Công văn 5487/CT-CS: Hướng dẫn khấu trừ VAT khi thanh toán chậm, trả góp

Ngày 25/11/2025, Cục Thuế đã ban hành Công văn số 5487/CT-CS hướng dẫn các Cục Thuế địa phương (cụ thể là Bắc Ninh và Khánh Hòa) về chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), đặc biệt là quy định liên quan đến việc kê khai và khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các giao dịch thanh toán trả chậm, trả góp hàng hóa, dịch vụ có giá trị lớn.

Công văn 5487/CT-CS là căn cứ quan trọng giúp doanh nghiệp xử lý chính xác các tình huống phức tạp khi chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt không có sẵn tại thời điểm thanh toán. Doanh nghiệp cần nắm rõ các hướng dẫn sau để đảm bảo tuân thủ và tối ưu hóa số thuế GTGT được khấu trừ.

Căn cứ Pháp lý Cho Việc Kê Khai Thuế GTGT

Hướng dẫn khấu trừ VAT khi thanh toán chậm, trả góp

Công văn 5487/CT-CS được ban hành dựa trên các quy định pháp luật hiện hành, khẳng định nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào phải đi kèm với việc tuân thủ các điều kiện về chứng từ:

Khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 (ngày 26/11/2024).
Quy định về Hóa đơn, Chứng từ nộp thuế: Căn cứ Điều 25 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP (ngày 01/7/2025).
Quy định về Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Căn cứ Điều 26 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP (ngày 01/7/2025).

Quy Trình Điều Chỉnh Khấu Trừ Thuế GTGT Đối Với Trả Chậm, Trả Góp

Công văn 5487/CT-CS tập trung làm rõ 02 trường hợp cụ thể đối với hàng hóa, dịch vụ có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên được thanh toán theo hình thức trả chậm, trả góp.

Trách nhiệm Điều chỉnh Giảm Thuế GTGT Đầu vào

Cơ sở kinh doanh có trách nhiệm kê khai và điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào khi không đáp ứng được điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định:

Điều kiện áp dụng: Thanh toán trả chậm, trả góp hàng hóa, dịch vụ có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên.
Sự kiện: Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Thao tác bắt buộc: Cơ sở kinh doanh phải kê khai và điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã được khấu trừ.
Phần điều chỉnh: Giảm đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Kỳ tính thuế: Điều chỉnh giảm vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng.

Quyền Kê khai Khấu trừ Lại

Sau khi đã thực hiện điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào, nếu doanh nghiệp bổ sung được chứng từ hợp lệ, doanh nghiệp có quyền kê khai khấu trừ lại:

Sự kiện: Sau khi đã kê khai, điều chỉnh giảm, doanh nghiệp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt hợp lệ.
Thao tác: Doanh nghiệp có quyền kê khai khấu trừ lại số thuế GTGT đầu vào.
Phần khấu trừ: Đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định.

Bảng tóm tắt Quy định Điều chỉnh Thuế GTGT Đầu vào

Tình huống (Giao dịch 5 triệu đồng)	Thời điểm Xử lý	Thao tác Kê khai
Đến hạn thanh toán Chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt	Kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán (theo HĐ/Phụ lục HĐ)	Kê khai, điều chỉnh GIẢM số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ.
Sau khi điều chỉnh giảm, doanh nghiệp Bổ sung được chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt	Kỳ tính thuế phát sinh chứng từ thanh toán hợp lệ	Kê khai KHẤU TRỪ LẠI phần thuế đã giảm.

Lưu Ý Quan Trọng Cho Doanh Nghiệp

Công văn 5487/CT-CS là lời nhắc nhở quan trọng về sự tuân thủ chặt chẽ nguyên tắc “Thanh toán không dùng tiền mặt” trong Luật Thuế GTGT. Để tránh các rủi ro và việc kê khai điều chỉnh phức tạp, doanh nghiệp cần:

Quản lý Hợp đồng Chặt chẽ: Theo dõi sát sao các điều khoản và thời hạn thanh toán của hợp đồng trả chậm/trả góp để đảm bảo việc thanh toán diễn ra đúng hạn.
Ưu tiên Phương thức Thanh toán: Luôn ưu tiên sử dụng các phương thức thanh toán không dùng tiền mặt (chuyển khoản ngân hàng) đối với các giao dịch mua bán có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên.
Lưu trữ Chứng từ: Đảm bảo chứng từ chứng minh việc thanh toán không dùng tiền mặt được lưu trữ đầy đủ, hợp lệ và sẵn sàng cho việc giải trình với cơ quan thuế.

Cục Thuế đề nghị các Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh và Khánh Hòa (và các Cục Thuế khác) căn cứ vào nội dung Công văn này để hướng dẫn các doanh nghiệp trên địa bàn thực hiện đúng chính sách thuế GTGT hiện hành.

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
Email: man@man.net.vn

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.

Tài liệu tham khảo: