[Bài 3] Khấu trừ và hoàn thuế GTGT theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP: Quy định mới doanh nghiệp cần biết

Tiếp nối nội dung hai bài viết trước trong chuỗi phân tích Nghị định 181/2025/NĐ-CP về Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, bài viết này tập trung làm rõ các quy định mới về nguyên tắc khấu trừ, điều kiện khấu trừ và hoàn thuế GTGT. Đây là những nội dung có ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền và quyền lợi tài chính của doanh nghiệp, đặc biệt trong bối cảnh chính sách thuế đang từng bước siết chặt quản lý và nâng cao tính minh bạch.

Khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Nguyên tắc và phân bổ

Theo Điều 14 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, người nộp thuế được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Trong trường hợp hàng hóa, dịch vụ đầu vào sử dụng đồng thời cho cả hoạt động chịu thuế và không chịu thuế, doanh nghiệp phải phân bổ số thuế GTGT đầu vào theo tỷ lệ doanh thu của từng loại hoạt động.

Quy định này kế thừa nguyên tắc trước đây nhưng bổ sung yêu cầu cụ thể hơn về phương pháp phân bổ và trách nhiệm lưu trữ chứng từ. Trường hợp không phân bổ được thì doanh nghiệp không được khấu trừ phần thuế GTGT tương ứng.

Ngoài ra, thuế GTGT đầu vào chỉ được khấu trừ nếu hóa đơn hợp lệ, thanh toán không dùng tiền mặt (đối với giao dịch trên 20 triệu đồng), và đúng đối tượng. Doanh nghiệp cần lưu ý kiểm tra kỹ các yếu tố này trước khi kê khai khấu trừ thuế.

Khấu trừ thuế trong hoạt động đầu tư, dự án

Nghị định 181/2025/NĐ-CP cũng quy định rõ cơ chế khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với dự án đầu tư. Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư cùng lúc phát sinh doanh thu từ hoạt động đang thực hiện, thì được phân bổ thuế GTGT đầu vào theo tỷ lệ doanh thu trong thời gian không quá 3 năm kể từ khi phát sinh doanh thu đầu tiên.

Sau 3 năm, nếu doanh nghiệp không xác định được tỷ lệ chính xác, phần thuế GTGT chưa khấu trừ hết sẽ được xử lý theo hướng không tiếp tục khấu trừ hoặc hoàn. Đây là điểm mới có ý nghĩa trong việc giới hạn thời gian phân bổ khấu trừ, nhằm hạn chế tình trạng kéo dài khấu trừ thuế không thực chất trong các dự án có dòng tiền chưa rõ ràng.

Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu

Đối với hàng hóa xuất khẩu, Điều 15 của Nghị định đưa ra các điều kiện rõ ràng để được khấu trừ và hoàn thuế GTGT:

• Có hợp đồng xuất khẩu hàng hóa;

• Có hóa đơn hợp lệ;

• Có tờ khai hải quan đã thông quan;

• Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng;

• Có phiếu xuất kho, phiếu đóng gói;

• Trường hợp thanh toán qua bên thứ ba (theo yêu cầu của bên mua), cần có văn bản thỏa thuận 3 bên hoặc văn bản xác nhận.

Những quy định này siết chặt các điều kiện khấu trừ và hoàn thuế trong hoạt động xuất khẩu, đặc biệt trong bối cảnh phát sinh nhiều trường hợp lợi dụng chính sách hoàn thuế GTGT qua giao dịch giả.

Các trường hợp được hoàn thuế GTGT

Nghị định 181/2025/NĐ-CP giữ nguyên các trường hợp được hoàn thuế như trước đây, đồng thời cụ thể hóa thêm về hồ sơ, thời điểm và phạm vi hoàn thuế. Các trường hợp bao gồm:

• Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong kỳ;

• Doanh nghiệp đầu tư mới, đầu tư mở rộng có số thuế GTGT đầu vào lớn hơn số thuế đầu ra;

• Dự án ODA, viện trợ không hoàn lại thuộc đối tượng miễn thuế;

• Doanh nghiệp giải thể, chia tách, sáp nhập, chuyển đổi loại hình có số thuế GTGT nộp thừa;

• Doanh nghiệp chuyển địa điểm hoạt động nhưng có thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Đáng chú ý, Nghị định cũng nhấn mạnh nguyên tắc kiểm tra trước – hoàn sau đối với các hồ sơ có rủi ro cao. Ngoài ra, việc hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu chỉ được xem xét nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện về chứng từ, đặc biệt là chứng từ thanh toán hợp lệ.

Trách nhiệm của người bán trong hoàn thuế của người mua

Một điểm mới đáng lưu ý là Nghị định quy định rõ người bán có trách nhiệm cung cấp thông tin liên quan đến hàng hóa, dịch vụ đã bán ra trong quá trình cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của người mua. Đây là cơ chế tăng cường tính liên kết và đối soát giữa bên bán và bên mua, nhằm hạn chế việc mua bán hóa đơn hoặc kê khai không đúng thực tế.

Doanh nghiệp, đặc biệt là các bên trung gian trong chuỗi cung ứng, cần lưu ý yêu cầu này để chuẩn bị sẵn hồ sơ, chứng từ nếu có liên quan đến đơn vị xin hoàn thuế.

Kết luận

Các quy định mới về khấu trừ và hoàn thuế GTGT trong Nghị định 181/2025/NĐ-CP không chỉ cụ thể hóa các nguyên tắc cũ, mà còn bổ sung nhiều điều kiện và giới hạn rõ ràng hơn nhằm phòng ngừa rủi ro, nâng cao hiệu quả quản lý thuế. Doanh nghiệp cần chủ động rà soát hệ thống hóa đơn, chứng từ, hợp đồng và quy trình kế toán liên quan để tránh các sai sót trong kê khai, khấu trừ và hoàn thuế.

Đây cũng là bước cuối trong chuỗi ba bài viết phân tích các nội dung cốt lõi của Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Từ việc xác định đối tượng không chịu thuế (bài 1), đến giá tính thuế (bài 2), và nay là khấu trừ – hoàn thuế (bài 3), hy vọng loạt bài viết đã giúp doanh nghiệp có cái nhìn hệ thống và cập nhật kịp thời các thay đổi quan trọng có hiệu lực từ năm 2026.

Xem thêm:

• [Bài 1] Những thay đổi về đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP
• [Bài 2] Giá tính thuế GTGT theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP: Cập nhật và lưu ý cho doanh nghiệp