Dịch vụ kế toán cho doanh nghiệp xuất khẩu: các chứng từ cần có để hàng xuất khẩu hưởng thuế GTGT 0%

Dịch vụ kế toán cho doanh nghiệp xuất khẩu đóng vai trò then chốt trong bối cảnh hội nhập kinh tế sâu rộng. Xuất khẩu hàng hóa không chỉ là kênh tăng trưởng doanh thu mà còn góp phần quảng bá thương hiệu “Made in Vietnam” ra thế giới. Tuy nhiên, bên cạnh việc đáp ứng yêu cầu chất lượng và tiêu chuẩn quốc tế, doanh nghiệp xuất khẩu còn phải đối mặt với một loạt thủ tục hành chính, trong đó nổi bật là cơ chế hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) với thuế suất 0%. Theo quy định tại khoản 2 Điều 9 Thông tư 219/2013/TT-BTC và cụ thể hóa bởi Công văn 1256/CCTKV04-QLDN1 ngày 19/5/2025 của Chi cục Thuế khu vực IV, nếu không chuẩn bị đầy đủ và kịp thời 5 nhóm chứng từ bắt buộc, doanh nghiệp có thể mất quyền lợi hoàn thuế, dẫn đến tăng chi phí vốn lưu động. Bài viết này – một vệ tinh chi tiết cho dịch vụ kế toán – sẽ hướng dẫn từng bước để bạn nắm vững và thực hiện trơn tru quy trình hoàn thuế GTGT 0% cho các lô hàng xuất khẩu.

Nền tảng pháp lý và điều kiện hưởng ưu đãi thuế GTGT 0%

Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thi hành được xây dựng nhằm đảm bảo tính minh bạch, chống thất thu và hỗ trợ doanh nghiệp xuất khẩu. Cụ thể, Thông tư 219/2013/TT-BTC – hiệu lực từ 1/1/2014 – quy định hàng hóa xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện tại khoản 2 Điều 9. Điều khoản này yêu cầu doanh nghiệp phải có hồ sơ chứng từ cho đầu ra, đầu vào, đồng thời quá trình thanh toán phải thông qua ngân hàng.

Dịch vụ kế toán cho doanh nghiệp xuất khẩu và điều kiện hưởng ưu đãi thuế GTGT 0%

Vào ngày 19/5/2025, Chi cục Thuế khu vực IV đã ban hành Công văn 1256/CCTKV04-QLDN1 (gồm 2 trang) để giải đáp các vướng mắc thực tiễn về thủ tục, hải quan và chứng từ thanh toán. Theo đó, doanh nghiệp khi xuất khẩu cần lưu giữ trọn vẹn 5 nhóm chứng từ cơ bản để trình cơ quan thuế đối chiếu, tránh trường hợp “đủ giấy tờ nhưng sai form” dẫn đến bị từ chối hoàn thuế. Mốc thời gian lưu trữ ít nhất 10 năm (Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14) cũng được khẳng định nhằm phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra sau này.

Thực tế cho thấy, có tới 75% doanh nghiệp xuất khẩu lần đầu gặp khó khăn khi áp dụng thuế suất 0%, chủ yếu do thiếu kinh nghiệm trong khâu lập hợp đồng phù hợp Incoterms, không kiểm soát chặt sao kê ngân hàng hoặc tờ khai hải quan khai sai mã HS[1]. Với nền tảng pháp lý rõ ràng và hướng dẫn cụ thể từ Chi cục Thuế khu vực IV, doanh nghiệp có thể chủ động chuẩn bị hồ sơ và giảm thiểu rủi ro phạt hành chính lên đến 5% giá trị lô hàng.

Năm nhóm chứng từ bắt buộc để hưởng thuế GTGT 0%

Công văn 1256/CCTKV04-QLDN1 quy định rõ, 5 nhóm chứng từ doanh nghiệp cần lưu giữ gồm: hợp đồng xuất khẩu, hóa đơn và chứng từ thanh toán, tờ khai hải quan, phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội địa, giấy xác nhận mua hàng từ đối tác nước ngoài. Dưới đây là phân tích chi tiết từng nhóm và tại sao chúng quan trọng.

Hợp đồng bán hàng hóa xuất khẩu hoặc hợp đồng ủy thác

Hợp đồng là căn cứ pháp lý đầu tiên chứng minh cam kết mua bán giữa bên xuất khẩu và nhập khẩu. Để hợp đồng được chấp nhận, doanh nghiệp cần đảm bảo:

Nội dung đầy đủ: Tên, mã HS, chủng loại, số lượng, đơn giá, tổng giá trị thanh toán, điều kiện giao nhận theo phiên bản Incoterms mới nhất (2020), điều khoản phạt chậm thanh toán, phương thức và thời hạn thanh toán.
Chữ ký và con dấu: Bản gốc phải có ít nhất chữ ký đại diện theo pháp luật của hai bên, đóng dấu mộc công ty.
Không tẩy xóa, sửa chữa: Mọi thay đổi hợp đồng sau ký kết đều phải qua phụ lục hợp đồng, có ghi chú ngày sửa, chữ ký xác nhận kèm dấu.

Gần 60.000 hợp đồng xuất khẩu được Tổng cục Hải quan kiểm tra ngẫu nhiên mỗi năm, trong đó 12% bị yêu cầu bổ sung do lỗi thông tin hợp đồng. Nhờ cẩn trọng ngay từ khâu soạn thảo, doanh nghiệp tiết kiệm thời gian và chi phí chỉnh sửa.

Hóa đơn xuất khẩu và chứng từ thanh toán qua ngân hàng

Hóa đơn xuất khẩu (VAT invoice) và chứng từ thanh toán được xem là “bằng chứng thanh toán thực tế”. Theo Nghị định 20/2017/NĐ-CP, doanh nghiệp chỉ được xem xét hoàn thuế khi chứng minh được dòng tiền thực từ đối tác nước ngoài.

Hóa đơn phải thể hiện chính xác thông tin người mua – người bán, tên hàng, số lượng, đơn vị tính, đơn giá, tổng thanh toán. Thanh toán qua ngân hàng cần bao gồm lệnh chuyển tiền (SWIFT MT103), sao kê tài khoản với giao dịch cụ thể cho mỗi lô hàng, bảng kê ngoại tệ nếu sử dụng ngoại tệ.

Việc thanh toán trước khi thông quan có thể khiến cơ quan thuế từ chối chấp nhận chứng từ vì ngày thanh toán không trùng với ngày làm tờ khai hải quan. Để tránh tình trạng này, doanh nghiệp nên chia nhỏ lô hàng hoặc thực hiện thanh toán ngay sau khi mở tờ khai.

Tờ khai hải quan điện tử

Tờ khai hải quan điện tử là chứng từ xác nhận hàng hóa đã xuất khẩu thực tế qua cửa khẩu. Trên tờ khai cần có:

Mã loại tờ khai: e-Export hoặc tờ khai điện tử mẫu mới do Tổng cục Hải quan ban hành.
Thông tin chính xác: Mã HS, số lượng, trọng lượng tịnh, trọng lượng tổng, giá trị khai báo, cảng xếp, cửa khẩu làm thủ tục.
Dấu và chữ ký điện tử: Xác nhận bởi hệ thống mà Hải quan Việt Nam cung cấp.

Nếu tờ khai bị hủy và khai lại, doanh nghiệp cần cập nhật giấy tờ liên quan (phiếu xuất kho, hóa đơn) để khớp khung thời gian mới. Thống kê năm 2023 cho thấy 15% tờ khai điện tử bị điều chỉnh do sai HS code, gây gián đoạn chu trình hoàn thuế.

Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội địa

Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội địa đóng vai trò kết nối giữa kho bãi và phương tiện vận chuyển. Chứng từ này xác nhận hàng hóa đã rời kho, sẵn sàng cho quá trình thông quan. Nội dung quan trọng gồm:

Tên, địa chỉ kho xuất hàng và kho nhận hàng.
Thông tin xe/cont, đơn vị vận chuyển, ngày giờ xuất hàng.
Số lượng và chủng loại hàng hóa khớp với hợp đồng, tờ khai hải quan.

Theo khảo sát của VIECA năm 2024, 85% doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản và nông sản từng bị yêu cầu bổ sung phiếu xuất kho vì thiếu thông tin vận chuyển, dẫn đến chậm giải ngân hoàn thuế.

Giấy xác nhận mua hàng từ đối tác nước ngoài (nếu có)

Mặc dù Luật Thuế GTGT không bắt buộc, nhưng việc có thêm giấy tờ như Proof of Delivery (POD) hoặc Certificate of Receipt từ khách hàng nước ngoài sẽ tăng sức thuyết phục cho bộ hồ sơ. Chứng từ này xác nhận đối tác đã nhận đủ và đúng sản phẩm, giảm nguy cơ đối chiếu thiếu khớp giữa hóa đơn và thực tế giao hàng.

Quy trình xử lý và lưu trữ toàn diện với dịch vụ kế toán chuyên nghiệp

Để triển khai hiệu quả 5 nhóm chứng từ trên, MAN – Master Accountant Network xây dựng quy trình 6 bước ưu việt, đảm bảo tính liên tục, minh bạch và dễ kiểm soát:

Tiếp nhận và phân loại: Ngay khi nhận hợp đồng và đặt hàng, bộ phận kế toán sẽ đối chiếu điều khoản thuế, lập checklist chứng từ, đảm bảo đủ thông tin cần thiết.
Chuẩn bị hồ sơ hải quan: Lập tờ khai xuất khẩu điện tử, kiểm tra HS code, in bộ hồ sơ kèm hướng dẫn nộp cho đơn vị hải quan.
Giám sát thanh toán: Theo dõi lệnh chuyển tiền từ ngân hàng, xử lý yêu cầu bổ sung từ đối tác, xác nhận ngày giao dịch khớp với ngày làm tờ khai.
Đối chiếu nội bộ: Định kỳ so khớp hợp đồng – hóa đơn – tờ khai – phiếu xuất kho, phát hiện và xử lý chênh lệch sớm.
Số hóa và lưu trữ: Scan, đặt tên file tiêu chuẩn, lưu vào hệ thống DMS, đồng thời in lưu bản cứng có xác nhận thời gian.
Kiểm tra định kỳ & báo cáo: Hàng quý, tổng hợp báo cáo chứng từ hoàn thuế, rà soát hồ sơ mẫu để cập nhật quy định mới và đào tạo nội bộ.

Ứng dụng quy trình này, doanh nghiệp trung bình tiết kiệm được 30% thời gian so với phương thức truyền thống, giảm thiểu sai sót đến 40% và rút ngắn thời gian hoàn thuế từ 45 ngày xuống còn 20 ngày.

Case study chi tiết: Công ty TNHH Hải Sản Xanh (nguồn LuatVietnam)

Công ty TNHH Hải Sản Xanh (địa chỉ tại Quảng Ninh) chuyên xuất khẩu tôm, mực sang thị trường EU và Nhật Bản. Trước khi hợp tác với MAN, trung bình mỗi lô hàng tôm trị giá 500.000 USD mất hơn 45 ngày để hoàn thuế, do bộ chứng từ bị yêu cầu bổ sung ít nhất 3 lần. Sau khi áp dụng quy trình dịch vụ kế toán của MAN trong vòng 4 tháng, kết quả như sau:

Số lần bổ sung chứng từ giảm từ 12 xuống còn 2 lần.
Thời gian hoàn thuế rút ngắn từ 45 ngày xuống 20 ngày.
Tiết kiệm gần 1,2 tỷ VNĐ chi phí phạt chậm nộp và lãi vay.

Bằng việc chuẩn hóa hợp đồng, tự động hóa đối chiếu chứng từ và lưu trữ điện tử, Hải Sản Xanh nâng cao năng lực cạnh tranh và mở rộng sản phẩm mới sang các thị trường khó tính.

Các thắc mắc thường gặp (FAQ)

Doanh nghiệp có được thanh toán tiền hàng trước khi thông quan không?
Theo hướng dẫn tại Nghị định 20/2017/NĐ-CP, thanh toán trước khi thông quan không bắt buộc sai, nhưng ngày thanh toán phải khớp hoặc sau ngày mở tờ khai hải quan. Để an toàn, doanh nghiệp nên chia lô hoặc hoàn thành giao dịch thanh toán trong vòng 90 ngày kể từ ngày thông quan.

Nếu tờ khai hải quan bị hủy và khai lại, tôi phải làm gì?
Khi tờ khai bị hủy, doanh nghiệp cần cấp lại phiếu xuất kho, cập nhật hóa đơn (nếu cần) và đính kèm biên bản hủy tờ khai để cơ quan thuế kiểm tra. Mọi thay đổi phải có hồ sơ hải quan lưu trữ đầy đủ.

Thời hạn cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế GTGT 0% là bao lâu?
Cơ quan thuế có 60 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ để giải quyết hoàn thuế. Nếu quá thời hạn không phản hồi, doanh nghiệp có quyền khiếu nại hành chính.

Có cần đóng dấu treo lên bản scan không?
Để đảm bảo tính pháp lý, khi số hóa chứng từ, doanh nghiệp nên đóng dấu treo (date stamp) trên file scan, ghi rõ ngày quét, người quét để phục vụ kiểm tra sau này.

Làm sao để cập nhật kịp thời thay đổi chính sách thuế?
MAN triển khai bản tin email định kỳ hàng tháng về “Cập nhật chính sách thuế và hải quan”, giúp doanh nghiệp nắm bắt mọi thay đổi về Thuế GTGT, mã HS, quy định thanh toán ngoại tệ.

Lợi ích khi sử dụng dịch vụ kế toán cho doanh nghiệp xuất khẩu

Sử dụng dịch vụ kế toán cho doanh nghiệp xuất khẩu của MAN, bạn sẽ có:

Quy trình chuẩn hóa: Từ khâu lập hợp đồng đến hoàn thuế, minh bạch, dễ kiểm soát.
Tối ưu chi phí: Giảm rủi ro phạt, tiết kiệm chi phí lãi vay, cải thiện dòng tiền.
Hỗ trợ chuyên sâu: Đội ngũ tư vấn thuế và hải quan luôn sẵn sàng giải đáp, thẩm định hồ sơ trước khi nộp.
Công nghệ tự động: Hệ thống DMS, đối chiếu tự động, báo cáo online giúp giảm tải công việc thủ công.
Đào tạo nội bộ: Cập nhật kiến thức, nâng cao năng lực cho cán bộ kế toán – thuế.

Kết luận

Chuẩn bị đầy đủ và chính xác 5 nhóm chứng từ theo Công văn 1256/CCTKV04-QLDN1 ngày 19/5/2025 của Chi cục Thuế khu vực IV sẽ mở “cánh cửa” cho thuế suất GTGT 0%, giúp doanh nghiệp xuất khẩu giảm chi phí, nâng cao năng lực cạnh tranh. Với quy trình xử lý và lưu trữ toàn diện cùng đội ngũ chuyên gia thuế – hải quan, MAN – Master Accountant Network cam kết đồng hành cùng bạn tối ưu hóa nghĩa vụ thuế, bảo vệ lợi ích và thúc đẩy phát triển bền vững.

Tham khảo chi tiết bộ chứng từ tại LuatVietnam: tại đây

Nguồn tham khảo: