Phân tích công văn 1591/CT-CS: Những điểm mới trong quản lý hóa đơn và chứng từ điện tử

Ngày 5/6/2025, Tổng cục Thuế ban hành Công văn 1591/CT-CS nhằm hướng dẫn thực hiện một số nội dung trong Thông tư số 31/2025/TT-BTC và Thông tư số 32/2025/TT-BTC. Hai thông tư này đánh dấu bước tiến quan trọng trong tiến trình chuyển đổi số ngành thuế, đặc biệt trong việc chuẩn hóa hóa đơn điện tử và chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân.

Trong bối cảnh các mô hình kinh doanh mới như thương mại điện tử, dịch vụ số phát triển nhanh chóng, yêu cầu từ thực tiễn đặt ra là cần có quy định cụ thể hơn, rõ ràng hơn để đảm bảo công tác quản lý thuế không bị lạc hậu so với thị trường. Công văn 1591/CT-CS là một bước đi chính sách phản ánh đúng yêu cầu thực tiễn đó.

Những điểm mới nổi bật trong công văn 1591/CT-CS

Tem điện tử và hóa đơn tích hợp biên lai: Chuẩn hóa dữ liệu, giảm gian lận

Thông tư 31/2025/TT-BTC quy định bổ sung các ký hiệu hóa đơn mới như:

Số “7”: hóa đơn điện tử có mã sử dụng cho hoạt động thương mại điện tử.
Số “8” và “9”: hóa đơn điện tử tích hợp biên lai thu phí, lệ phí nhà nước.

Những điểm mới nổi bật trong công văn 1591/CT-CS

Đây là cải tiến quan trọng để hỗ trợ hệ thống quản lý thuế tự động phân loại và phân tích dữ liệu. Ngoài ra, ký tự “X” trong ký hiệu mẫu số hóa đơn giúp hệ thống dễ dàng nhận diện hóa đơn TMĐT, góp phần minh bạch và chuẩn hóa thông tin.

Quy định trách nhiệm của sàn thương mại điện tử khi ủy nhiệm lập hóa đơn

Một điểm mới quan trọng là khi chủ sàn TMĐT nhận ủy nhiệm từ hộ, cá nhân kinh doanh để lập hóa đơn điện tử, họ phải thông báo với cơ quan thuế.

Điều này góp phần tăng cường trách nhiệm của chủ sàn trong việc đảm bảo kê khai thuế đúng quy định. Theo số liệu từ Tổng cục Thuế, trong năm 2024, có tới 70% hộ kinh doanh trên các sàn TMĐT chưa kê khai hoặc kê khai không đầy đủ. Do đó, yêu cầu minh bạch ủy nhiệm là biện pháp thiết thực để khắc phục tình trạng thất thu thuế trong lĩnh vực này.

Đơn vị vận tải, tín dụng được lập hóa đơn sau khi đối soát dữ liệu

Theo hướng dẫn, một số lĩnh vực đặc thù như dịch vụ vận tải, tín dụng có thể lập hóa đơn sau khi đã đối soát dữ liệu. Quy định này mang tính thực tiễn cao, giúp các doanh nghiệp hoạt động hiệu quả hơn mà không vi phạm nguyên tắc về thời điểm lập hóa đơn.

Cụ thể:

Với dịch vụ taxi công nghệ, việc lập hóa đơn có thể thực hiện vào cuối ngày hoặc cuối kỳ đối soát.
Với các tổ chức tín dụng, hóa đơn có thể được lập sau khi hoàn tất thống kê lãi vay, phí dịch vụ…

Chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử được áp dụng rộng rãi hơn

Thông tư 32/2025/TT-BTC mở rộng đối tượng áp dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử. Các tổ chức trả thu nhập không cần lập văn bản đề nghị nếu đã sử dụng phần mềm tích hợp với hệ thống thuế.

Đây là một cải tiến đáng chú ý giúp giảm thủ tục hành chính, tiết kiệm thời gian cho doanh nghiệp.

So sánh với các công văn, thông tư trước đó

Trong khi Công văn 1230/CT-CS (2024) chỉ dừng lại ở việc yêu cầu các sàn thương mại điện tử cung cấp thông tin định kỳ cho cơ quan thuế, thì Công văn 1591/CT-CS đã tiến thêm một bước khi quy định rõ nghĩa vụ thông báo ủy nhiệm lập hóa đơn điện tử đối với chủ sở hữu sàn TMĐT – một yêu cầu cụ thể hơn, phù hợp với thực tiễn thương mại số đang phát triển mạnh mẽ.

Công văn 1152/CT-CS (2023) từng đề cập đến rủi ro trong sử dụng hóa đơn điện tử nhưng chưa có tiêu chí định lượng rõ ràng. Điều này gây khó khăn trong việc xác định đối tượng có rủi ro cao. Ngược lại, Công văn 1591/CT-CS đã đưa ra 5 tiêu chí cụ thể giúp việc phân loại được triển khai minh bạch và hiệu quả hơn.

Với Công văn 4235/TCT-DNL, nội dung chủ yếu tập trung vào ngành ngân hàng, chỉ mang tính hướng dẫn nội bộ và chưa bao quát được các ngành có mô hình vận hành phức tạp như logistics, giao dịch hàng hóa phái sinh hay dịch vụ ăn uống công nghiệp. Trong khi đó, Công văn 1591/CT-CS thể hiện sự toàn diện hơn khi cập nhật các trường hợp kinh doanh đặc thù được phép lập hóa đơn sau đối soát dữ liệu.

Tổng thể, Công văn 1591/CT-CS không chỉ mở rộng phạm vi điều chỉnh mà còn cho thấy sự tiến bộ rõ rệt trong cách tiếp cận: cụ thể hóa quy định, phản ánh sát thực tiễn, và giải quyết các khoảng trống pháp lý từng tồn tại ở các văn bản trước đó.

Tác động thực tiễn đến doanh nghiệp

Đối tượng	Tác động	Cần chuẩn bị
Sàn TMĐT	Tăng trách nhiệm pháp lý, minh bạch dữ liệu hộ kinh doanh	Cập nhật phần mềm hóa đơn điện tử, chuẩn hóa quy trình ủy nhiệm
Tổ chức tín dụng	Linh hoạt hơn về thời điểm lập hóa đơn	Đồng bộ hệ thống phần mềm quản lý lãi, phí với hóa đơn điện tử
Doanh nghiệp vận tải	Được phép đối soát trước khi lập hóa đơn	Tối ưu quy trình ghi nhận doanh thu và lập hóa đơn
Tổ chức chi trả TNCN	Không cần văn bản đề nghị sử dụng chứng từ điện tử	Cập nhật phần mềm kế toán tích hợp khai thuế điện tử

Thách thức và kiến nghị

Dù Công văn 1591/CT-CS mang đến nhiều cập nhật mang tính đột phá, quá trình áp dụng trên thực tế vẫn sẽ đối mặt với không ít trở ngại – đặc biệt là trong giai đoạn đầu chuyển đổi.

Thách thức thực tiễn

Một trong những rào cản lớn là năng lực công nghệ của doanh nghiệp nhỏ. Việc cập nhật hệ thống phần mềm kế toán để đáp ứng các ký hiệu hóa đơn mới, bao gồm cả ký hiệu “X” cho hóa đơn thương mại điện tử hay các mẫu số “7”, “8”, “9” tích hợp biên lai thu thuế – không phải là điều dễ dàng với những đơn vị hạn chế về nguồn lực kỹ thuật và tài chính.

Ở góc độ sàn thương mại điện tử, việc chịu trách nhiệm thông báo ủy nhiệm lập hóa đơn điện tử cho các cá nhân, hộ kinh doanh trên nền tảng khiến nhiều đơn vị lo ngại về gánh nặng thủ tục và rủi ro pháp lý phát sinh nếu không tuân thủ đầy đủ.

Bên cạnh đó, đội ngũ kế toán tại nhiều doanh nghiệp – nhất là nhóm không chuyên sâu về thuế – vẫn chưa được đào tạo bài bản về các mẫu hóa đơn điện tử tích hợp biên lai. Điều này tiềm ẩn nguy cơ sai sót khi phát hành hóa đơn trong giai đoạn đầu chuyển tiếp.

Các kiến nghị trọng tâm

Để hỗ trợ cộng đồng doanh nghiệp thích ứng hiệu quả, một số kiến nghị mang tính cấp thiết cần được xem xét:

Công bố tài liệu hướng dẫn mẫu hóa đơn theo từng ngành nghề: Cơ quan Thuế nên sớm phát hành bộ tài liệu chuẩn bao gồm ví dụ, định dạng và hướng dẫn kỹ thuật cho từng loại hình kinh doanh (bán lẻ, logistics, tín dụng, TMĐT…), giúp doanh nghiệp có căn cứ rõ ràng để triển khai.
Tăng cường tập huấn trực tuyến cho doanh nghiệp nhỏ và vừa: Cần tổ chức các lớp đào tạo miễn phí theo hình thức online, với nội dung bám sát thực tế và có ví dụ cụ thể. Đây là nhóm dễ bị bỏ lại phía sau trong quá trình số hóa nếu không có hỗ trợ kịp thời.
Hướng dẫn chi tiết việc lập hóa đơn sau đối soát: Các lĩnh vực như vận tải hành khách, giao dịch hàng hóa phái sinh, tín dụng hoặc dịch vụ ăn uống theo hợp đồng… cần được làm rõ quy trình lập hóa đơn điện tử sau đối soát. Hiện nay, phần lớn doanh nghiệp vẫn chưa hiểu rõ cách triển khai đúng quy định.

Việc triển khai đồng bộ các giải pháp hỗ trợ này không chỉ giúp giảm thiểu sai sót, mà còn góp phần nâng cao tỷ lệ tuân thủ trong toàn hệ thống, thúc đẩy quá trình chuyển đổi số trong lĩnh vực tài chính – kế toán một cách bền vững.

Kết luận: Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì?

Công văn 1591/CT-CS đánh dấu một bước chuyển quan trọng trong quản lý thuế bằng công nghệ số. Để tuân thủ tốt quy định mới, doanh nghiệp cần:

Rà soát và phân loại lại hệ thống hóa đơn đang sử dụng
Làm việc với nhà cung cấp phần mềm để cập nhật tính năng mới
Tập huấn cho đội ngũ kế toán, đặc biệt với hóa đơn tích hợp và ký hiệu mới

Việc cập nhật kịp thời theo Công văn 1591/CT-CS không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ quy định, mà còn tăng hiệu quả quản trị và minh bạch trong hoạt động kinh doanh.