Hướng dẫn sử dụng Hóa đơn Điện tử cơ bản cho Doanh nghiệp mới

Hướng dẫn sử dụng hóa đơn điện tử toàn diện nhất, được thiết kế đặc biệt cho các kế toán viên và chủ doanh nghiệp trong bối cảnh chuyển đổi số mạnh mẽ. Việc chuyển đổi từ hóa đơn giấy sang hóa đơn điện tử (HĐĐT) không chỉ là xu hướng mà đã trở thành nghĩa vụ pháp lý bắt buộc theo quy định của Chính phủ. Bài viết này được biên soạn bởi đội ngũ Chuyên gia Phần mềm Kế toán MAN – Master Accountant Network, với hơn 25 năm kinh nghiệm triển khai các giải pháp Hóa đơn điện tử và đã hỗ trợ hàng nghìn doanh nghiệp thực hiện thành công các thủ tục chuyển đổi và xử lý sai sót theo đúng quy định.

Tài liệu này này sẽ hướng dẫn sử dụng hóa đơn điện tử, nắm vững 5 bước cốt lõi từ việc đăng ký, lập, phát hành, đến tra cứu và đặc biệt là cách xử lý sai sót phức tạp, giúp doanh nghiệp làm đúng ngay từ lần đầu tiên, tránh mọi rủi ro về thuế và pháp lý.

Hóa đơn điện tử là gì? Tổng quan và Quy định Pháp lý cần nắm rõ

Theo Khoản 1, Điều 3 của Nghị định 123/2020/NĐ-CP, Hóa đơn điện tử là hóa đơn dưới dạng dữ liệu điện tử do tổ chức, cá nhân bán hàng hóa, dịch vụ lập để ghi nhận thông tin giao dịch, được quản lý bằng phương tiện điện tử. Nó thay thế hóa đơn giấy truyền thống, có thể có hoặc không có mã của cơ quan thuế, giúp doanh nghiệp tiết kiệm chi phí, xử lý nhanh chóng và lưu trữ an toàn.

Đặc điểm cốt lõi như sau:

Hóa đơn điện tử được lập, ký số và truyền nhận thông qua phương tiện điện tử.
Bao gồm 2 định dạng: XML (có giá trị pháp lý để truyền nhận với Cơ quan Thuế và lưu trữ) và PDF (phiên bản chuyển đổi để người đọc xem).

Xem chi tiết: Dịch vụ Kế toán

Các loại Hóa đơn điện tử theo Quy định mới

Thông tư 78/2021/TT-BTC phân loại Hóa đơn điện tử thành hai nhóm chính, quyết định quy trình phát hành hóa đơn điện tử của doanh nghiệp.

**Bảng:** Hướng dẫn sử dụng hóa đơn điện tử: Phân loại, đặc điểm Quy trình và Đối tượng áp dụng.
Loại Hóa đơn điện tử	Đặc điểm Quy trình	Đối tượng áp dụng
Hóa đơn điện tử có mã	Phải gửi Cơ quan Thuế để được cấp Mã số xác thực trước khi gửi cho người mua.	Doanh nghiệp thuộc rủi ro cao về thuế, hoặc doanh nghiệp nhỏ, siêu nhỏ.
Hóa đơn điện tử không mã	Doanh nghiệp tự lập và phát hành cho người mua. Định kỳ (hàng tháng) chuyển dữ liệu lên Cơ quan Thuế.	Doanh nghiệp lớn, có giao dịch thương mại ổn định, đủ điều kiện theo quy định.

Qua bảng phân loại trên, doanh nghiệp có thể xác định rõ loại hóa đơn điện tử phù hợp với mình, hiểu đúng quy trình phát hành và đối tượng áp dụng. Đây là bước nền tảng trước khi tiến hành lập và phát hành hóa đơn điện tử theo chuẩn pháp lý 2025, đảm bảo tuân thủ Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Thông tư 78/2021/TT-BTC.

Tham khảo thêm: Vai trò quan trọng của kế toán

Điều kiện để doanh nghiệp bắt đầu sử dụng Hóa đơn điện tử

Trước khi hướng dẫn sử dụng hóa đơn điện tử chi tiết, bạn cần hoàn thành các thủ tục sau:

Đăng ký sử dụng: Doanh nghiệp phải lập Tờ khai đăng ký hoặc thay đổi thông tin sử dụng Hóa đơn điện tử (Mẫu 01/ĐK-HĐĐT) và gửi đến Cơ quan Thuế.
Bắt buộc phải có Chữ ký số hợp pháp (USB Token hoặc HSM) để ký điện tử trên hóa đơn.
Doanh nghiệp cần lựa chọn phần mềm Hóa đơn điện tử của nhà cung cấp đã kết nối và được Tổng cục Thuế chấp nhận.

Sau khi đã hoàn tất các điều kiện để doanh nghiệp bắt đầu sử dụng hóa đơn điện tử, bao gồm đăng ký với cơ quan thuế, chuẩn bị chữ ký số hợp pháp và lựa chọn phần mềm Hóa đơn điện tử phù hợp. Doanh nghiệp đã sẵn sàng để tiến hành lập và phát hành hóa đơn điện tử. Các bước tiếp theo sẽ hướng dẫn chi tiết từ đăng nhập hệ thống, nhập thông tin hóa đơn, ký số, đến phát hành và gửi cho khách hàng, đảm bảo đúng quy định pháp luật và giảm thiểu sai sót.

Cách thức đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

Có 2 cách thức đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử là:

Đăng ký thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử.
Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử thông qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc đơn vị cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử được Tổng cục Thuế ủy thác.

Để doanh nghiệp lựa chọn đúng phương thức đăng ký phù hợp với mô hình hoạt động và loại hóa đơn điện tử đang sử dụng, bảng dưới đây tổng hợp các kênh đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định mới nhất. Nội dung bao gồm đăng ký qua tổ chức cung cấp dịch vụ Hóa đơn điện tử và đăng ký trực tiếp trên Cổng thông tin của Tổng cục Thuế, áp dụng cho từng nhóm đối tượng khác nhau.

Đăng ký thông qua đơn vị cung cấp dịch vụ Hóa đơn điện tử

Doanh nghiệp, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh (trừ các trường hợp bị tạm ngừng sử dụng hóa đơn) có thể thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử thông qua các nhà cung cấp dịch vụ Hóa đơn điện tử được Tổng cục Thuế cấp phép. Hình thức này áp dụng cho mọi loại hóa đơn điện tử, bao gồm hóa đơn bán tài sản công và hóa đơn bán hàng thuộc nguồn dự trữ Quốc gia.

Đăng ký trực tiếp trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế

Tùy từng trường hợp, doanh nghiệp hoặc nhà cung cấp nước ngoài có thể nộp hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử thông qua Cổng thông tin của Tổng cục Thuế, cụ thể:

Đối với hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế và không phải trả phí dịch vụ
Áp dụng cho nhóm đối tượng thuộc khoản 1 Điều 14 Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Các tổ chức này được lựa chọn đăng ký trực tiếp trên Cổng thông tin của Tổng cục Thuế hoặc thông qua đơn vị cung cấp dịch vụ HĐĐT được Tổng cục Thuế ủy quyền.
Đối với tổ chức chuyển dữ liệu hóa đơn trực tiếp đến cơ quan thuế
Các doanh nghiệp đủ điều kiện kết nối và truyền dữ liệu hóa đơn theo phương thức gửi trực tiếp sẽ thực hiện đăng ký thông qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.
Đối với nhà cung cấp nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam
Các đơn vị kinh doanh thương mại điện tử, nền tảng số hoặc dịch vụ khác từ nước ngoài, nếu tự nguyện sử dụng hóa đơn điện tử tại Việt Nam, sẽ đăng ký thông qua Cổng thông tin dành riêng cho nhà cung cấp nước ngoài của Tổng cục Thuế.

Lưu ý: Quy định về việc nhà cung cấp nước ngoài đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trên Cổng thông tin dành riêng cho họ được bổ sung tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP, đánh dấu bước hoàn thiện pháp lý quan trọng trong quản lý thuế xuyên biên giới.

Hướng dẫn sử dụng Hóa đơn điện tử: Lập Hóa đơn

Mẫu 01_ĐKTĐ-HĐĐT - Hướng dẫn sử dụng Hóa đơn điện tử — Mẫu 01_ĐKTĐ-HĐĐT – Hướng dẫn sử dụng Hóa đơn điện tử

Phần này tập trung vào các thao tác chính trong quy trình hướng dẫn sử dụng hóa đơn điện tử. Dưới đây là hướng dẫn đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử tại Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế áp dụng đối với người nộp thuế thuộc trường hợp không phải trả tiền dịch vụ theo quy định tại khoản 1 Điều 14 Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Các trường hợp khác, người nộp thuế đăng ký qua cổng của tổ chức cung cấp dịch vụ.

Bước 1: Truy cập để đăng ký sử dụng Hóa đơn tại Công thông tin điện tử

Kê khai và xác nhận theo hướng dẫn sử dụng Hóa đơn điện tử

Truy cập vào và điền thông tin đầy đủ tại Tờ khai đăng ký sử dụng Hóa đơn điện tử – Mẫu 01/ĐKTĐ – HĐĐT ban hành kèm Nghị định 70/2025/NĐ-CP bao gồm: Tên người nộp thuế, mã số thuế, mã cơ quan thuế, cơ quan thuế quản lý, người liên hệ và địa chỉ liên hệ.
Lựa chọn hình thức của hóa đơn, bao gồm 3 hình thức: Có mã cơ quan thuế, không có mã cơ quan thuế và hóa đơn có mã khởi tạo từ máy POS tính tiền.
Xác định hình thức gửi dữ liệu hóa đơn điện tử
Lựa chọn phương thức chuyển hóa đơn điện tử như chuyển từ hóa đơn với đầy đủ thông tin hoặc chuyển dữ liệu theo bảng tổng hợp hóa đơn điện tử, theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP.
Lựa chọn loại hóa đơn mà doanh nghiệp đăng ký sử dụng: hóa đơn GTGT, hóa đơn bán hàng, hóa đơn bán tài sản công, hóa đơn bán hàng dự trữ quốc gia, các loại hóa đơn khác hoặc chứng từ có quản lý như hóa đơn.
Khai báo danh sách chứng thư số (chữ ký số) mà doanh nghiệp dùng để ký hóa đơn điện tử.
Cung cấp thông tin về tổ chức cung cấp dịch vụ Hóa đơn điện tử mà doanh nghiệp đang sử dụng.
Nhập thông tin đơn vị truyền, nhận dữ liệu (nhà cung cấp giải pháp hoặc đơn vị tích hợp).
Trường hợp doanh nghiệp có đơn vị phụ thuộc hoặc chi nhánh cần được phân quyền tra cứu hóa đơn, hãy điền đầy đủ danh sách các đơn vị này để cơ quan thuế cấp quyền theo yêu cầu.
Nếu doanh nghiệp có nhu cầu tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử (như tạm ngừng kinh doanh, thay đổi hệ thống phần mềm, gặp sự cố kỹ thuật, ngừng sử dụng dịch vụ hoặc trong quá trình giải thể), hãy khai báo đầy đủ thông tin trong phần này.
Sau khi hoàn tất các mục, doanh nghiệp ký điện tử trên tờ khai và gửi đến cơ quan thuế để được tiếp nhận và xử lý.

Bước 2: Xác nhận Hồ sơ đăng ký

Xác định đúng Phương thức và Loại hóa đơn theo mô hình của doanh nghiệp

Trong vòng 01 ngày làm việc kể từ khi tiếp nhận hồ sơ đăng ký, Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế sẽ tự động kiểm tra và đối chiếu dữ liệu của người đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử với cơ sở dữ liệu Quốc gia.

Việc đối chiếu bao gồm các thông tin nhận dạng quan trọng như dữ liệu sinh trắc học, thông tin định danh điện tử của người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân.

Nếu có thông tin không trùng khớp: Hệ thống sẽ tự động gửi Thông báo từ chối hồ sơ đăng ký, đồng thời nêu rõ các trường dữ liệu không đúng để người nộp thuế kịp thời điều chỉnh. Việc thông báo được thực hiện ngay trong ngày hoặc muộn nhất vào ngày làm việc kế tiếp. Người nộp thuế cần sửa lại thông tin đã kê khai hoặc liên hệ cơ quan công an để cập nhật dữ liệu trên Hệ thống Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư hoặc Hệ thống Định danh và xác thực điện tử.
Nếu dữ liệu trùng khớp: Hệ thống sẽ gửi yêu cầu xác nhận qua email hoặc số điện thoại đã đăng ký. Người nộp thuế cần phản hồi xác nhận ngay trong ngày, hoặc muộn nhất là vào ngày làm việc tiếp theo.

Lưu ý: Nếu không thực hiện xác nhận hoặc xác nhận bị lỗi, Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế sẽ tự động phát hành Thông báo không chấp nhận hồ sơ đăng ký hóa đơn điện tử trong ngày hoặc chậm nhất vào ngày làm việc tiếp theo.

Bước 3: Cơ quan thuế gửi thông báo chấp thuận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

Sau khi người nộp thuế hoàn tất việc xác nhận hồ sơ đăng ký, cơ quan thuế sẽ phản hồi kết quả chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử chậm nhất vào ngày làm việc kế tiếp.

Lưu ý: Nếu người nộp thuế thuộc nhóm có dấu hiệu rủi ro hoặc vi phạm, chẳng hạn như:

Người đại diện theo pháp luật hiện tại hoặc trước đây từng là đại diện của doanh nghiệp đang ở trạng thái ngừng hoạt động mã số thuế;
Doanh nghiệp có tiền sử vi phạm về thuế, hóa đơn, chứng từ;
Doanh nghiệp bị đánh giá có mức độ rủi ro cao về thuế;

Cơ quan thuế sẽ yêu cầu người nộp thuế giải trình trong vòng 01 ngày làm việc kể từ thời điểm tiếp nhận hồ sơ đăng ký. Và sau khi nhận được yêu cầu, người nộp thuế phải cung cấp giải trình, bổ sung tài liệu trong thời hạn 02 ngày làm việc.

Những công việc cần thực hiện khi được cơ quan thuế chấp nhận đăng ký sử dụng

Theo khoản 2 Điều 15 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Điểm c Khoản 11 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP. Đối với doanh nghiệp đăng ký chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử theo phương thức gửi trực tiếp đến cơ quan thuế, nhưng chưa phối hợp với Tổng cục Thuế để cấu hình hạ tầng, kiểm thử kết nối và truyền nhận dữ liệu, thì trong vòng 05 ngày làm việc kể từ khi nhận được thông báo của cơ quan thuế, doanh nghiệp phải thực hiện các nội dung sau:

Doanh nghiệp cần hoàn thiện các điều kiện kỹ thuật và chủ động thông báo với Tổng cục Thuế để tiến hành kiểm thử việc kết nối và truyền dữ liệu.
Nếu quá trình kiểm thử kết nối và truyền nhận dữ liệu đạt yêu cầu, doanh nghiệp được phép tiếp tục gửi dữ liệu hóa đơn điện tử trực tiếp đến cơ quan thuế theo đúng hình thức đã đăng ký.
Ngược lại, nếu quá 05 ngày làm việc kể từ ngày có thông báo mà doanh nghiệp không liên hệ để phối hợp, hoặc kiểm thử không thành công, thì doanh nghiệp buộc phải điều chỉnh lại hình thức đăng ký, chuyển sang gửi dữ liệu thông qua tổ chức nhận – truyền – lưu trữ hóa đơn điện tử theo quy định.

Kể từ thời điểm cơ quan thuế chấp thuận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, doanh nghiệp, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh phải thực hiện ngay các nghĩa vụ sau:

Dừng sử dụng toàn bộ hóa đơn điện tử đã thông báo phát hành theo quy định cũ.
Tiêu hủy hóa đơn giấy đã phát hành nhưng chưa dùng (nếu còn tồn). Việc tiêu hủy phải được thực hiện đúng trình tự và thủ tục quy định tại Điều 27 Nghị định 123/2020/NĐ-CP.

Lưu ý:

Hàng tháng, cơ quan thuế trực tiếp quản lý sẽ thực hiện việc kiểm tra, rà soát các doanh nghiệp đang sử dụng hóa đơn điện tử có mã miễn phí dịch vụ. Nếu thuộc diện phải chuyển đổi, cơ quan thuế sẽ gửi thông báo yêu cầu doanh nghiệp chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử có mã thông qua nhà cung cấp dịch vụ và cập nhật lại toàn bộ thông tin đăng ký theo quy định.
Đối với doanh nghiệp đang dùng hóa đơn điện tử không có mã, cơ quan thuế cũng định kỳ tiến hành rà soát. Khi phát hiện doanh nghiệp thuộc diện phải chuyển sang hóa đơn điện tử có mã, cơ quan thuế sẽ thông báo để doanh nghiệp thực hiện đăng ký và chuyển đổi sang loại hóa đơn có mã theo đúng quy định pháp luật.

Như vậy, sau khi nắm rõ quy định rà soát, chuyển đổi, điều kiện áp dụng từng loại hóa đơn điện tử và hướng dẫn sử dụng Hóa đơn điện tử chi tiết. Doanh nghiệp đã có đầy đủ nền tảng để triển khai hệ thống Hóa đơn điện tử một cách hiệu quả và đúng pháp luật. Đây cũng là thời điểm thích hợp để tổng kết lại toàn bộ quy trình và xác định những điểm doanh nghiệp cần ưu tiên để vận hành hóa đơn điện tử an toàn, minh bạch và hạn chế rủi ro.

Kết luận

Việc hiểu đúng quy định, nắm rõ quy trình rà soát của cơ quan thuế và lựa chọn đúng loại hóa đơn điện tử không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật mà còn giảm thiểu rủi ro trong quá trình vận hành. Khi doanh nghiệp chủ động chuẩn hóa ngay từ đầu, từ đăng ký, sử dụng đến chuyển đổi Hóa đơn điện tử theo yêu cầu. Mọi hoạt động kế toán, thuế sẽ trở nên minh bạch, chính xác và dễ dàng kiểm soát hơn.

Nếu doanh nghiệp đang băn khoăn về thủ tục, từ quy trình lập đến xử lý sai sót hoặc cần hỗ trợ triển khai hóa đơn điện tử đúng chuẩn, đừng ngần ngại liên hệ đội ngũ chuyên gia của chúng tôi để được tư vấn chi tiết và đồng hành trọn vẹn trong suốt quá trình thực hiện.

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
Email: man@man.net.vn

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.