Công văn 8308/TNI-QLDN2 về thuế GTGT khi sáp nhập doanh nghiệp

Công văn 8308/TNI-QLDN2 ngày 05/10/2026 của Thuế tỉnh Tây Ninh hướng dẫn chính sách thuế khi sáp nhập công ty con vào công ty mẹ. Theo đó, công ty nhận sáp nhập có trách nhiệm kế thừa quyền lợi và hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của công ty bị sáp nhập chưa hoàn thành nghĩa vụ, còn việc hoàn thuế GTGT còn được khấu trừ thực hiện theo Mục 3 Chương III Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Nội dung chính của Công văn 8308/TNI-QLDN2

Công văn 8308/TNI-QLDN2 do Thuế tỉnh Tây Ninh thuộc Cục Thuế ban hành ngày 05/10/2026, trả lời Công văn số 0409/2026/TTLA-THUE ngày 15/9/2026 của Công ty Cổ phần thép Toàn Thắng – LA về việc thông báo và xin ý kiến sáp nhập công ty con vào công ty mẹ. Văn bản do Phó Trưởng Thuế tỉnh Nguyễn Thị Sang ký thay Trưởng Thuế tỉnh.

Thuế tỉnh Tây Ninh đã trả lời ba vấn đề mà doanh nghiệp nêu, với căn cứ pháp lý tương ứng như sau:

Điểm đáng chú ý là cơ quan thuế không đưa ra kết luận riêng về thời điểm chuyển địa điểm chi nhánh, mà để doanh nghiệp tự quyết định trên cơ sở hồ sơ thực tế.

Công ty nhận sáp nhập kế thừa quyền lợi và nghĩa vụ thuế

Theo điểm b khoản 2 Điều 17 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, doanh nghiệp bị tách, bị hợp nhất, bị sáp nhập phải hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế và các nghĩa vụ liên quan đến hồ sơ thuế trước khi tách, hợp nhất, sáp nhập. Nếu chưa hoàn thành, doanh nghiệp nhận sáp nhập có trách nhiệm kế thừa quyền lợi và hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.

Áp dụng quy định này, Công văn 8308/TNI-QLDN2 xác định sau khi sáp nhập, công ty mẹ với vai trò công ty nhận sáp nhập sẽ kế thừa quyền lợi và hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế mà công ty con bị sáp nhập chưa hoàn thành.

Hoàn thuế GTGT còn được khấu trừ theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP

Với số thuế GTGT còn được khấu trừ, Công văn 8308/TNI-QLDN2 hướng dẫn công ty thực hiện theo Mục 3 Chương III Nghị định 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, là phần quy định các trường hợp hoàn thuế GTGT. Văn bản không nêu cụ thể trường hợp hoàn thuế nào áp dụng cho doanh nghiệp hỏi, nên công ty cần tự đối chiếu điều kiện tại Mục 3 Chương III với hồ sơ của mình, tương tự cách cơ quan thuế từng hướng dẫn trong các văn bản về hoàn thuế GTGT khác.

Chuyển địa điểm chi nhánh khi sáp nhập

Khoản 4 Điều 45 Luật Doanh nghiệp số 59/2020/QH14 quy định doanh nghiệp chịu trách nhiệm đăng ký thay đổi nội dung Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày có thay đổi. Song song đó, khoản 1 Điều 9 Thông tư 90/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định người nộp thuế đăng ký thuế cùng đăng ký kinh doanh theo cơ chế một cửa liên thông thì thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế cùng với việc thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp.

Với các nhóm người nộp thuế nộp hồ sơ trực tiếp đến cơ quan thuế quản lý theo điểm b khoản 1 Điều 9 Thông tư 90/2026/TT-BTC, hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế gồm Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST, kèm bản sao giấy phép hoặc giấy chứng nhận tương ứng nếu thông tin trên các giấy tờ này có thay đổi.

Đề nghị cấp hóa đơn có mã theo từng lần phát sinh theo Thông tư 91/2026/TT-BTC

Khoản 1 Điều 15 Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định trình tự đề nghị sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh. Tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có nhu cầu thực hiện theo ba bước:

• Gửi đơn đề nghị: lập đơn đề nghị cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo Mẫu số 06/ĐN-PSDT tại Phụ lục III kèm theo Thông tư 91/2026/TT-BTC và truy cập Hệ thống thông tin quản lý thuế để lập hóa đơn điện tử.
• Nhận mã của cơ quan thuế: sau khi người đề nghị nộp đủ thuế hoặc số phát sinh phải nộp (nếu có), chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo, cơ quan thuế cấp mã trên hóa đơn điện tử. Người đề nghị tự chịu trách nhiệm về tính chính xác của thông tin trên hóa đơn.
• Khai thuế: người đề nghị khai hồ sơ khai thuế theo quy định pháp luật về quản lý thuế.

Nghĩa vụ nộp thuế trước khi được cấp mã khác nhau theo loại hóa đơn đề nghị, cụ thể:

Do mã chỉ được cấp sau khi đã nộp đủ thuế, doanh nghiệp cần tính trước số thuế phải nộp để tránh chậm xuất hóa đơn cho khách hàng.

Doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập không được miễn thuế TNDN 3 năm

Khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP cho phép doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế TNDN trong 03 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Tuy nhiên, ưu đãi này không áp dụng với doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.

Ngoài trường hợp sáp nhập, quy định này còn loại trừ hai nhóm khác khỏi ưu đãi miễn thuế TNDN 3 năm:

• Doanh nghiệp thành lập mới mà người đại diện theo pháp luật (trừ trường hợp người này không phải là thành viên góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã giữ vai trò tương tự tại doanh nghiệp đang hoạt động hoặc đã giải thể chưa được 12 tháng tính đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới.
• Thu nhập quy định tại khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15.

Như vậy, doanh nghiệp hình thành từ sáp nhập không được hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN 3 năm đầu dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký lần đầu.

Lưu ý của MAN khi áp dụng Công văn 8308/TNI-QLDN2

Từ nội dung Công văn 8308/TNI-QLDN2 và các căn cứ được viện dẫn, đội ngũ MAN – Master Accountant Network khuyến nghị doanh nghiệp đang chuẩn bị sáp nhập lưu ý những điểm sau:

• Ưu tiên hoàn thành nghĩa vụ trước sáp nhập: điểm b khoản 2 Điều 17 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 đặt trách nhiệm này trước hết cho doanh nghiệp bị sáp nhập; việc kế thừa chỉ phát sinh khi nghĩa vụ chưa hoàn thành.
• Không mặc định số thuế GTGT còn được khấu trừ sẽ được hoàn: công văn chỉ dẫn chiếu Mục 3 Chương III Nghị định 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp phải chứng minh thuộc một trong các trường hợp hoàn thuế quy định tại đó.
• Theo dõi mốc 10 ngày: thay đổi nội dung đăng ký hoạt động chi nhánh phải đăng ký trong 10 ngày kể từ ngày có thay đổi theo khoản 4 Điều 45 Luật Doanh nghiệp số 59/2020/QH14, đồng thời cập nhật thông tin đăng ký thuế theo Thông tư 90/2026/TT-BTC.
• Rà soát lại nghĩa vụ kê khai của chi nhánh: sau khi chuyển địa điểm hoặc đổi đơn vị chủ quản, doanh nghiệp nên đối chiếu trường hợp chi nhánh phải khai thuế riêng để tránh kê khai sai nơi.
• Xử lý dứt điểm hóa đơn của công ty bị sáp nhập: hóa đơn đã lập có sai sót nên được xử lý theo hướng dẫn lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế theo Thông tư 91/2026/TT-BTC trước khi khóa sổ.
• Công văn trả lời cho một doanh nghiệp cụ thể: nội dung mang tính tham khảo; doanh nghiệp khác cần đối chiếu hồ sơ thực tế với văn bản quy phạm pháp luật được dẫn chiếu.

Sáp nhập kéo theo nhiều thủ tục thuế đan xen, từ quyết toán nghĩa vụ của công ty bị sáp nhập đến hoàn thuế GTGT. Doanh nghiệp có thể cân nhắc dịch vụ quyết toán thuế của đơn vị chuyên môn để chốt số liệu trước khi hoàn tất thủ tục sáp nhập.

Ý nghĩa của Công văn 8308/TNI-QLDN2 với doanh nghiệp sáp nhập

Công văn 8308/TNI-QLDN2 khẳng định lại nguyên tắc công ty nhận sáp nhập kế thừa quyền lợi và nghĩa vụ thuế chưa hoàn thành của công ty bị sáp nhập, đồng thời chỉ rõ việc hoàn thuế GTGT còn được khấu trừ phải theo các trường hợp tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Doanh nghiệp chuẩn bị sáp nhập nên chốt nghĩa vụ thuế, rà soát số thuế GTGT còn được khấu trừ và lên lịch thủ tục chi nhánh ngay từ đầu để quá trình tổ chức lại không phát sinh rủi ro thuế.