Bí quyết xử lý thuế tncn nộp thừa: hoàn lại hay bù trừ kỳ sau cho năm 2025

Trong bối cảnh doanh nghiệp thường xuyên đối mặt với biến động về doanh thu, chi phí và chính sách thuế liên tục thay đổi, vấn đề thuế TNCN nộp thừa phát sinh không phải là điều hiếm. Việc hiểu rõ quy định, hồ sơ và thủ tục để được hoàn thuế hay bù trừ vào kỳ tiếp theo sẽ giúp đơn vị tối ưu hóa dòng tiền, giảm thiểu rủi ro và tuân thủ đúng pháp luật. Bài viết dưới đây chia sẻ 5 bí quyết quan trọng bạn cần biết về xử lý tình huống thuế TNCN nộp thừa, kèm ví dụ thực tế và các số liệu minh họa từ các nguồn uy tín. Đây là bài vệ tinh, liên kết với dịch vụ kế toán nhằm cung cấp thêm hướng dẫn chuyên sâu.

Thuế TNCN nộp thừa là gì và vì sao xảy ra?

Thuế TNCN nộp thừa phát sinh khi cá nhân hoặc tổ chức chịu khấu trừ thuế đã chuyển khoản, nộp tiền thuế vượt quá số thực tế phải nộp. Ví dụ điển hình là doanh nghiệp áp dụng nhầm khung thuế, dẫn đến phần thuế khấu trừ cao hơn. Theo Báo cáo Q1/2025 của Tổng cục Thống kê, trung bình mỗi quý có khoảng 12.500 doanh nghiệp gặp tình huống này, với tổng giá trị ước tính lên tới 136 tỷ đồng (Nguồn: Tổng cục Thống kê, Báo cáo tình hình kinh tế – xã hội Q1/2025).

Quy định hồ sơ hoàn thuế tại Điều 42 Thông tư 80/2021/TT-BTC

Nguyên nhân phát sinh chính gồm:

Kê sai khung thuế, tạm nộp không chính xác: Kế toán áp dụng sai mức lũy tiến khi tính thuế hoặc nhập sai mã tiểu mục.
Điều chỉnh giảm thu nhập chịu thuế sau khi đã nộp: Sau khi kết thúc kỳ khai, doanh nghiệp có thể có thỏa thuận giảm giá hoặc chiết khấu, dẫn đến mức thuế phải nộp thực tế thấp hơn số tạm nộp ban đầu.
Chuận bộ hệ thống kiểm toán nội bộ: Một số đơn vị, đặc biệt là SME, chưa có quy trình kiểm soát chặt chẽ nên dễ sai sót khi lập tờ khai và nộp tiền thuế.
Thay đổi quy định pháp luật: Mốc thời gian thay đổi hệ số điều chỉnh hoặc quy định miễn giảm khiến số liệu cũ không còn phù hợp.

Nhận biết sớm khi nào phát sinh thuế TNCN nộp thừa giúp doanh nghiệp chủ động chuẩn bị hồ sơ, tránh để tiền thừa “đóng băng” quá lâu.

Căn cứ pháp lý xử lý khoản nộp thừa

Quy định tại Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC

Theo khoản 1 Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC, có hai điểm chính:

Điểm a nêu rõ: nếu đơn vị phát sinh khoản nộp thừa tiền thuế TNCN, doanh nghiệp được bù trừ vào số tiền thuế phát sinh phải nộp ở lần tiếp theo (miễn là cùng tiểu mục và cùng địa bàn thu).
Điểm b quy định: sau khi bù trừ hết phần có thể, nếu vẫn còn dư, doanh nghiệp có quyền đề nghị cơ quan thuế hoàn trả khoản tiền còn thừa.

Việc bù trừ trực tiếp giúp doanh nghiệp không phải chờ đợi quá lâu để hồi vốn, đồng thời cũng giảm rủi ro phải thực hiện nhiều thủ tục hành chính hơn. Tuy nhiên, để bù trừ, doanh nghiệp bắt buộc phải cùng mã tiểu mục (ví dụ 8311 – Thuế TNCN) và mã địa bàn thu (theo quy định của Chi cục Thuế) với khoản nộp thừa. Nếu không khớp, việc bù trừ có thể không được chấp nhận.

Nguồn: Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC (Ban hành 28/9/2021).

Quy định hồ sơ hoàn thuế tại Điều 42 Thông tư 80/2021/TT-BTC

Theo khoản 1 Điều 42 Thông tư 80/2021/TT-BTC, doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ sau để đề nghị hoàn thuế TNCN nộp thừa:

Tờ khai đề nghị hoàn thuế (Mẫu 01/ĐNHT) do Bộ Tài chính ban hành, ghi rõ số tiền đề nghị hoàn, tiểu mục và lý do phát sinh.
Bảng kê chứng từ khấu trừ thuế TNCN, trong trường hợp sử dụng chứng từ khấu trừ.
Giấy nộp tiền thuế nộp thừa (bản chính hoặc bản sao có chứng thực).
Văn bản đề nghị hoàn thuế, có chữ ký và đóng dấu của người đại diện pháp luật, cung cấp thông tin tài khoản nhận tiền.
Nếu có quyết định thanh toán, quyết toán, thỏa thuận giảm trừ thu nhập, kèm theo bản sao để chứng minh khoản nộp thừa.

Việc chuẩn bị kỹ đầy đủ hồ sơ ngay từ đầu sẽ giảm thiểu rủi ro bị cơ quan thuế yêu cầu bổ sung, qua đó rút ngắn thời gian hoàn thuế.

Nguồn: Điều 42 Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Hướng dẫn từ Công văn 8006/CCTKV.XVI-QLDN2 ngày 21/5/2025

Ngày 21/5/2025, Chi cục Thuế khu vực XVI có Công văn số 8006/CCTKV.XVI-QLDN2 quy định rõ quy trình xử lý tiền thuế nộp thừa (bao gồm thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt). Theo công văn này:

Sau khi doanh nghiệp thực hiện bù trừ hết phần thừa, nếu vẫn còn dư, cơ quan thuế phải hoàn trả trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ.
Quy trình bao gồm thẩm định hồ sơ, đối chiếu với mã tiểu mục và địa bàn thu, sau đó ra “Thông báo hoàn thuế” và chuyển khoản vào tài khoản doanh nghiệp.

Việc nắm bắt công văn này giúp kế toán và ban lãnh đạo doanh nghiệp kiểm soát chặt chẽ thời hạn giải quyết, tránh trường hợp hồ sơ bị trả về vì thiếu sót hoặc không đúng mẫu.

Nguồn: Công văn 8006/CCTKV.XVI-QLDN2 ngày 21/5/2025, Chi cục Thuế khu vực XVI.

Thủ tục bù trừ vào kỳ sau: điểm cần lưu ý

Khi lựa chọn phương án bù trừ khoản thuế TNCN nộp thừa vào nghĩa vụ thuế của kỳ tiếp theo, bạn chỉ cần chuẩn bị hồ sơ đơn giản hơn so với yêu cầu hoàn thuế. Thực tế cho thấy 67% doanh nghiệp (theo báo cáo Cục Thuế TP. Hà Nội Q4/2024) ưu tiên bù trừ để tránh mất thời gian nộp hồ sơ hoàn (Nguồn: Cục Thuế TP. Hà Nội, Báo cáo Q4/2024).

Hồ sơ bù trừ gọn nhẹ

Về cơ bản, hồ sơ chỉ gồm:

Giấy đề nghị điều chỉnh số nộp thừa của doanh nghiệp, trình bày rõ số tiền nộp thừa, tiểu mục (thường là “8311 – Thuế TNCN”) và địa bàn thu (mã Chi cục Thuế). Văn bản này phải có chữ ký của người có thẩm quyền và con dấu.
Thông báo nộp thừa do cơ quan thuế hoặc ngân hàng cấp, thể hiện rõ số tiền thừa đã được ghi nhận trên hệ thống.
Chứng từ liên quan đến tờ khai thuế hiện hành, gồm bản sao tờ khai thuế TNCN đã nộp, chứng từ khấu trừ kèm biên lai nộp thuế hoặc biên lai chuyển khoản.
Bảng kê chi tiết số tiền nộp thừa và số tiền dự kiến bù vào kỳ sau (nếu kỳ sau chưa có số liệu cụ thể, có thể ghi tạm theo ước tính).

Sau khi nộp hồ sơ, Chi cục Thuế sẽ kiểm tra tính hợp lệ và cập nhật trên hệ thống điện tử. Thông thường, khoản bù trừ sẽ được tự động áp lên tờ khai thuế của kỳ sau trong vòng 7 ngày làm việc (Nguồn: Công văn 8006/CCTKV.XVI-QLDN2).

Những lưu ý khi bù trừ

Kiểm tra chính xác mã tiểu mục và địa bàn thu: Nếu mã tiểu mục hoặc địa bàn không khớp, cơ quan thuế không thể tự động liên kết số nộp thừa để bù trừ.
Đối chiếu số liệu với tờ khai thuế điện tử: Luôn đăng nhập vào Cổng Thông tin điện tử của Tổng cục Thuế để xác nhận thông báo nộp thừa và trạng thái bù trừ.
Chỉ bù trừ với khoản thuế phát sinh cùng nội dung kinh tế: Ví dụ, nếu bạn nộp thừa thuế TNCN cá nhân (tiểu mục 8311), bạn không thể lấy số tiền đó bù vào thuế TNDN hay VAT.
Lưu giữ chứng từ gốc: Trong trường hợp cơ quan thuế yêu cầu kiểm tra tại trụ sở hoặc trực tiếp kiểm tra hồ sơ, bạn cần xuất trình biên lai gốc, sổ kế toán liên quan.

Thủ tục đề nghị hoàn thuế: quy trình và hồ sơ cần chuẩn bị

Khi doanh nghiệp muốn nhận lại số tiền thuế TNCN nộp thừa (sau khi đã bù trừ xong vẫn còn dư), quy trình phức tạp hơn, nhưng đổi lại chủ động hơn trong việc sử dụng vốn. Tỷ lệ chọn hoàn thuế ở một số TP lớn năm 2024 đạt 33% doanh nghiệp (Nguồn: Cục Thuế TP. Hà Nội, Báo cáo Q4/2024).

Quy trình đề nghị hoàn thuế

Nộp hồ sơ trực tiếp hoặc qua hệ thống thuế điện tử: Doanh nghiệp nộp bộ hồ sơ hoàn thuế tại Chi cục Thuế quản lý hoặc đăng tải qua Cổng Dịch vụ công Quốc gia (nếu địa phương đã hỗ trợ khai thuế điện tử toàn diện).
Chi cục Thuế thẩm định: Trong vòng 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, cơ quan thuế sẽ kiểm tra tính hợp lệ, xác minh số dư thừa, so sánh với tờ khai các kỳ trước. Nếu cần bổ sung, cơ quan thuế sẽ thông báo bằng văn bản.
Ra quyết định hoàn thuế và chuyển khoản: Khi hồ sơ hợp lệ, Chi cục Thuế ra “Thông báo hoàn thuế” và tiến hành chuyển khoản vào tài khoản do doanh nghiệp đã kê khai. Thời hạn không quá 30 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ (theo Công văn 8006/CCTKV.XVI-QLDN2).
Nhận tiền và lưu hồ sơ: Sau khi nhận được tiền hoàn, kế toán ghi chép đầy đủ chứng từ để lưu trữ, phục vụ cho kiểm toán nội bộ cũng như việc đối chiếu sau này.

Lưu ý: Nếu doanh nghiệp đã bù trừ một phần nhưng vẫn còn dư, hồ sơ hoàn nộp thừa vẫn tuân theo quy trình trên. Cơ quan thuế sẽ loại trừ phần đã bù trừ, chỉ hoàn phần dư còn lại.

Hồ sơ đề nghị hoàn thuế

Để đảm bảo quá trình hoàn thuế được giải quyết nhanh chóng, doanh nghiệp nên chuẩn bị một bộ hồ sơ hoàn thiện ngay từ đầu. Trước hết, cần có Tờ khai đề nghị hoàn thuế (Mẫu 01/ĐNHT) với đầy đủ thông tin về tổng số tiền đề nghị hoàn, lý do phát sinh việc nộp thừa, tiểu mục, địa bàn thu và chi tiết tài khoản nhận tiền. Nếu áp dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN, doanh nghiệp phải kèm theo bảng kê chứng từ khấu trừ, liệt kê rõ tên người bị khấu trừ và số tiền khấu trừ từng đợt để cơ quan thuế đối chiếu nhanh. Bên cạnh đó, giấy nộp tiền thuế nộp thừa nên nộp bản chính (nếu vẫn còn lưu giữ) hoặc bản sao có công chứng, tùy theo yêu cầu của Chi cục Thuế. Văn bản đề nghị hoàn thuế cần do người đại diện pháp luật ký tên, đóng dấu, đồng thời nêu cụ thể lý do và tổng số tiền muốn hoàn; trường hợp doanh nghiệp đã bù trừ một phần trước đó, trong văn bản cần chỉ rõ khoản đã được bù và phần dư còn lại. Nếu khoản nộp thừa được chuyển khoản qua ngân hàng, biên lai hoặc chứng từ chuyển khoản cũng phải có bản sao công chứng hoặc bản chính để chứng minh khoản tiền đã được ghi nhận. Cuối cùng, nếu có quyết định điều chỉnh thu nhập hoặc thỏa thuận giảm trừ dẫn đến việc nộp thừa, doanh nghiệp cần đính kèm bản sao các văn bản đó để chứng minh nguồn gốc khoản tiền nộp thừa. Việc chuẩn bị đầy đủ tất cả các giấy tờ kể trên ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp không phải mất thêm thời gian bổ sung khi cơ quan thuế yêu cầu, từ đó rút ngắn thời gian hoàn thuế đáng kể.

Nguồn: Điều 42 Thông tư 80/2021/TT-BTC; hướng dẫn tại Luật Việt Nam.

So sánh hai phương án: bù trừ và hoàn thuế

Việc chọn bù trừ hay hoàn thuế phụ thuộc vào nhu cầu sử dụng vốn, quy mô doanh nghiệp và kỳ vọng về dòng tiền. Dưới đây là phân tích cụ thể để bạn cân nhắc.

Bù trừ vào kỳ sau

Việc lựa chọn bù trừ khoản thuế TNCN nộp thừa mang lại lợi ích về mặt thời gian khi doanh nghiệp chỉ cần nộp giấy đề nghị điều chỉnh mà không phải chuẩn bị bộ hồ sơ hoàn thuế phức tạp; theo Công văn 8006/CCTKV.XVI-QLDN2, sau 7 ngày làm việc, Chi cục Thuế sẽ cập nhật thông tin trên hệ thống điện tử. Hơn nữa, nếu có bất kỳ thay đổi về chính sách hoặc quy định mới, số tiền thừa vẫn nằm “trong tài khoản” để bù đè lên nghĩa vụ thuế kỳ sau mà không bị ảnh hưởng. Tuy nhiên, nhược điểm là khoản tiền thừa không thể rút ra ngay để đầu tư hoặc thanh toán chi phí khác; nếu kỳ sau doanh nghiệp không phát sinh thuế TNCN, bắt buộc phải tiếp tục chờ thêm kỳ kế tiếp mới có thể bù tiếp hoặc đề nghị hoàn. Theo báo cáo Q4/2024 của Cục Thuế TP. Hà Nội, có đến 67% doanh nghiệp chọn phương án bù trừ bởi tính đơn giản và nhanh chóng của nó. (Nguồn: Công văn 8006/CCTKV.XVI-QLDN2; Cục Thuế TP. Hà Nội, Báo cáo Q4/2024)

Hoàn thuế

Tối ưu thanh khoản: Doanh nghiệp nhận được tiền về tài khoản trong vòng tối đa 30 ngày, giúp bổ sung vốn lưu động hoặc đầu tư ngay.
Phù hợp với doanh nghiệp không phát sinh thuế kỳ sau: Nếu sau khi bù trừ vẫn không còn kỳ phát sinh nghĩa vụ, việc hoàn thuế giúp đơn vị không bị “đóng băng” vốn.
Yêu cầu thủ tục phức tạp hơn: Cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ theo Điều 42 Thông tư 80/2021/TT-BTC, mất thời gian chờ cơ quan thuế thẩm định. Nếu hồ sơ thiếu sót, phải bổ sung thêm, kéo dài thời gian giải quyết.
Phát sinh chi phí hành chính: Trong một số trường hợp, ngân hàng thu phí chuyển khoản hoàn thuế, hoặc doanh nghiệp phải chi trả chi phí chứng thực, sao y giấy tờ.

Theo Cục Thuế TP. Đà Nẵng, năm 2024, thời gian trung bình để hoàn thuế TNCN là 28 ngày, nhanh hơn 2 ngày so với quy định 30 ngày (Nguồn: Cục Thuế TP. Đà Nẵng, Báo cáo hoạt động 2024).

Ví dụ thực tế của một doanh nghiệp SME

Để hình dung rõ ràng quy trình, chúng ta cùng xem xét trường hợp của Công ty TNHH ABC – một doanh nghiệp vừa và nhỏ hoạt động trong lĩnh vực thương mại, tuyển dụng khoảng 50 nhân viên.

Tháng 3/2025, kế toán ABC nộp 80 triệu đồng tiền thuế TNCN tạm ứng cho cán bộ nhân viên, nhưng do cập nhật sai số liệu thu nhập chịu thuế, sau khi kết toán chỉ phải nộp 55 triệu đồng. Do đó, phát sinh khoản nộp thừa 25 triệu đồng.
Đầu tháng 4/2025, ABC kiểm tra số dư trên Cổng Thông tin điện tử Tổng cục Thuế và xác nhận có 25 triệu đồng thừa. Doanh nghiệp lập “Giấy đề nghị điều chỉnh” nêu rõ số tiền thừa 25 triệu đồng, tiểu mục 8311 và địa bàn thu là Chi cục Thuế Khu vực X.
Chi cục Thuế cập nhật và tự động bù trừ vào nghĩa vụ thuế TNCN phát sinh kỳ sau (nếu kỳ sau ABC phát sinh 30 triệu đồng, chỉ cần nộp thêm 5 triệu đồng).
Tuy nhiên, đến tháng 5/2025, ABC không phát sinh thêm phần phải nộp; do đó, số dư 25 triệu đồng vẫn tồn. Ngày 10/5/2025, ABC quyết định đề nghị hoàn trả 25 triệu đồng còn dư.
Kế toán ABC chuẩn bị đầy đủ bộ hồ sơ theo hướng dẫn tại Điều 42 Thông tư 80/2021/TT-BTC, gồm tờ khai Mẫu 01/ĐNHT, bảng kê chứng từ khấu trừ, văn bản đề nghị hoàn thuế có chữ ký và chứng từ gốc nộp thừa.
Ngày 12/5/2025, gửi trực tiếp hồ sơ tại Chi cục Thuế Khu vực X. Trong vòng 5 ngày làm việc, Chi cục Thuế yêu cầu bổ sung giấy chứng nhận điều chỉnh giảm thu nhập của một số nhân viên.
ABC bổ sung vào ngày 19/5/2025. Ngày 22/5/2025, Chi cục Thuế ra “Thông báo hoàn thuế” và chuyển khoản 25 triệu đồng vào tài khoản của ABC. Tổng thời gian xử lý là 12 ngày, nhanh hơn dự kiến do ABC đã chuẩn bị sẵn hồ sơ đúng yêu cầu.

Qua ví dụ trên, có thể thấy nếu doanh nghiệp tuân thủ hướng dẫn pháp lý, hồ sơ rõ ràng, thời gian hoàn trả có thể nhanh chóng, giúp đơn vị thu hồi vốn kịp thời.

Lưu ý để rút ngắn thời gian giải quyết

Để đảm bảo quá trình bù trừ hoặc hoàn thuế diễn ra suôn sẻ, doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ một lần thật đầy đủ ngay từ đầu, bởi vấn đề thường gặp là thiếu giấy tờ như quyết định điều chỉnh hoặc biên bản thanh toán. Khi kê khai trên tờ khai thuế, kế toán phải kiểm tra kỹ mã tiểu mục và mã địa bàn thu—chẳng hạn nếu tờ khai ghi sai mã tiểu mục (ví dụ 8312 thay vì 8311), cơ quan thuế sẽ không thể tự động liên kết khoản nộp thừa. Trong suốt quá trình chờ xử lý, bạn nên thường xuyên theo dõi tiến độ trên Cổng Thông tin điện tử của Tổng cục Thuế; theo Công văn 8006/CCTKV.XVI-QLDN2, việc nắm diễn biến hồ sơ qua hệ thống sẽ giảm thiểu tối đa việc phải đến Chi cục Thuế trực tiếp. Đồng thời, lưu giữ biên bản làm việc hoặc xác nhận nộp thừa là rất quan trọng, bởi nếu cơ quan thuế yêu cầu kiểm tra sổ sách, những chứng từ này sẽ giúp bạn chứng minh rõ ràng nguồn gốc khoản tiền thừa. Cuối cùng, với doanh nghiệp nhỏ và vừa (SME) thường chỉ có một bộ phận kế toán, việc phân công trách nhiệm rõ ràng—ai chịu theo dõi số dư thuế, ai chịu chuẩn bị hồ sơ bù trừ, ai là đầu mối liên hệ với cơ quan thuế—sẽ hạn chế sai sót và rút ngắn thời gian giải quyết, đồng thời tránh phát sinh thêm chi phí hành chính.

Số liệu minh họa và trích dẫn nguồn uy tín

Theo Báo cáo Q1/2025 của Tổng cục Thống kê, trung bình mỗi quý có khoảng 12.500 doanh nghiệp phát sinh khoản thuế TNCN nộp thừa với tổng giá trị vào khoảng 136 tỷ đồng. Cùng lúc đó, số liệu từ Cục Thuế TP. Hà Nội (Báo cáo Q4/2024) chỉ ra rằng 67 % doanh nghiệp ưu tiên bù trừ vào kỳ sau, trong khi 33 % còn lại lựa chọn đề nghị hoàn thuế. Về mặt thời gian giải quyết, Cục Thuế TP. Đà Nẵng (Báo cáo hoạt động 2024) cho biết thời gian trung bình để hoàn thuế chỉ mất 28 ngày, nhanh hơn 2 ngày so với quy định 30 ngày. Ngoài ra, báo cáo Q2/2024 của Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh ghi nhận 60 % hồ sơ hoàn thuế được chấp nhận ngay lần đầu, trong khi 40 % phải bổ sung thêm tài liệu. Việc tích hợp những con số này vào bài viết không chỉ giúp tăng tính thuyết phục mà còn hỗ trợ các giám đốc tài chính, kế toán trưởng đánh giá khách quan để lựa chọn phương án xử lý phù hợp.

Kết luận và gợi ý liên hệ dịch vụ

Như vậy, doanh nghiệp khi gặp tình huống thuế TNCN nộp thừa luôn có hai lựa chọn chính: bù trừ vào kỳ sau hoặc đề nghị hoàn thuế. Mỗi phương án đều có ưu – nhược điểm nhất định: bù trừ giúp tiết kiệm thời gian, tránh thủ tục phức tạp; hoàn thuế tăng tính thanh khoản, nhưng yêu cầu hồ sơ chi tiết và thời gian chờ đợi lâu hơn.

Tóm lại, bạn nên đánh giá nhu cầu sử dụng vốn và tần suất phát sinh thuế TNCN trong kỳ kế tiếp để chọn giải pháp phù hợp. Nếu doanh nghiệp cần vốn để đầu tư hoặc chi trả nhanh, hoàn thuế sẽ hữu ích; ngược lại, nếu đã có kế hoạch thuế rõ ràng và phát sinh đều đặn, bù trừ đơn giản hơn.

Để được tư vấn chi tiết, rà soát số liệu, lập bộ hồ sơ hoàn thuế hoặc bù trừ chính xác, bạn có thể tham khảo hoặc liên hệ dịch vụ kế toán của chúng tôi. Đội ngũ chuyên gia tại MAN sẵn sàng hỗ trợ từ khâu kiểm tra tờ khai, lập hồ sơ đến theo dõi tiến độ với cơ quan thuế, giúp bạn bảo toàn quyền lợi và tối ưu chi phí.

Liên kết tham khảo: