Các lưu ý khi khai bổ sung hồ sơ thuế trước và sau ngày 1/1/2025

Ngày 8/8/2025, Cục Thuế ban hành Công văn số 3034/CT-CS hướng dẫn về chính sách thuế, trong đó có nội dung quan trọng liên quan đến việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế và điều kiện hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với dự án đầu tư mới và mở rộng.

Vấn đề này đã từng được đề cập tại Công văn số 1739/TCT-CS ngày 25/4/2024, nhưng nay được làm rõ hơn theo các quy định của Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và Luật số 56/2024/QH15, đặc biệt là về sự khác biệt trong cách xử lý trước và sau ngày 1/1/2025.

Quy định áp dụng trước ngày 1/1/2025

Theo Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14:

Sau khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, nếu doanh nghiệp phát hiện hồ sơ khai thuế có sai sót và việc khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp, tăng số thuế được khấu trừ, miễn, giảm hoặc hoàn, thì không thể tự khai bổ sung ngay.
Thay vào đó, doanh nghiệp phải thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế.

Điều này có nghĩa là trước mốc 1/1/2025, phạm vi được khai bổ sung khá hạn chế sau khi đã có kết luận thanh tra, kiểm tra.

Quy định áp dụng từ sau ngày 1/1/2025

Theo khoản 6 Điều 6 Luật số 56/2024/QH15:

Doanh nghiệp được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ của kỳ tính thuế có sai sót.

Điều kiện:

Việc khai bổ sung phải được thực hiện trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
Hồ sơ khai thuế bổ sung không thuộc phạm vi hoặc thời kỳ thanh tra, kiểm tra được ghi rõ trong quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.

Như vậy, sau 1/1/2025, doanh nghiệp có thêm quyền chủ động và thời gian dài hơn để tự điều chỉnh sai sót, miễn là đáp ứng các điều kiện nêu trên.

*Bảng so sánh điểm khác biệt nổi bật*
Tiêu chí	Trước 1/1/2025	Sau 1/1/2025
Thời hạn khai bổ sung	Không quy định thời hạn cụ thể, phụ thuộc vào thủ tục khiếu nại	Tối đa 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ của kỳ tính thuế
Sau khi có quyết định thanh tra/kiểm tra	Không được tự bổ sung nếu làm giảm thuế phải nộp, phải khiếu nại	Không được bổ sung nếu hồ sơ nằm trong phạm vi/thời kỳ thanh tra, kiểm tra
Mức độ chủ động của DN	Hạn chế	Chủ động hơn, miễn đáp ứng điều kiện về thời điểm và phạm vi

Khuyến nghị cho doanh nghiệp

Doanh nghiệp nên thường xuyên rà soát hồ sơ khai thuế để phát hiện và xử lý sai sót sớm, đặc biệt trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền ban hành quyết định thanh tra, kiểm tra. Cần lưu ý thời hạn 10 năm áp dụng từ sau ngày 1/1/2025 để kịp thời thực hiện việc khai bổ sung khi cần thiết. Trong trường hợp thuộc diện phải thực hiện khiếu nại (áp dụng cho giai đoạn trước 2025), doanh nghiệp nên chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, chứng cứ và lập luận pháp lý nhằm bảo vệ tối đa quyền lợi hợp pháp của mình.

Để được đồng hành và hỗ trợ doanh nghiệp trong việc rà soát, khai bổ sung hồ sơ thuế cũng như xử lý các vấn đề pháp lý liên quan, vui lòng liên hệ MAN – Master Accountant Network qua các kênh sau:

MAN – Master Accountant Network