Công văn số 6737/CHQ-GSQL: Hồ sơ hải quan mới cho doanh nghiệp FDI từ 02/2026

Ngày 27 tháng 01 năm 2026, Cục Hải quan đã ban hành Công văn số 6737/CHQ-GSQL nhằm hướng dẫn chi tiết về thủ tục hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu theo quyền xuất nhập khẩu của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI). Đây là văn bản quan trọng làm rõ các quy định mới sẽ chính thức có hiệu lực từ đầu tháng 2 năm 2026, ảnh hưởng trực tiếp đến quy trình vận hành của các doanh nghiệp FDI tại Việt Nam.

Quy định mới về hồ sơ hải quan đối với doanh nghiệp FDI

Quy định mới về hồ sơ hải quan đối với doanh nghiệp FDI

Theo nội dung trả lời từ Cục Hải quan, kể từ ngày 01/02/2026, các tờ khai nhập khẩu hàng hóa của doanh nghiệp FDI thực hiện quyền nhập khẩu sẽ phải tuân thủ nghiêm ngặt các điều khoản bổ sung tại Thông tư 121/2025/TT-BTC. Sự thay đổi này nhằm thắt chặt quản lý đối với hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến quyền xuất khẩu, nhập khẩu của thương nhân nước ngoài.

Cụ thể, căn cứ theo điểm m khoản 2 Điều 16 Thông tư số 38/2015/TT-BTC (đã được bổ sung tại khoản 4 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025), hồ sơ hải quan sẽ có sự thay đổi đáng lưu ý về mặt chứng từ pháp lý so với giai đoạn trước đây.

Bảng so sánh hồ sơ hải quan trước và sau ngày 01/02/2026

Dưới đây là bảng tổng hợp các điểm thay đổi chính trong hồ sơ hải quan dành cho doanh nghiệp FDI thực hiện quyền nhập khẩu để doanh nghiệp tiện theo dõi:

Tiêu chí	Trước ngày 01/02/2026	Từ ngày 01/02/2026
Chứng từ chung	Tờ khai, hóa đơn, chứng từ vận tải	Tờ khai, hóa đơn, chứng từ vận tải
Giấy chứng nhận đầu tư	Chưa yêu cầu cụ thể cho mọi trường hợp	Bắt buộc đối với hoạt động mua bán hàng hóa
Chứng từ tương đương	Tùy vào hướng dẫn từng thời điểm	Nộp nếu không thuộc diện cấp Giấy chứng nhận
Cách thức nộp	Nộp theo từng lô hàng	Nộp lần đầu nếu cùng đơn vị Hải quan

Các chứng từ bắt buộc trong hồ sơ nhập khẩu mới

Ngoài các chứng từ hải quan thông thường theo quy định hiện hành, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài khi thực hiện quyền nhập khẩu cần đặc biệt lưu ý bổ sung các loại giấy tờ sau vào bộ hồ sơ điện tử:

Giấy chứng nhận đầu tư về hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hóa của thương nhân có vốn đầu tư nước ngoài có đăng ký quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu.
Đối với các trường hợp doanh nghiệp không thuộc diện phải cấp Giấy chứng nhận đầu tư theo quy định pháp luật, người khai hải quan có trách nhiệm nộp các chứng từ tương đương để chứng minh năng lực thực hiện quyền.
Các chứng từ chứng minh việc hoàn thành nghĩa vụ thuế và các điều kiện nhập khẩu đặc thù nếu hàng hóa thuộc diện quản lý chuyên ngành.

Để nắm rõ hơn về các xu hướng quản lý thuế và chi phí xuất nhập khẩu trong năm nay, quý doanh nghiệp có thể tham khảo thêm về các thay đổi thuế xuất nhập khẩu hiện hành.

Hướng dẫn kê khai và nộp chứng từ cho doanh nghiệp

Hướng dẫn kê khai và nộp chứng từ cho doanh nghiệp

Để tối ưu hóa quy trình thông quan và giảm thiểu thủ tục hành chính cho doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật, Cục Hải quan đưa ra các hướng dẫn về cách thức nộp chứng từ như sau:

Trường hợp thực hiện thủ tục hải quan tại cùng một đơn vị hải quan: Doanh nghiệp chỉ cần nộp các chứng từ bổ sung (nêu tại điểm l và m) một lần duy nhất vào thời điểm làm thủ tục lần đầu.
Khai báo trên hệ thống VNACCS/VCIS: Đối với các lần làm thủ tục tiếp theo, người khai hải quan thực hiện ghi nhận thông tin tại ô “Số giấy phép” trên hệ thống tờ khai hải quan điện tử để cơ quan quản lý tự động đối chiếu với hồ sơ gốc đã nộp.
Lưu trữ hồ sơ: Doanh nghiệp cần lưu trữ bản gốc hoặc bản sao có xác nhận để xuất trình khi cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra sau thông quan.

Bên cạnh đó, doanh nghiệp cũng cần lưu ý các quy định liên quan đến loại hình xuất nhập khẩu tại chỗ quy định mới từ 01/7/2025 để tránh sai sót trong việc áp dụng mã loại hình trên tờ khai.

Giải quyết vướng mắc về Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư

Trong Công văn 6737/CHQ-GSQL, Cục Hải quan ghi nhận vướng mắc của doanh nghiệp liên quan đến việc xác định chứng từ tương đương khi không thuộc diện cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Hiện tại, cơ quan Hải quan chưa nhận được ý kiến trả lời từ Bộ Công Thương về các trường hợp đặc thù này.

Tuy nhiên, trong thời gian chờ đợi, tất cả doanh nghiệp FDI được khuyến cáo:

Chủ động rà soát lại giấy phép kinh doanh và các văn bản phê duyệt hoạt động mua bán hàng hóa.
Chuẩn bị sẵn các chứng từ thay thế có tính pháp lý cao nếu không có Giấy chứng nhận đầu tư riêng biệt cho hoạt động XNK.
Theo dõi sát sao các văn bản hướng dẫn tiếp theo từ Bộ Tài chính và Bộ Công Thương để đảm bảo việc thông quan không bị gián đoạn

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
Email: man@man.net.vn

Các dịch vụ khác

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.

Nguồn trích dẫn: Công văn số 6737/CHQ-GSQL ngày 27/01/2026 của Cục Hải quan và Thông tư số 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025 của Bộ Tài chính.