5 Lưu ý Quan trọng Doanh nghiệp Cần Biết Khi Bị Xử Phạt Về Khai Thiếu Thuế

Trong quá trình hoạt động, việc doanh nghiệp (DN) có sai sót trong kê khai thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp là điều khó tránh khỏi. Khi phát hiện sai sót, việc bị xử phạt vi phạm hành chính và tính tiền chậm nộp là nghĩa vụ bắt buộc.

Tuy nhiên, liệu có trường hợp nào DN được miễn xử phạt? Trách nhiệm nộp tiền chậm nộp được tính như thế nào?

Dựa trên Công văn số 5537/CT-CS ngày 25/11/2025 của Cục Thuế, bài viết này sẽ tổng hợp và làm rõ 5 lưu ý quan trọng về quyền, trách nhiệm của doanh nghiệp liên quan đến nộp thuế, tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi khai thiếu thuế.

Nắm rõ các quy định này không chỉ giúp DN thực hiện đúng pháp luật mà còn bảo vệ quyền lợi hợp pháp của mình.

5 Lưu ý quan trọng về xử phạt và tiền chậm nộp khi khai thiếu thuế

Cục Thuế đã nhấn mạnh các quy định tại Luật Quản lý thuế năm 2019, cụ thể như sau:

1. Quyền Không Bị Xử Phạt và Tính Tiền Chậm Nộp (Khoản 11 Điều 16)

Đây là một quyền lợi quan trọng mà doanh nghiệp cần nắm rõ. Doanh nghiệp sẽ không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế và không bị tính tiền chậm nộp trong trường hợp sau:

Điều kiện: Công ty thực hiện theo đúng văn bản hướng dẫn và quyết định xử lý của cơ quan thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế.
Ý nghĩa: Quy định này đảm bảo tính công bằng. Nếu doanh nghiệp thực hiện theo hướng dẫn chính thức từ cơ quan quản lý (dù sau đó hướng dẫn đó có thể bị xác định là sai), DN sẽ được bảo vệ khỏi các hình thức xử phạt và tiền chậm nộp.

2. Trách Nhiệm Nộp Tiền Chậm Nộp (Điều 59)

Tiền chậm nộp là một nghĩa vụ tài chính phát sinh ngay khi có sự chậm trễ hoặc sai sót làm tăng nghĩa vụ thuế. Doanh nghiệp phải nộp tiền chậm nộp trong các trường hợp sau:

Chậm nộp so với thời hạn quy định: Chậm nộp tiền thuế so với thời hạn quy định, thời hạn gia hạn, hoặc thời hạn ghi trong thông báo/quyết định của cơ quan quản lý thuế.
Khai bổ sung làm tăng thuế: Khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm tăng số tiền thuế phải nộp.
Cơ quan thuế phát hiện thiếu: Cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện khai thiếu số tiền thuế phải nộp.

Lưu ý về thời điểm tính: Tiền chậm nộp sẽ được tính đối với số tiền thuế tăng thêm, kể từ ngày kế tiếp ngày cuối cùng thời hạn nộp thuế của kỳ tính thuế có sai sót.

3. Nguyên tắc Xử phạt Vi phạm Hành chính về Quản lý Thuế (Điều 136)

Việc xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế phải tuân thủ cả pháp luật về quản lý thuế và pháp luật về xử lý vi phạm hành chính.

Điểm đặc biệt cần lưu ý:

Ưu tiên xử phạt về quản lý thuế: Nếu hành vi vi phạm hành chính về sử dụng hóa đơn không hợp pháp (hoặc sử dụng không đúng quy định) dẫn đến thiếu thuế, trốn thuế, thì chỉ xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế, không xử phạt về hóa đơn.
Mức phạt tối đa: Mức phạt tiền tối đa đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu, hành vi trốn thuế thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế năm 2019.

4. Xử lý Hành vi Khai Sai Dẫn Đến Thiếu Thuế (Điều 142)

Trường hợp DN khai sai dẫn đến thiếu thuế (hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn) nhưng đã đảm bảo tính minh bạch, doanh nghiệp sẽ được xử lý theo hướng sau:

Điều kiện: Việc khai sai chỉ là sai sót về căn cứ tính thuế, số tiền thuế được khấu trừ, hoặc xác định sai trường hợp được miễn/giảm/hoàn, và các nghiệp vụ kinh tế này đã được phản ánh đầy đủ trên hệ thống sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ hợp pháp.
Hình thức xử lý: Ngoài việc phải khai bổ sung và nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp, Công ty còn có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế.

Quy định này cho thấy, nếu sổ sách và chứng từ của doanh nghiệp rõ ràng, việc xử lý sẽ tập trung vào hành vi khai sai theo Luật Quản lý thuế.

5. Cơ chế Nộp Dần Tiền Thuế Nợ

Đối với các khoản tiền thuế nợ lớn, pháp luật cho phép doanh nghiệp được xem xét nộp dần nếu đáp ứng điều kiện (Khoản 5 Điều 124 Luật QLT và Điều 66 Thông tư 80/2021/TT-BTC).

Thời hạn: Doanh nghiệp có thể được nộp dần tiền thuế nợ trong thời hạn không quá 12 tháng và trong thời gian thư bảo lãnh có hiệu lực.
Cơ sở xem xét: Việc nộp dần được Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế trực tiếp xem xét trên cơ sở đề nghị của người nộp thuế và phải có bảo lãnh của tổ chức tín dụng.
Thủ tục: Doanh nghiệp cần lập hồ sơ đề nghị nộp dần (gồm Văn bản đề nghị, Thư bảo lãnh của tổ chức tín dụng, Quyết định cưỡng chế nếu có) và gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Trách nhiệm nộp: Người nộp thuế phải tự xác định số tiền chậm nộp phát sinh để nộp cùng với số tiền thuế nợ được nộp dần theo từng tháng.

Kết luận

Công văn 5537/CT-CS của Cục Thuế đã làm rõ các cơ sở pháp lý quan trọng để doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ thuế một cách minh bạch và đúng quy định. Tóm lại, các điểm cốt lõi là:

Quyền lợi được miễn: Bảo vệ quyền lợi khi làm theo hướng dẫn chính thức của cơ quan thuế.
Nghĩa vụ nộp: Tiền chậm nộp luôn phát sinh ngay khi có sai sót làm thiếu thuế.
Nguyên tắc xử phạt: Ưu tiên xử phạt về quản lý thuế, ngay cả khi vi phạm liên quan đến hóa đơn.
Minh bạch sổ sách: Sổ sách, hóa đơn, chứng từ đầy đủ là yếu tố giúp xác định hình thức xử lý vi phạm hành chính.
Cơ chế hỗ trợ: Có thể đề nghị nộp dần tiền thuế nợ nếu có bảo lãnh của tổ chức tín dụng.

Để đảm bảo tuân thủ, doanh nghiệp nên thường xuyên rà soát hồ sơ kế toán, hóa đơn, chứng từ và liên hệ trực tiếp với cơ quan quản lý thuế để được hướng dẫn cụ thể về thủ tục nộp dần tiền thuế nợ (nếu cần).

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
Email: man@man.net.vn

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.