 của Cục Thuế là một văn bản hướng dẫn nghiệp vụ có tính chất định hướng cao, giải quyết vướng mắc về chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các Doanh nghiệp Chế xuất (DCE) được thành lập trong giai đoạn quá độ. Văn bản này khẳng định nguyên tắc cốt lõi: Ưu đãi thuế suất 0% dành cho DCE không phải là quyền lợi mặc định đi kèm GCNĐT, mà là hệ quả của việc đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo tiêu chuẩn mới nhất, được siết chặt bởi Điều 28a Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.

Bài phân tích này sẽ đi sâu vào lập luận của cơ quan thuế, làm rõ sự xung đột giữa văn bản đầu tư cũ và quy định kiểm soát hải quan mới, từ đó đưa ra những khuyến nghị thực tiễn cho các DCE đang trong tình trạng tương tự.

Tài liệu:Công văn số 4280/CT-CS ngày 17/10/2025

Bấm vào để tải ngay nội dung tóm tắt bài viết

Phân tích tình huống quá độ và cơ sở lập luận của Cục Thuế

Định chuẩn khu phi thuế quan và chính sách thuế GTGT chuyển tiếp

Phân định vai trò giấy chứng nhận đầu tư và điều kiện hải quan

Trường hợp của Công ty TNHH Jia Bao Rui Việt Nam là điển hình cho sự “lệch pha” giữa chính sách đầu tư và chính sách hải quan trong quá khứ. Công ty được cấp GCNĐT là DCE vào ngày 21/12/2017, tại thời điểm mà quy trình cấp phép chưa yêu cầu bắt buộc cơ quan đăng ký đầu tư phải lấy ý kiến xác nhận từ cơ quan hải quan về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát.

Nghị định 18/2021/NĐ-CP, bằng cách bổ sung Điều 28a Nghị định 134/2016/NĐ-CP, đã thiết lập một tiêu chuẩn mới mang tính quyết định: Chỉ khi DCE đáp ứng các điều kiện về kiểm tra, giám sát hải quan (như có hàng rào cứng, camera giám sát…) và được cơ quan hải quan kiểm tra, xác nhận, thì mới được hưởng chính sách thuế suất 0% như một khu phi thuế quan. Điều này đặt ra một tiền lệ pháp lý rõ ràng: Nền tảng vật chất và sự kiểm soát thực tế có tính ưu tiên hơn giấy phép ban đầu.

Phân tích hệ quả từ sự chủ động của doanh nghiệp

Điểm mấu chốt mang tính quyết định trong Công văn là việc Công ty Jia Bao Rui Việt Nam chủ động gửi văn bản thông báo cho cơ quan hải quan về việc không áp dụng quy định DCE do chưa đảm bảo các điều kiện theo Điều 28a Nghị định 18/2021/NĐ-CP.

Hành động này, mặc dù xuất phát từ sự chưa đáp ứng điều kiện, đã tạo ra một căn cứ pháp lý vững chắc cho quyết định của Cục Thuế, dựa trên hai lập luận sắc bén:

Lập luận về điều kiện tiên quyết: Do Công ty chưa được cơ quan hải quan có thẩm quyền kiểm tra và xác nhận chính thức khả năng đáp ứng điều kiện theo tinh thần Nghị định 18/2021/NĐ-CP, nên tư cách khu phi thuế quan chưa được hoàn thiện theo luật định.
Lập luận về sự tự nguyện tuân thủ: Việc Công ty tự nguyện thông báo không áp dụng đã thể hiện sự thừa nhận về tình trạng chưa hoàn tất thủ tục và điều kiện, củng cố cơ sở để cơ quan thuế áp dụng chính sách thuế thông thường cho các giao dịch trong nước.

Kết luận Hướng dẫn: Cục Thuế yêu cầu Công ty thực hiện kê khai, nộp thuế, khấu trừ, hoàn thuế GTGT theo quy định đối với doanh nghiệp thông thường. Đây là một khẳng định nguyên tắc về tính tối thượng của điều kiện kiểm soát hải quan trong việc phân định chính sách thuế ưu đãi.

Ý nghĩa định hướng và chiến lược tuân thủ cho DCE

Nguyên tắc tối thượng: Kiểm soát hải quan thay vì văn bản đầu tư

Công văn 4280/CT-CS gửi đi một thông điệp pháp lý mạnh mẽ: Tư cách pháp nhân (DCE) và Chính sách thuế áp dụng (thuế suất 0%) là hai phạm trù riêng biệt, được điều chỉnh bởi hai hệ thống văn bản khác nhau. Kể từ Nghị định 18/2021/NĐ-CP, việc thụ hưởng ưu đãi thuế suất 0% phải được bảo chứng bằng khả năng kiểm soát vật chất và thủ tục hải quan.

Điều này buộc các DCE thành lập trước năm 2021 phải đối diện với yêu cầu rà soát và nâng cấp cơ sở vật chất nếu không muốn đánh mất lợi thế cạnh tranh về thuế suất.

Khẳng định vai trò độc lập của hồ sơ hải quan

Cục Thuế đã sử dụng các điều khoản trong Luật Hải quan số 54/2014/QH13 (điểm c khoản 2 Điều 18, điểm a khoản 1 Điều 21, Điều 24) và các thông tư hướng dẫn để loại trừ Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư khỏi hồ sơ hải quan.

Hồ sơ hải quan không bao gồm Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư… Công ty chịu trách nhiệm trước pháp luật về sự xác thực của nội dung đã khai…

Điều này xác lập rằng, đối với cơ quan hải quan và cơ quan thuế, hồ sơ khai báo và thực tiễn giao dịch là căn cứ pháp lý chính. Việc Công ty phải cam kết về sự thống nhất nội dung thông tin giữa hồ sơ lưu tại Công ty với hồ sơ lưu tại cơ quan hải quan là một yêu cầu nghiêm ngặt, chuyển trách nhiệm chứng minh tuân thủ về phía doanh nghiệp.

Chiến lược hành động quyết liệt cho các DCE trong giai đoạn chuyển tiếp

Để bảo toàn lợi ích thuế suất 0% và tránh rủi ro bị truy thu thuế (đặc biệt đối với các giao dịch mua hàng từ nội địa), các DCE được thành lập trước Nghị định 18/2021/NĐ-CP cần thực hiện một chiến lược tuân thủ toàn diện:

Đánh giá thực trạng kỹ thuật: Lập tức tiến hành kiểm tra chi tiết các điều kiện vật chất theo hướng dẫn của Điều 28a Nghị định 18/2021/NĐ-CP (hệ thống giám sát, khu vực ranh giới, chế độ bảo trì thiết bị…).
Chủ động đề nghị hải quan xác nhận: Thay vì chờ đợi hoặc tự thông báo không áp dụng, DCE nên làm việc với Chi cục Hải quan quản lý để đề nghị được kiểm tra thực tế và cấp văn bản xác nhận chính thức về khả năng đáp ứng điều kiện. Văn bản này là chứng cứ pháp lý mạnh nhất để áp dụng thuế suất 0%.
Quản lý rủi ro giao dịch nội địa: Đối với các giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ giữa DCE với nội địa, doanh nghiệp phải đảm bảo tính hợp lệ của hồ sơ hải quan và hóa đơn GTGT để tránh rủi ro bị bác bỏ chính sách thuế suất 0% sau này.

Công văn 4280/CT-CS là hồi chuông cảnh tỉnh cho các DCE về việc pháp luật luôn vận động. Để duy trì ưu đãi, sự tuân thủ không chỉ dừng lại ở giấy phép đầu tư mà cần phải được chứng minh bằng năng lực kiểm soát thực tế được cơ quan hải quan chấp thuận.

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

Hãy liên hệ với chúng tôi nếu bạn đang quan tâm với các dịch vụ như kiểm toán, kế toán, chuyển giá – giao dịch liên kết hoặc các dịch vụ khác liên quan về thuế: