Công văn số 1909/CTH-QLDN1: Quy định mới về điều kiện hoàn thuế GTGT áp dụng từ tháng 7/2025

Công văn số 1909/CTH-QLDN1 ngày 29/9/2025, hướng dẫn về các điều kiện hoàn thuế Giá trị gia tăng (GTGT) theo quy định mới tại Luật Thuế GTGT 2024 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP, áp dụng từ tháng 7/2025 (hoặc quý 3/2025).

Điểm thay đổi then chốt: Cơ quan thuế sẽ không hoàn thuế GTGT đầu vào cho bên mua nếu người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế hoặc còn nợ thuế tương ứng với kỳ hoàn thuế. Đây là một thay đổi then chốt mà các doanh nghiệp (đặc biệt là doanh nghiệp xuất khẩu) cần nắm rõ, vì nó liên quan trực tiếp đến dòng tiền và thủ tục hoàn thuế.

Thời điểm áp dụng và cơ sở pháp lý

Quy định mới về điều kiện hoàn thuế GTGT sẽ chính thức được áp dụng kể từ kỳ đề nghị hoàn thuế tháng 7/2025 hoặc quý 3/2025.

Các quy định này được căn cứ trên:

• Luật Thuế GTGT ngày 26/11/2024 (Luật số 48/2024/QH15).
• Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025.

Quy tắc then chốt: “Người bán chưa kê khai, bên mua không được hoàn thuế”

Điểm mới quan trọng nhất nằm ở việc cơ quan thuế sẽ siết chặt điều kiện hoàn thuế GTGT đầu vào (bao gồm cả hàng xuất khẩu), gắn liền với nghĩa vụ kê khai và nộp thuế của người bán (bên xuất hóa đơn).

Theo đó, Công ty (bên mua/đề nghị hoàn thuế) sẽ KHÔNG được hoàn thuế GTGT đối với các hóa đơn tương ứng trong các trường hợp sau:

Trường hợp 1: Người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế GTGT

Nếu tại thời điểm bên mua nộp hồ sơ hoàn thuế, người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ hoàn thuế của bên mua.

Lưu ý đặc biệt: Điều kiện này bao gồm cả trường hợp chưa đến thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của người bán. Điều này có nghĩa là bên mua có thể bị ảnh hưởng nếu nộp hồ sơ hoàn thuế sớm hơn thời điểm người bán hoàn thành nghĩa vụ kê khai.

Trường hợp 2: Người bán còn nợ tiền thuế GTGT

Nếu tại thời điểm bên mua nộp hồ sơ hoàn thuế, người bán còn nợ tiền thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ hoàn thuế của bên mua.

Hướng xử lý đối với số thuế không được hoàn

Nếu Công ty không được hoàn thuế GTGT do vướng mắc ở các điều kiện kê khai/nộp thuế của người bán (như mục 2), Công ty vẫn được phép khấu trừ số thuế GTGT đầu vào đó.

Điều kiện được khấu trừ là số thuế này phải thuộc trường hợp quy định tại khoản 1 và đáp ứng điều kiện tại khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.

Tóm kết và khuyến nghị cho doanh nghiệp

Công văn 2909/CTH-QLDN1 đã làm rõ một trong những thay đổi lớn nhất trong chính sách hoàn thuế, đặt trách nhiệm kiểm soát nghĩa vụ thuế của đối tác lên vai doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế.

Doanh nghiệp cần:

1. Nắm rõ thời điểm áp dụng (từ tháng 7/2025 hoặc quý 3/2025) để điều chỉnh kế hoạch hoàn thuế.
2. Tăng cường kiểm tra tình trạng kê khai và nộp thuế của các nhà cung cấp lớn, đặc biệt đối với các hóa đơn dùng để đề nghị hoàn thuế.
3. Trong trường hợp không được hoàn thuế, cần đảm bảo hạch toán và thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào đúng quy định để tránh thất thoát.

Đây là lúc các doanh nghiệp cần chủ động cập nhật và thay đổi quy trình quản lý hóa đơn, chứng từ để thích ứng với quy định mới, đảm bảo việc hoàn thuế diễn ra suôn sẻ.