Cập nhật mới về lưu ý khi khai quyết toán thuế TNDN 2024

Ngày 18/3/2025, Chi Cục Thuế Khu vực II đã ban hành Công văn số 96/CCTKV.II-TTHT, hướng dẫn các doanh nghiệp thực hiện quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) cho năm tài chính 2024. Dưới đây là những điểm đáng chú ý mà các doanh nghiệp cần lưu ý khi tiến hành khai quyết toán thuế TNDN.

Thời hạn nộp hồ sơ

Doanh nghiệp có năm tài chính từ 1/1/2024 đến 31/12/2024 cần nộp hồ sơ khai quyết toán thuế TNDN chậm nhất là ngày 31/3/2025. Việc nộp hồ sơ đúng hạn là rất quan trọng để tránh bị xử phạt.

Xem thêm bài viết: Dịch Vụ Kế Toán Trọn Gói Chuyên Nghiệp Uy Tín – MAN

Xem thêm tài liệu: Công văn số 96/CCTKV.II-TTHT

Tổng số thuế tạm nộp

Tổng số thuế TNDN đã tạm nộp của 04 quý trong năm không được thấp hơn 80% số thuế TNDN phải nộp theo quyết toán năm. Nếu tổng số tạm nộp thấp hơn mức này, doanh nghiệp sẽ phải nộp tiền chậm nộp trên số thuế nộp thiếu.

Hồ sơ khai quyết toán

Đối với doanh nghiệp áp dụng phương pháp doanh thu – chi phí

Hồ sơ khai quyết toán bao gồm:

Tờ khai quyết toán thuế TNDN mẫu 03/TNDN.
Một hoặc một số phụ lục kèm theo tờ khai (tuỳ thuộc vào thực tế phát sinh), theo Phụ lục II Thông tư 80/2021/TT-BTC.
Các phụ lục thông tin về giao dịch liên kết theo mẫu đính kèm Nghị định 132/2020/NĐ-CP và Nghị định 20/2025/NĐ-CP (nếu có).
Báo cáo tài chính năm.

Đối với doanh nghiệp áp dụng phương pháp tỷ lệ trên doanh thu

Hồ sơ khai quyết toán bao gồm:

Tờ khai thuế TNDN mẫu 04/TNDN theo Phụ lục II Thông tư 80/2021/TT-BTC.
Báo cáo tài chính năm.

Giao dịch với các bên có quan hệ liên kết

Nếu doanh nghiệp có phát sinh giao dịch với các bên có quan hệ liên kết, hồ sơ quyết toán cần phải nộp thêm hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo Phụ lục số 01 ban hành kèm Nghị định 20/2025/NĐ-CP và các phụ lục số 02, 03, 04 theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP.

Nhập dữ liệu cho các chỉ tiêu

Đối với các chỉ tiêu [E1], [E3], [E4], [E5] trên tờ khai quyết toán thuế TNDN mẫu 03/TNDN, doanh nghiệp cần phải nhập thủ công dữ liệu (nếu có phát sinh). Nếu không điền thủ công tại các chỉ tiêu này, hệ thống sẽ ghi nhận không phát sinh số thuế TNDN phải nộp, dẫn đến hành vi vi phạm về khai thuế và có thể bị xử phạt.

Ví dụ minh hoạ

Ví dụ 1: Doanh Nghiệp A

Thông tin doanh nghiệp: Doanh Nghiệp A là một công ty sản xuất có năm tài chính từ 1/1/2024 đến 31/12/2024.

Tình huống:

Tổng số thuế TNDN tạm nộp trong 4 quý: 600 triệu đồng.
Số thuế TNDN phải nộp theo quyết toán: 1 tỷ đồng.

Phân tích:

Doanh Nghiệp A cần phải nộp ít nhất 800 triệu đồng (80% của 1 tỷ đồng) trong 4 quý.
Tuy nhiên, doanh nghiệp chỉ nộp 600 triệu đồng, tức là thiếu 200 triệu đồng.

Hậu quả:

Tiền chậm nộp: Doanh Nghiệp A sẽ phải nộp tiền chậm nộp trên số thuế nộp thiếu 200 triệu đồng. Giả sử lãi suất chậm nộp là 0,03% mỗi ngày, nếu chậm nộp trong 30 ngày, tổng tiền lãi sẽ là:

200 triệu đồng × 0,03% × 30 ngày = 180.000 đồng.

Xử phạt hành chính: Ngoài việc nộp tiền chậm, doanh nghiệp có thể bị xử phạt hành chính với mức phạt từ 5% đến 10% số tiền thuế nộp thiếu, tức là có thể bị phạt từ 10 triệu đến 20 triệu đồng.

Ví dụ 2: Doanh nghiệp B

Thông tin doanh nghiệp: Doanh Nghiệp B là một công ty thương mại có năm tài chính từ 1/1/2024 đến 31/12/2024.

Tình huống:

Doanh nghiệp này áp dụng phương pháp tỷ lệ trên doanh thu và có phát sinh giao dịch với bên có quan hệ liên kết.
Doanh Nghiệp B đã nộp Tờ khai thuế TNDN mẫu 04/TNDN nhưng không đính kèm hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết.

Hậu quả:

Yêu cầu bổ sung hồ sơ: Chi cục thuế sẽ yêu cầu doanh nghiệp nộp bổ sung hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết trong vòng 10 ngày. Nếu không nộp đúng hạn, doanh nghiệp có thể bị xử phạt.
Xử phạt hành chính: Mức phạt cho việc không nộp hồ sơ xác định giá giao dịch có thể lên tới 25 triệu đồng hoặc 1% giá trị giao dịch liên kết (tùy thuộc vào mức nào cao hơn).

Ví dụ 3: Doanh Nghiệp C

Thông tin doanh nghiệp: Doanh Nghiệp C là một công ty dịch vụ có năm tài chính từ 1/1/2024 đến 31/12/2024.

Tình huống:

Doanh Nghiệp C có các chỉ tiêu [E1], [E3], [E4], [E5] trên tờ khai quyết toán thuế TNDN mẫu 03/TNDN nhưng không điền thủ công dữ liệu.

Hậu quả:

Không phát sinh số thuế TNDN phải nộp: Hệ thống sẽ ghi nhận không phát sinh số thuế TNDN phải nộp trong kỳ quyết toán. Điều này dẫn đến việc doanh nghiệp bị xem là không trung thực trong kê khai thuế.
Xử phạt vi phạm hành chính: Doanh Nghiệp C có thể bị xử phạt từ 10 triệu đến 20 triệu đồng cho hành vi kê khai sai, cùng với việc buộc doanh nghiệp phải nộp đủ số thuế TNDN phải nộp.

Kết luận

Việc nắm rõ các quy định trong Công văn số 96/CCTKV.II-TTHT là rất quan trọng để các doanh nghiệp thực hiện quyết toán thuế TNDN một cách chính xác và đầy đủ. Doanh nghiệp cần chuẩn bị kỹ lưỡng hồ sơ khai thuế, đảm bảo tuân thủ các quy định để tránh những rắc rối không đáng có trong quá trình quyết toán.

Bên cạnh đó, người đọc có thể liên hệ MAN – Master Accountant Network để nhận trao đổi và tư vấn nghiệp vụ giúp giải quyết các vấn đề nhanh chóng và chính xác thông qua: