Hướng dẫn xác định kỳ miễn giảm thuế TNDN cho dự án đầu tư

Việc xác định đúng thời điểm bắt đầu hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) là yếu tố sống còn giúp doanh nghiệp tối ưu hóa dòng tiền và tuân thủ đúng pháp luật. Đặc biệt với các dự án được cấp phép trong giai đoạn chuyển tiếp giữa các quy định pháp luật cũ và mới như năm 2024 – 2025, doanh nghiệp cần nắm rõ các nguyên tắc về thời gian miễn, giảm thuế để tránh các sai sót không đáng có khi quyết toán thuế.

Nguyên tắc xác định kỳ tính thuế đầu tiên hưởng ưu đãi

Theo quy định tại Điều 16 Nghị định 218/2013/NĐ-CP và hướng dẫn tại Thông tư 96/2015/TT-BTC, thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với dự án đầu tư mới được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư. Trường hợp doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

Một điểm quan trọng mà kế toán cần lưu ý là quyền lựa chọn trong kỳ tính thuế đầu tiên. Nếu thời gian hoạt động sản xuất kinh doanh có thu nhập chịu thuế của năm đầu tiên dưới 12 tháng, doanh nghiệp có hai phương án lựa chọn được so sánh cụ thể dưới đây:

Tiêu chí	Phương án 1: Hưởng ưu đãi ngay	Phương án 2: Hưởng từ năm tiếp theo
Thời điểm bắt đầu	Tính ngay vào năm tài chính đầu tiên (dù dưới 12 tháng).	Bắt đầu từ năm tài chính kế tiếp.
Nghĩa vụ thuế năm đầu	Được miễn hoặc giảm thuế theo định mức ưu đãi.	Phải nộp thuế TNDN theo quy định cho các tháng hoạt động đầu tiên.
Lợi ích dài hạn	Giải quyết bài toán thuế ngay lập tức.	Bảo toàn trọn vẹn 12 tháng ưu đãi của năm đầu tiên cho giai đoạn có doanh thu lớn hơn.
Thủ tục	Kê khai trực tiếp trên tờ khai quyết toán thuế.	Phải đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu hưởng ưu đãi.

Điều khoản chuyển tiếp theo Luật 67/2025 về ưu đãi thuế

Luật 67/2025 đã đưa ra các quy định cụ thể tại Điều 20 về việc chuyển tiếp ưu đãi nhằm đảm bảo quyền lợi cho các nhà đầu tư. Các nội dung trọng tâm bao gồm:

Doanh nghiệp có dự án đầu tư đã được cấp phép trước khi luật mới có hiệu lực có quyền lựa chọn tiếp tục hưởng ưu đãi theo quy định cũ hoặc chuyển sang quy định mới (Luật 67/2025) cho thời gian còn lại nếu đáp ứng đủ điều kiện.
Trường hợp dự án trước đây không thuộc diện ưu đãi nhưng theo quy định tại Luật 67/2025 lại thuộc diện ưu đãi, doanh nghiệp bắt đầu được áp dụng cho thời gian còn lại tính từ kỳ tính thuế năm 2025.
Quyền lựa chọn ưu đãi về thuế suất và thời gian miễn, giảm thuế phải được thực hiện nhất quán cho thời gian còn lại của dự án.

Cách tính kỳ miễn thuế 2 năm và giảm thuế 4 năm thực tế

Dựa trên tình huống cụ thể của một doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đầu tư vào tháng 11/2024, dự kiến hưởng ưu đãi miễn 02 năm và giảm 50% trong 04 năm tiếp theo (áp dụng cho dự án tại khu công nghiệp thuộc địa bàn khó khăn), lộ trình tối ưu được xác lập như sau:

Lộ trình áp dụng ưu đãi đề xuất

Năm 2024 (2 tháng cuối năm): Doanh nghiệp thực hiện kê khai và nộp thuế TNDN (nếu có thu nhập chịu thuế). Việc này giúp “dành lại” trọn vẹn năm miễn thuế cho năm 2025.
Năm 2025: Năm miễn thuế đầu tiên (Miễn 100% thuế TNDN).
Năm 2026: Năm miễn thuế thứ hai (Miễn 100% thuế TNDN).
Năm 2027: Năm đầu tiên trong giai đoạn giảm thuế (Giảm 50% số thuế phải nộp).
Năm 2028: Năm thứ hai giảm thuế (Giảm 50% số thuế phải nộp).
Năm 2029: Năm thứ ba giảm thuế (Giảm 50% số thuế phải nộp).
Năm 2030: Năm thứ tư giảm thuế (Giảm 50% số thuế phải nộp).

Việc bỏ qua 2 tháng của năm 2024 để bắt đầu chu kỳ ưu đãi từ năm 2025 giúp doanh nghiệp tận hưởng trọn vẹn 12 tháng miễn thuế của một năm tài chính thay vì lãng phí một năm ưu đãi chỉ cho 2 tháng hoạt động với quy mô nhỏ.

Điều kiện để đảm bảo việc thụ hưởng ưu đãi hợp pháp

Để việc xác định kỳ miễn giảm thuế nêu trên được cơ quan thuế chấp nhận, doanh nghiệp phải tuân thủ nghiêm ngặt các điều kiện sau:

Dự án phải thực hiện đúng tiến độ và nội dung ghi trên Giấy chứng nhận đầu tư. Các thay đổi về quy mô, mục tiêu dự án cần được cập nhật kịp thời để xác định lại tư cách hưởng ưu đãi.
Doanh nghiệp phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định và nộp thuế theo kê khai. Việc hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động được hưởng ưu đãi và hoạt động không được hưởng ưu đãi là bắt buộc.
Hồ sơ đăng ký thời gian bắt đầu hưởng ưu đãi với cơ quan thuế quản lý trực tiếp phải được thực hiện đúng thời hạn khi nộp tờ khai quyết toán thuế năm đầu tiên phát sinh thu nhập.
Phải đáp ứng đầy đủ các tiêu chí về địa bàn ưu đãi hoặc ngành nghề ưu đãi theo danh mục ban hành kèm theo Nghị định 218/2013/NĐ-CP và các văn bản sửa đổi, bổ sung.

Xác định đúng kỳ miễn giảm thuế không chỉ giúp doanh nghiệp tiết kiệm chi phí mà còn hạn chế rủi ro bị truy thu và phạt chậm nộp trong các đợt thanh kiểm tra thuế sau này. Doanh nghiệp cần bám sát các văn bản hướng dẫn từ Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế để cập nhật các điều chỉnh mới nhất trong năm 2026.

Liên Hệ Nhận Báo Giá

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
Email: man@man.net.vn

Các dịch vụ khác

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.