Công văn số 5487/CT-CS: Khấu trừ thuế GTGT trả chậm, trả góp

Công văn số 5487/CT-CS của Cục Thuế hướng dẫn doanh nghiệp cách khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các giao dịch thanh toán trả chậm hoặc trả góp. Theo công văn, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ khi có hóa đơn hợp pháp và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với giao dịch từ 5 triệu đồng trở lên. Đồng thời, công văn cũng hướng dẫn cách điều chỉnh giảm thuế khi chưa có chứng từ và quyền kê khai lại sau khi có chứng từ hợp lệ, giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi thuế và đảm bảo minh bạch trong quản lý tài chính.

Khung pháp lý liên quan trong công văn số 5487/ CT-CS

Để hiểu đúng tinh thần của công văn số 5487/ CT-CS, doanh nghiệp cần nắm vững các văn bản pháp luật mà công văn dẫn chiếu. Những quy định này không tạo ra nghĩa vụ mới, mà xác định điều kiện cần thiết để khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) trong các giao dịch thanh toán trả chậm hoặc trả góp. Việc hiểu rõ nội dung dưới đây giúp doanh nghiệp áp dụng đúng quy định, tránh rủi ro khi kê khai thuế.

**Bảng tổng hợp khung pháp lý liên quan trong công văn số 5487/ CT-CS**
Văn bản pháp luật	Nội dung quy định chính	Mục đích áp dụng trong bối cảnh công văn số 5487/ CT-CS
Khoản 2 Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15	– Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào – Phải có hóa đơn GTGT hợp pháp – Giao dịch từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt	Xác định cơ sở pháp lý bắt buộc để doanh nghiệp được khấu trừ thuế đầu vào trong giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ
Điều 25 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP	– Quy định về hóa đơn, chứng từ nộp thuế – Yêu cầu sử dụng hóa đơn điện tử hợp pháp, đúng thời điểm	Đảm bảo doanh nghiệp kê khai và chứng minh giao dịch bằng hóa đơn hợp lệ khi khấu trừ thuế GTGT
Điều 26 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP	– Quy định điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt – Bao gồm: chuyển khoản ngân hàng, POS, ví điện tử định danh, L/C, bù trừ công nợ hợp pháp	Xác định hình thức thanh toán hợp lệ để đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào, đặc biệt trong thanh toán trả chậm/trả góp

Nội dung trọng tâm trong công văn số 5487/ CT-CS

Trong thanh toán trả chậm hoặc trả góp, nhiều doanh nghiệp gặp khó khăn khi khấu trừ thuế GTGT. Công văn số 5487/ CT-CS hướng dẫn rõ: doanh nghiệp chỉ được khấu trừ thuế đầu vào khi có hóa đơn hợp lệ và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với giao dịch từ 5 triệu đồng trở lên. Nếu chưa có chứng từ khi đến hạn thanh toán, doanh nghiệp phải điều chỉnh giảm thuế GTGT đã kê khai. Sau khi có chứng từ hợp lệ, doanh nghiệp được kê khai lại phần thuế tương ứng, đảm bảo quyền lợi, minh bạch và linh hoạt trong quản lý thuế.

Khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi có đủ chứng từ

Theo công văn số 5487/ CT-CS, người nộp thuế có quyền kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu đáp ứng các điều kiện sau:

Hóa đơn hợp lệ theo quy định pháp luật.
Hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh chịu thuế GTGT.
Giá trị giao dịch từ 5 triệu đồng trở lên có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Điểm quan trọng là công văn số 5487/ CT-CS khẳng định nguyên tắc: điều kiện chứng từ thanh toán là tiêu chí bắt buộc đối với khoản khấu trừ. Doanh nghiệp không được coi hóa đơn là cơ sở duy nhất để khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Xử lý khi hết hạn thanh toán chưa có chứng từ không dùng tiền mặt

Trong trường hợp doanh nghiệp đã kê khai thuế GTGT đầu vào nhưng tới thời điểm thanh toán theo hợp đồng chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, công văn số 5487/ CT-CS yêu cầu doanh nghiệp:

Nội dung trọng tâm trong công văn số 5487_ CT-CS

Kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ.
Việc điều chỉnh phải được thực hiện tại kỳ kê khai chứa thời điểm thanh toán.

Nghĩa là doanh nghiệp không được phép giữ nguyên số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ nếu điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt chưa được đáp ứng. Đây là cơ chế bảo vệ tính minh bạch của hệ thống thuế.

Quyền kê khai lại khi đủ chứng từ thanh toán hợp lệ

Điểm tích cực nhất trong công văn số 5487/ CT-CS là: doanh nghiệp không bị mất quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Cụ thể:
Sau khi đã điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào, nếu doanh nghiệp phát sinh chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo đúng quy định pháp luật, doanh nghiệp được kê khai lại phần thuế GTGT đầu vào tương ứng. Cơ chế này giúp doanh nghiệp:

Giảm áp lực phát sinh từ việc chậm thanh toán theo hợp đồng.
Đảm bảo tính mềm dẻo trong quản lý thuế.
Giữ nguyên lợi ích thuế về dài hạn.

Ví dụ minh họa từ công văn số 5487/ CT-CS

Giả sử Công ty B mua dây chuyền sản xuất trị giá 2 tỷ đồng (thuế GTGT 10% tương ứng 200 triệu). Công ty nhận hàng và có hóa đơn hợp lệ vào tháng 4. Theo hợp đồng, công ty thanh toán theo 3 đợt trong 6 tháng.

Tháng 4: Công ty B kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào 200 triệu dựa trên hóa đơn.
Tháng 10: Đến hạn thanh toán nhưng doanh nghiệp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Theo Công văn số 5487/ CT-CS, Công ty B phải:

Điều chỉnh giảm 200 triệu thuế GTGT đã khấu trừ tại kỳ kê khai tháng 10.
Tháng 11: Công ty B thực hiện chuyển khoản thanh toán đủ cho nhà cung cấp.

Sau khi có chứng từ hợp lệ, Công ty B được:

Kê khai lại số thuế GTGT đầu vào 200 triệu tại kỳ kê khai tháng 11.

Ví dụ này thể hiện chính xác tinh thần của Công văn số 5487/ CT-CS: Không phải “không cho khấu trừ”, mà là “khấu trừ đúng thời điểm hợp pháp”.

Lợi ích doanh nghiệp nhận được từ công văn số 5487/ CT-CS

Trong thực tế kê khai thuế GTGT, nhiều doanh nghiệp gặp rủi ro khi khấu trừ thuế đầu vào nhưng chưa đáp ứng điều kiện chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đúng thời điểm. Điều này có thể dẫn đến truy thu thuế, phạt và ảnh hưởng uy tín khi làm việc với cơ quan thuế.

Công văn số 5487/ CT-CS mang lại bộ khung hướng dẫn chuẩn, giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi thuế, giảm thiểu rủi ro và tăng tính minh bạch trong quản trị tài chính.

**Bảng tổng hợp lợi ích doanh nghiệp nhận được từ công văn số 5487/ CT-CS**
Nhóm lợi ích	Mô tả chi tiết	Ý nghĩa thực tiễn đối với doanh nghiệp
Giảm rủi ro truy thu và xử phạt	– Nhiều doanh nghiệp hiểu sai: “có hóa đơn và sẽ thanh toán sau” là đủ để khấu trừ thuế. – Nếu thanh tra thuế phát hiện đến thời điểm thanh toán mà chưa có chứng từ không dùng tiền mặt, doanh nghiệp có thể bị: + Truy thu thuế GTGT đầu vào + Phạt 20% trên số thuế kê khai sai + Tính phạt chậm nộp theo thời gian	Công văn số 5487/ CT-CS giúp doanh nghiệp áp dụng đúng quy trình (khấu trừ → điều chỉnh khi quá hạn → khấu trừ lại khi có chứng từ), từ đó hạn chế tối đa rủi ro tài chính và pháp lý
Bảo toàn quyền lợi thuế	– Công văn khẳng định doanh nghiệp không mất quyền khấu trừ. – Dù phải điều chỉnh giảm tạm thời khi chưa đủ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, doanh nghiệp được kê khai khấu trừ lại khi phát sinh chứng từ hợp lệ	Tránh tình trạng “mất hẳn thuế GTGT đầu vào” chỉ vì thanh toán trả chậm; đảm bảo quyền lợi thuế dài hạn, đặc biệt với các giao dịch lớn hoặc trả góp
Tăng tính minh bạch khi làm việc với cơ quan thuế	– Công văn khuyến khích doanh nghiệp trình bày rõ tiến trình chứng từ: Hóa đơn → thời điểm kê khai → thời điểm điều chỉnh → thời điểm thanh toán – Tài liệu chứng minh sự tuân thủ pháp luật (hợp đồng, lịch thanh toán, hóa đơn, chứng từ ngân hàng)	Doanh nghiệp có thể chủ động giải trình với cơ quan thuế, tạo sự minh bạch, giảm rủi ro tranh chấp, thể hiện năng lực quản trị thuế nội bộ

Các sai lầm phổ biến và cách tránh theo Công văn số 5487/ CT-CS

Trong quá trình áp dụng công văn số 5487/ CT-CS, nhiều doanh nghiệp vẫn mắc phải các lỗi phổ biến khi kê khai thuế GTGT đầu vào đối với giao dịch trả chậm hoặc trả góp. Những sai lầm này không chỉ dẫn đến việc mất quyền khấu trừ mà còn có thể phát sinh truy thu, phạt chậm nộp hoặc tranh chấp với cơ quan thuế. Hiểu rõ các lỗi thường gặp và cách phòng tránh sẽ giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định, tối ưu hóa quyền lợi thuế và đảm bảo minh bạch trong quản lý kế toán.

Khấu trừ nhưng không điều chỉnh khi quá hạn thanh toán

Đây là lỗi phổ biến nhất. Doanh nghiệp giữ nguyên số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ dù chưa đủ chứng từ thanh toán. Theo Công văn số 5487/ CT-CS, doanh nghiệp phải điều chỉnh giảm tại kỳ kê khai chứa thời điểm thanh toán.

Thanh toán qua tài khoản cá nhân trung gian

Thanh toán qua tài khoản của người lao động, giám đốc hoặc đối tác không chính thức vẫn bị coi là không hợp lệ. Công văn số 5487/ CT-CS khẳng định chỉ thanh toán không dùng tiền mặt đúng quy định mới đủ điều kiện.

Nhầm lẫn giữa trả chậm và nợ thương mại

Có doanh nghiệp cho rằng “nợ công nợ dài hạn” không cần chứng từ thanh toán vẫn có thể khấu trừ. Điều này sai. Quan hệ giữa giao dịch > 5 triệu và chứng từ thanh toán là điều kiện bắt buộc.

Quy trình thực hiện tại doanh nghiệp theo Công văn số 5487/ CT-CS

Để tuân thủ các điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào trong trường hợp thanh toán trả chậm hoặc trả góp, doanh nghiệp cần xây dựng quy trình theo dõi minh bạch và có bằng chứng rõ ràng tại từng bước. Quy trình dưới đây giúp doanh nghiệp chủ động khi kê khai, điều chỉnh và làm việc với cơ quan thuế.

**Bảng tổng hợp quy trình thực hiện tại doanh nghiệp theo công văn số 5487/ CT-CS**
Bước thực hiện	Mô tả công việc	Kết quả cần đạt / lưu ý quan trọng
1. Xây dựng bảng theo dõi giao dịch từ 5 triệu trở lên	Thiết lập danh sách các giao dịch phát sinh trong kỳ đạt ngưỡng phải có thanh toán không dùng tiền mặt	Doanh nghiệp luôn biết giao dịch nào bắt buộc dùng chuyển khoản/ POS/ ví điện tử/ L/C/ bù trừ hợp pháp
2. Lập sơ đồ thời hạn thanh toán theo hợp đồng	Xác định mốc thanh toán cho từng hóa đơn theo điều khoản hợp đồng	Chủ động theo dõi kỳ đến hạn để chuẩn bị chứng từ thanh toán
3. Tách kỳ thanh toán trả góp	Chia giao dịch thành từng kỳ thanh toán theo tiến độ thực tế	Tránh kê khai sai một lần toàn bộ trong khi chưa có đủ chứng từ
4. Lập bảng đối chiếu hóa đơn – công nợ – chứng từ thanh toán	Kết nối dữ liệu kế toán (hóa đơn), theo dõi công nợ, và chứng từ chuyển khoản	Tạo cơ sở pháp lý vững chắc khi quyết toán hoặc thanh tra
5. Thiết lập cảnh báo khi đến hạn nhưng chưa có chứng từ	Ứng dụng ERP, excel có kịch bản nhắc việc hoặc hệ thống cảnh báo	Hạn chế mất quyền khấu trừ do không kịp bổ sung chứng từ
6. Kê khai điều chỉnh đúng kỳ	Khi chưa có chứng từ thanh toán, thực hiện điều chỉnh giảm theo hướng dẫn của Công văn 5487/CT-CS	Tránh rủi ro bị truy thu hoặc phạt kê khai sai
7. Kê khai lại khi phát sinh chứng từ thanh toán	Bổ sung chứng từ chuyển khoản/ thanh toán hợp lệ và khấu trừ lại	Quyền khấu trừ không bị mất — chỉ hoãn đến thời điểm phát sinh chứng từ

Kết luận

Công văn số 5487/ CT-CS cung cấp hướng dẫn quan trọng giúp doanh nghiệp thực hiện khấu trừ thuế GTGT đúng pháp luật đối với các giao dịch trả chậm và trả góp. Công văn làm rõ điều kiện khấu trừ, cơ chế điều chỉnh khi chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và quyền kê khai lại khi phát sinh chứng từ hợp lệ. Áp dụng đúng công văn này giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi thuế, giảm rủi ro truy thu, và nâng cao tính minh bạch trong quản lý kế toán và tài chính.

Để đảm bảo thực hiện chính xác các quy định này và tối ưu quyền lợi thuế, doanh nghiệp nên lựa chọn dịch vụ kiểm toán và kế toán chuyên nghiệp của MAN – Master Accountant Network. Với đội ngũ chuyên gia giàu kinh nghiệm, MAN hỗ trợ doanh nghiệp từ lập hồ sơ, kê khai thuế đến xử lý điều chỉnh, đảm bảo tuân thủ pháp luật, minh bạch và hiệu quả trong quản trị thuế.

Thông tin liên hệ dịch vụ tại MAN – Master Accountant Network

Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
Email: man@man.net.vn

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.